Le risorse di bioinformatica, come quelle sviluppate al SIB, consentono agli scienziati di tutto il mondo di studiare la vita e promuovere nuove scoperte. Scopri il rigoroso processo di selezione che ne guida l'inclusione nel portafoglio di risorse biodatali aperte leader, e il supporto professionale di cui beneficiano durante tutto il loro ciclo di vita. Il nostro modello unico aiuta questi database e strumenti software essenziali a raggiungere e mantenere il massimo livello di utilità, accuratezza e affidabilità per i loro oltre 10 milioni di utenti annuali. La maggior parte delle risorse del SIB ha ricevuto riconoscimento internazionale.
Un portfolio di risorse di bioinformatica essenziali
Oltre 160 strumenti e database sono stati sviluppati dalla comunità del SIB e sono disponibili gratuitamente su Expasy, il portale svizzero delle risorse bioinformatiche. Tra questi, 17 sono designati come risorse del SIB. Sono costituiti da 40 strumenti software e database. Queste risorse biodatali aperte all'avanguardia sono selezionate per garantire la massima qualità alla comunità globale delle scienze della vita.
Maggiori informazioni sul supporto di SIB durante tutto il ciclo di vita delle risorse
La necessità di promuovere risorse aperte di alta qualità
La ricerca e le attività nel campo delle scienze della vita producono enormi volumi di dati fondamentali difficili da riprodurre. Le risorse biodatali aperte sotto forma di strumenti software e banche dati svolgono un ruolo cruciale nell'arricchire questi dati fondamentali con la curazione e l'analisi, ma anche nel facilitarne l'analisi e la visualizzazione in vari contesti. Consentendo la conservazione delle conoscenze, garantendo la riproducibilità e promuovendo una ricerca di grande impatto, le risorse bioinformatiche migliorano significativamente la qualità della scienza.
Consapevole di ciò, dal 2000 la Segreteria di Stato per la formazione, la ricerca e l'innovazione (SEFRI) ha conferito al SIB il mandato e i fondi necessari per identificare, sostenere e sviluppare risorse bioinformatiche aperte essenziali.
Scopri l'impatto delle risorse del SIB nell'affrontare le sfide globali
Il finanziamento del SIB è uno dei pochi mezzi disponibili per sostenere tali servizi di bioinformatica. L'istituto svolge inoltre un ruolo importante nell'identificazione delle connessioni e delle complementarità tra le risorse e nella presentazione di un portafoglio coerente delle principali risorse bioinformatiche svizzere alla comunità scientifica mondiale.
Sfoglia il nostro portfolio
Sfoglia il portfolio del SIB qui sotto e visita Expasy, il portale svizzero dedicato alle risorse bioinformatiche, per scoprire l'insieme completo delle risorse sviluppate dalla nostra comunità.
- Uno strumento software per l'analisi automatizzata dei dati relativi alle singole cellule
- Gruppo di Bart Deplancke
- Un programma multipiattaforma per l'analisi filogenetica bayesiana delle sequenze molecolari
- Gruppo di Tanja Stadler
- Guarda in silico talk
- Scopri le ultime risorse del SIB nel 2025
- Un database di espressione genica sottoposto a cura esperta
- Gruppo di Marc Robinson-Rechavi e Frédéric Bastian
- Leggi l'articolo sulle fabbriche di veleno: una sorprendente convergenza molecolare, dalle vespe ai serpenti
- Bgee è una risorsa globale di dati biologici fondamentali
- Un database con cura curata sulle linee cellulari
- Gruppo di Amos Bairoch e Lydie Lane
- Leggi l'articolo su Le Temps
- Cellosaurus è una ELIXIR Core Data Resource e una risorsa dati biologici fondamentale a livello globale
- Portale di database e strumenti software curati per la glicoinformatica
- Include GlyConnect e UniLectin
- Gruppo Frédérique Lisacek
- Un profilatore tassonomico microbico e un database genomico
- Gruppo Shinichi Sunagawa
- Scopri le ultime risorse del SIB del 2025
- Uno strumento software per monitorare l'evoluzione dei patogeni in tempo reale
- Include Nextclade
- Gruppo Richard Neher
- Un database di reazioni biochimiche con cura specializzata
- Gruppo Alan Bridge
- Rhea è una ELIXIR Core Data Resource e una risorsa dati biologici centrale globale
- Un database delle interazioni proteina-proteina note e previste
- Gruppo di Christian von Mering
- STRING è una ELIXIR Core Data Resource e una risorsa biodatistica fondamentale globale
- Una suite di strumenti software basati sul web per la progettazione di farmaci assistita da computer
- Comprende SwissDock, SwissParam, SwissSidechain, SwissBioisostere, SwissTargetPrediction, SwissSimilarity, SwissADME
- Gruppo Olivier Michielin & Vincent Zoete
