Avec des activités de plaidoyer sur divers sujets liés à l'infrastructure de recherche axée sur les données, des rassemblements communautaires pour favoriser les synergies et des projets à fort impact en Suisse et à l'étranger, 2024 a été une année riche en réalisations passionnantes et en nouvelles perspectives.
L'image utilisée pour illustrer notre carte de vœux cette année représente une carte de toutes les réactions biochimiques enzymatiques extraites de la base de données bibliographique PubMed à l'aide de LLMs, superposées à celles déjà documentées dans la base de connaissances sur les réactions Rhea de SIB, afin d'aider les biocurateurs à identifier celles à annoter en priorité. Les couleurs indiquent si l'activité est décrite dans Rhea (rouge), extraite de PubMed à l'aide de LLMs (vert) ou les deux (rose). Les activités enzymatiques sont regroupées en fonction de leur similitude en termes de changement de structure des composés. La capacité des LLMs à extraire ce type de connaissances a été « affinée » à l'aide d'une nouvelle collection de littérature scientifique sur les enzymes. Ce travail a été réalisé en collaboration avec l'équipe PubMed du NCBI.
Pour en savoir plus, consultez le SIB Profile 2024.
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Plaidoyer en faveur d'une infrastructure de recherche fondée sur les données dans les sciences de la vie et de l'impact de la bioinformatique
Parmi les faits marquants de cette année, citons la présentation du SIB à la Commission de la science, de l'éducation et de la culture du Conseil national (CSEC-N) et à la Commission de l'enseignement supérieur du Parlement genevois, afin de souligner l'importance de la bio-informatique et notre rôle dans l'écosystème des sciences de la vie et pour la société.
Notre engagement soutenu dans le développement de l'écosystème suisse des données de recherche ouvertes et de l'infrastructure européenne des sciences de la vie - en tant que nœud suisse d'ELIXIR et nouveau membre de l'European Open Science Cloud (EOSC) - illustre notre conviction profonde que la science des données biologiques et biomédicales est essentielle pour relever les défis sociétaux.
Renforcer les liens au sein de la communauté nationale et avec le réseau européen
De la création de nouveaux groupes de discussion à l'échelle nationale (Core Facilities, Large Language Models for genomics, pathogen bioinformatics - voir tous) à une participation record aux journées SIB - le sommet suisse de la bioinformatique - au printemps, notre communauté dynamique continue de croître et de faire progresser le domaine dans toute la Suisse.
Au niveau européen, nous avons également renforcé nos liens avec ELIXIR. Nos scientifiques participent désormais aux 5 plateformes (Données, Outils, Calcul, Interopérabilité, Formation), co-dirigent 4 communautés (3D-Bioinfo, Biodiversité, Alimentation et Nutrition et Variation du nombre de copies chez l'homme) et 2 Focus Groups (Formation FAIR et Données sur les pathogènes). La Suisse a donc été très bien représentée à la conférence annuelle d'ELIXIR en Suède. En outre, nous avons obtenu notre participation à 6 subventions compétitives ELIXIR, qui débuteront en 2025.
Renforcer notre implication dans des projets à fort enjeu ayant un impact sur la société et la communauté
En bref :
- Lutte contre les maladies
Avec la participation de nos partenaires, nous avons pris plusieurs mesures importantes cette année pour renforcer la lutte contre les maladies en Suisse et à l'échelle internationale. Par exemple, le champ d'application de la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) a été élargi à de nouveaux agents pathogènes, tant pour l'Office Fédéral de la Santé Publique (OFSP) que pour l'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV).depuis son lancement en septembre, le Centre de bioinformatique des agents pathogènes offre son expertise et ses services aux autorités fédérales suisses et à la communauté scientifique internationale afin de contribuer à la préparation à une pandémie de manière coordonnée et durable. De plus, le SIB dirige un projet financé par les NIH visant à développer un réseau mondial de données sur les agents pathogènes (Pathogen Data Network, PDN) afin d'améliorer la préparation à une pandémie à l'échelle mondiale.
- Recherche en génomique humaine
Nous avons lancé l'archive génomique européenne fédérée suisse (Swiss FEGA), avec nos partenaires et dans le cadre du SPHN. L'objectif du consortium est d'améliorer la recherche en génomique humaine en fournissant aux chercheurs suisses une plateforme juridiquement conforme pour le partage des données et la collaboration.
- Biodiversité
L'Atlas européen des génomes de référence (ERGA), dirigé par le groupe de bioinformatique environnementale du SIB, a lancé un projet pilote visant à créer un modèle collaboratif et décentralisé pour générer des génomes de référence de haute qualité afin de mieux comprendre et protéger la biodiversité européenne.
- Assurer le financement des ressources
Le SIB a été invité au AI-Bioscience Collaborative Summit à Washington, DC - une réunion prestigieuse co-organisée par le Département d'État américain et Microsoft - où la nécessité d'un financement durable pour les ressources de données curatées a été soulignée. L'événement a mis l'accent sur les contributions du SIB à des outils essentiels comme UniProt, et sur son rôle influent dans l'avancement des biosciences basées sur l'IA.
Événements à venir au cours de la nouvelle année
Inscrivez à votre agenda la [BC]2 Basel Computational Biology Conference de l'année prochaine ! Prévue du 8 au 10 septembre 2025, cette manifestation aura pour thème : « La bioinformatique rencontre l'IA : façonner l'avenir de la biologie basée sur les données ».
Pendant que vous ouvrez vos calendriers, vous pouvez également réserver la date de l'eccb 2026, qui aura lieu du 31 août au 4 septembre 2026 à Genève. Nous sommes ravis et honorés que notre proposition d'accueillir cette prestigieuse conférence ait été retenue
Nous vous souhaitons d'excellentes fêtes de fin d'année et vous présentons nos meilleurs vœux pour la nouvelle année !
