La missione del SIB, secondo il mandato conferitogli dalla Segreteria di Stato per la formazione, la ricerca e l'innovazione (SEFRI), è quella di fornire infrastrutture a lungo termine e ad alto impatto per le scienze della vita e il mondo biomedico. I suoi team sviluppano quindi piattaforme nazionali sicure come lo Swiss SARS-CoV-2 hub dei dati e BioMedIT, strumenti diagnostici come Oncobench, nonché database scientifici aperti e strumenti software all'avanguardia che supportano le esigenze degli scienziati della vita in tutto il mondo. Tra questi vi sono ASAP, Cellosaurus, Glyco@Expasy e Nextstrain. Scoprite queste ultime novità nella cassetta degli attrezzi per esplorare i dati biologici, dalle informazioni molecolari sulle singole cellule allo sviluppo di vaccini e al monitoraggio in tempo reale dei patogeni.
Democratizzazione dell'analisi delle singole cellule
Le tecnologie single-cell hanno rivoluzionato il modo in cui vengono studiate le malattie umane, consentendo lo studio dell'espressione genica a livello delle singole cellule. ASAP è un portale web collaborativo che mira a democratizzare l'analisi dei dati delle singole cellule per i ricercatori. Contribuisce sia alla comunità bioinformatica che a quella dei laboratori di ricerca, consentendo loro di lavorare a stretto contatto attraverso la condivisione e la visualizzazione dei dati in tempo reale. Permette di eseguire analisi in pochi minuti senza richiedere una potenza di calcolo significativa, ed è quindi adatto anche ai laboratori che non dispongono di grandi capacità di calcolo.
Tutto sulle linee cellulari
Cellosaurus è un database accuratamente curato di linee cellulari, ovvero colture di cellule umane e animali che possono essere coltivate per periodi prolungati in vitro e utilizzate nella ricerca di laboratorio. A seconda dei loro obiettivi di ricerca, gli scienziati devono sapere quali linee cellulari utilizzare e dove trovarle: questo è il tipo di informazioni che troveranno in Cellosaurus. Le linee cellulari sono essenziali, ad esempio, per studiare la produzione di vaccini, il metabolismo dei farmaci, la funzione dei geni o persino la generazione di pelle artificiale. Cellosaurus è una ELIXIR Core Data Resource e una risorsa riconosciuta dall'International Rare Diseases Research Consortium (IRDiRC).
Risorse di glicoinformatica per tutti
Le molecole di zucchero rivestono la maggior parte delle nostre cellule e, in quanto tali, svolgono un ruolo importante, ad esempio, nella resistenza ai vaccini. Poiché decorano la superficie delle proteine, la loro caratterizzazione può anche aiutare a individuare l'eritropoietina (EPO) non nativa negli atleti, ovvero il doping. Lo studio in silico di questi zuccheri, ovvero il campo della glicoinformatica, può rivelare informazioni fondamentali sulla salute umana. Glyco@Expasy offre una panoramica unica e didattica del settore. Copre un'ampia gamma di risorse di glicoinformatica, compresi strumenti interni di facile utilizzo accessibili a tutti i ricercatori medici, indipendentemente dal loro livello di formazione in glicoscienza.
Monitoraggio in tempo reale dell'evoluzione dei patogeni
Nextstrain consente il monitoraggio in tempo reale dei patogeni (ad esempio SARS-CoV-2, influenza, ebola), fornendo una visione costantemente aggiornata dei dati genomici disponibili al pubblico insieme a potenti strumenti di analisi e visualizzazione. Nel contesto dell'attuale pandemia, le informazioni fornite da Nextstrain sono diventate un elemento centrale della risposta epidemiologica molecolare alla pandemia. Infatti, i laboratori di sanità pubblica di tutto il mondo utilizzano questa risorsa per comprendere in che modo i casi di COVID-19 nelle loro comunità sono collegati ai genomi campionati in altre parti del pianeta.
Maggiori informazioni su Expasy, il portale di tutti i database e gli strumenti software sviluppati da al SIB gruppi.