- Guarda il corso
- Un database di lipidi curato con cura
- Gruppo Alan Bridge
- Guarda il tutorial
- Una suite di strumenti software e database per la modellazione omologica delle strutture proteiche
- Comprende Continuous Automated Model EvaluatiOn (CAMEO), ModelArchive, SWISS-MODEL Server, SWISS-MODEL Repository
- Gruppo Torsten Schwede
- Leggi come facilitare l'accesso e il riutilizzo delle strutture proteiche previste dal computer con ModelArchive
- ModelArchive è un database di deposito ELIXIR
- SWISS-MODEL è un ELIXIR Core Data Resource
- Un punto di riferimento unico per gli ortologhi
- Include Orthologous Matrix (OMA), OrthoDB, BUSCO (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) e Orthology Benchmarking
- Christophe Dessimoz & Natasha Glover e Evgeny Zdobnov & Evgenia Kriventseva
- Guarda in silico talk
- Leggi come la riproduzione asessuata influisce sull'evoluzione dei genomi
- Una piattaforma online One Health per la condivisione in tempo reale dei dati relativi al sequenziamento dei patogeni
- Valérie Barbié e Aitana Neves gruppo
- Scopri come SPSP è al centro della strategia svizzera di controllo delle malattie
- Scopri le ultime risorse del SIB nel 2025
- Un portale dedicato alla genomica regolatoria
- Include Sistema integrato per l'analisi della risposta all'attività dei motivi (ISMARA), Attività dei motivi degli elementi cis-regolatori (CREMA), Alignment based Phylogeny (REALPHY), Phylogibbs, CRUNCH, Dinucleotide Weight Tensors (DWT) Online, Two-component Systems (TCS), Bonsai
- Gruppo Erik van Nimwegen
- Guarda il tutorial
- Un database di proteine accuratamente curate
- Gruppo Alan Bridge
- UniProtKB/Swiss-Prot è una ELIXIR Core Data Resource e una risorsa dati biologici fondamentale a livello globale
- Uno strumento software per l'analisi dei dati di sequenziamento virale ad alta produttività
- Gruppo di Niko Beerenwinkel
- Guarda in silico talk
Un rigoroso processo di selezione che coinvolge esperti internazionali
Il SIB ha sviluppato un solido modello di selezione che consente di individuare e sostenere i migliori database e strumenti software nel panorama svizzero delle scienze della vita. Ogni quattro anni, il nostro Comitato consultivo scientifico (SAB) indipendente raccomanda quali risorse della comunità SIB dovrebbero essere incluse nel portafoglio dell'istituto. Le sue raccomandazioni si basano sull'impatto scientifico, sul ritorno scientifico dell'investimento e sulla coerenza con la strategia dell'istituto. Il SAB fornisce anche linee guida per il loro sviluppo continuo, che vengono monitorate ogni due anni. Il livello di sostegno in termini di assegnazione di fondi e personale per l'attuazione del piano d'azione viene poi deciso dal Consiglio di amministrazione di Il SIB.
La valutazione e il monitoraggio delle risorse del SIB vengono effettuati ogni quattro anni sulla base di una serie di circa 30 indicatori
Il Comitato consultivo scientifico del SIB
In qualità di leader nel campo della bioinformatica e fornitore di risorse biodatali di livello mondiale, il SIB ha istituito un Comitato consultivo scientifico incaricato di selezionare e guidare lo sviluppo degli strumenti e delle banche dati del proprio portafoglio in linea con la strategia dell'Istituto. Questo comitato riunisce scienziati di fama internazionale provenienti da una vasta gamma di settori delle scienze della vita.
Personalizzabile in base alle esigenze del settore
Tutte le risorse SIB possono essere adattate a esigenze specifiche o dati proprietari. Ad esempio, il database ortologico OMA, parte di SwissOrthology, è stato personalizzato in base alle esigenze dell'azienda chimica BASF. Ciò consente loro di sviluppare varie caratteristiche in colture come la soia e il grano, deducendo le relazioni omologhe tra i geni utilizzando sequenze genomiche sia pubbliche che proprietarie.
Supporto professionale per la sostenibilità a lungo termine
Le risorse del SIB sono costantemente supportate durante tutto il loro ciclo di vita per rafforzarne l'impatto e la qualità. Si crea così un circolo virtuoso in cui è più probabile che in futuro ricevano ulteriori finanziamenti da altre fonti, garantendone così la sostenibilità. Questo processo è coordinato dal team Biodata Resources e coinvolge altri team nelle funzioni di supporto di Il SIB. Unico nel mondo accademico, questo servizio dedicato include supporto tecnico, best practice e condivisione delle conoscenze, hosting dell'infrastruttura, esperienza utente, risorse umane legali e per la protezione dei dati e gestione delle sovvenzioni.
