Uno strumento integrato di simulazione stocastica per BEAST 2.7

Facile simulazione di alberi filogenetici e popolazioni nel tempo utilizzando ReMASTER

Osservare virtualmente come le specie si evolvono e le popolazioni cambiano attraverso le generazioni è lo scopo delle simulazioni filodinamiche. Tali simulazioni sono fondamentali per comprendere, ad esempio, come si diffondono le malattie o come le specie persistono in un habitat frammentato. In questo intervento, Tim Vaughan del SIB presenta ReMASTER, uno strumento versatile per eseguire tali simulazioni all'interno del programma BEAST 2, utilizzato per studiare le sequenze genetiche. ReMASTER consente agli utenti di sviluppare e testare nuovi algoritmi di inferenza filodinamica, valutando i bias nei modelli e assicurandosi che quelli utilizzati siano appropriati. Che tu sia un biologo evoluzionista, un epidemiologo o semplicemente interessato alle simulazioni filodinamiche, questa conferenza fa al caso tuo!  

Informazioni sulla serie di conferenze in silico – Le ultime novità nel campo della bioinformatica dagli scienziati del SIB

La serie di conferenze online in silico talks ha lo scopo di informare bioinformatici, scienziati biologici e medici sugli ultimi progressi compiuti dagli scienziati dello SIB su una vasta gamma di argomenti relativi a metodi, ricerca e risorse nel campo della bioinformatica. Iscriviti alla mailing list di in silico talks per rimanere aggiornato sugli ultimi sviluppi, ottenere approfondimenti esclusivi sui recenti articoli scientifici e scoprire come questi progressi potrebbero aiutarti nel tuo lavoro o nella tua ricerca.

Altoparlante
Name:
Tim Vaughan
Institute:
ETH Zurigo, Basilea
Group:

Timothy Vaughan ha conseguito un dottorato di ricerca in Fisica nel 2008 presso l'Università del Queensland, in Australia, sotto la supervisione di Peter Drummond e Karen Kheruntsyan. Da allora, ha ricoperto diverse borse di studio post-dottorato incentrate su problemi di biologia computazionale, lavorando più recentemente con Alexei Drummond presso l'Università di Auckland, in Nuova Zelanda, allo sviluppo e all'implementazione di algoritmi di inferenza filodinamica.Attualmente Timothy è ricercatore senior nel gruppo di evoluzione computazionale di Tanja Stadler presso il Dipartimento di Scienze e Ingegneria dei Biosistemi del Politecnico Federale di Zurigo (ETH) e al SIB, dove continua a lavorare allo sviluppo di metodi di inferenza filodinamica rilevanti sia per gli studi epidemiologici che per quelli macroevolutivi.
 

Video
Duration:
12 minutes 34 seconds
Licenza:

Questo video è disponibile sotto licenza Creative Commons CC-BY-4.0

Reference(s)

Timothy G Vaughan,  ReMASTER:  simulazione filodinamica migliorata per BEAST 2.7,  Bioinformatica, Volume 40, Numero 1, 2024.

DOI:
10.1093/bioinformatica/btae015

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