Gestione del ciclo di vita del portafoglio di risorse dati open di il SIB
Il processo di selezione del SIB si concentra sulle risorse che hanno superato la fase di prova di concetto e che spesso sono finanziate nell'ambito di progetti di ricerca. L'istituto sostiene la crescita delle risorse così definite come emergenti o mature. Li aiuta anche ad ottenere riconoscimento a livello internazionale. Quando una risorsa SIB cessa la sua attività - per mancanza di fondi sufficienti, pensionamento o trasferimento del ricercatore principale al di fuori della Svizzera - l'istituto garantisce anche che le risorse più importanti rimangano a disposizione della comunità delle scienze della vita.
Leggi l'articolo completo che descrive questo processo
La rete Il SIB costituisce un terreno molto dinamico per la nascita delle risorse più fondamentali per la ricerca. Questo, insieme al lavoro svolto dall'istituto per aumentare l'eccellenza della bioinformatica svizzera, consente al Paese di vantare uno dei più grandi numeri di risorse riconosciute a livello internazionale.
Risorse attualmente riconosciute a livello europeo e mondiale
5 risorse SIB sono riconosciute a livello europeo come ELIXIR Core Data Resources (Cellosaurus, Rhea, STRING, SWISS-MODEL e UniProt) e 5 sono designate come risorse di dati biologici fondamentali globali (Bgee, Cellosaurus, Rhea, STRING e UniProt), ottenendo così un riconoscimento a livello mondiale. Ciò posiziona la Svizzera al secondo posto tra i principali fornitori di ELIXIR CDR in Europa e al terzo posto tra i fornitori di GBCR a livello mondiale.
Obiettivo: il riconoscimento internazionale come infrastruttura di biodati
Ospitato su Expasy, il portale svizzero delle risorse bioinformatiche rappresenta il principale supporto offerto da il SIB per promuovere gli strumenti e le banche dati sviluppati dai suoi membri. Man mano che maturano, questi possono essere inclusi nel Service Delivery Plan di ELIXIR Switzerland, una selezione di servizi a lungo termine, sostenibili e di alta qualità prodotti dalla comunità bioinformatica svizzera. Essi hanno quindi il potenziale per diventare risorse SIB, beneficiando di un supporto professionale dedicato a lungo termine e di finanziamenti. Le risorse che dimostrano il loro valore alla comunità internazionale possono essere ulteriormente riconosciute a livello europeo attraverso l'inclusione nelle ELIXIR Core Data Resources e persino a livello mondiale, come risorse dati biologici fondamentali globali.
Tali riconoscimenti sono un grande tributo ai gruppi del SIB che li sviluppano, dimostrando la loro continua importanza fondamentale per la comunità mondiale delle scienze della vita, nonché l'impegno di SIB nei confronti delle infrastrutture delle scienze della vita e della competenza leader della Svizzera nel campo dei dati biologici.
Garantire che le risorse del SIB rimangano all'avanguardia
Per garantire che le risorse rimangano all'avanguardia nella ricerca, sia in termini di esperienza utente, contenuti scientifici o interoperabilità, il team Biodata Resource assicura il follow-up e supporta l'implementazione delle raccomandazioni fornite dal Comitato consultivo scientifico. Ciò include l'aiuto nella creazione di sondaggi tra gli utenti, la consulenza sul miglioramento della FAIRness delle risorse, il monitoraggio dei KPI e delle analisi, il miglioramento della progettazione UX, l'avvio di progetti di finanziamento per lo sviluppo di nuove idee scientifiche e la promozione di collaborazioni all'interno del portafoglio e con la rete del SIB:
- Leggi come, su raccomandazione del SAB, è stato elaborato un sondaggio tra gli utenti STRING e sono state sviluppate nuove funzionalità, rendendo STRING l'unica risorsa che offre un servizio così completo.
- Sono stati selezionati cinque progetti dopo un bando per l'utilizzo dell'intelligenza artificiale al fine di aumentare l'impatto delle risorse del SIB. Questi progetti riuniscono gruppi specializzati nel SIB, AI/ML, con le risorse del SIB;
- L'interoperabilità tra le risorse del SIB è fondamentale per portare a nuove scoperte, collegando diversi tipi di set di dati di alto valore (ad esempio gli endpoint SPARQL in Expasy).
- Per promuovere l'adozione delle migliori pratiche in termini di licenze aperte, il nostro Ufficio legale e di trasferimento tecnologico lavora a stretto contatto con le risorse del SIB e pubblica linee guida per la comunità. Se fai parte del settore e desideri collaborare o personalizzare una risorsa in base alle tue esigenze, contattaci.
