Les ressources bioinformatiques, telles que celles développées au SIB, permettent aux scientifiques du monde entier d'étudier le vivant et favorisent les découvertes. Découvrez les processus de sélection rigoureux qui régit leur inclusion dans le portefeuille des principales ressources ouvertes en biodonnées, ainsi que le soutien professionnel dont ils bénéficient tout au long de leur cycle de vie. Notre modèle unique aide ces bases de données et outils logiciels essentiels à atteindre et à maintenir le plus haut niveau d'utilité, de précision et de fiabilité pour leurs plus de 10 millions d'utilisateurs annuels. La plupart des ressources du SIB ont reçu une une reconnaissance internationale.
Un portefeuille de ressources bioinformatiques essentielles
Plus de 160 outils et bases de données sont développés par la communauté SIB et librement accessibles sur Expasy, le portail suisse des ressources bioinformatiques. Parmi eux, 17 sont désignés comme ressources SIB. Ils comprennent 40 outils logiciels et bases de données. Ces ressources biodatographiques ouvertes de premier plan sont sélectionnées afin de garantir la meilleure qualité possible à la communauté mondiale des sciences de la vie.
En savoir plus sur le soutien apporté par le SIB tout au long du cycle de vie des ressources
La nécessité de promouvoir des ressources ouvertes de haute qualité
La recherche et les activités dans le domaine des sciences de la vie produisent des volumes considérables de données fondamentales difficiles à reproduire. Les ressources ouvertes de biodonnées sous forme d'outils logiciels et de bases de données jouent un rôle crucial dans l'enrichissement de ces données fondamentales grâce à leur curation et leur analyse, mais aussi dans la facilitation de leur analyse et de leur visualisation dans divers contextes. En permettant la préservation des connaissances, en garantissant la reproductibilité et en favorisant la recherche à fort impact, les ressources bioinformatiques améliorent considérablement la qualité de la science.
Conscient de cela, le Secrétariat d'État à la formation, à la recherche et à l'innovation (SEFRI) a confié au SIB, depuis 2000, le mandat et les moyens financiers nécessaires pour identifier, soutenir et développer des ressources bioinformatiques ouvertes essentielles.
Découvrez l'impact des ressources du SIB dans la lutte contre les défis mondiaux
Le financement du SIB est l'un des rares moyens disponibles pour soutenir ces services de bioinformatique. L'institut joue également un rôle important dans l'identification des liens et des complémentarités entre les ressources et dans la présentation d'un portefeuille cohérent des principales ressources suisses en bioinformatique à la communauté scientifique mondiale.
Parcourez notre portfolio
Parcourez le portfolio du SIB ci-dessous et rendez-vous sur Expasy, le portail suisse des ressources en bioinformatique, pour découvrir l'ensemble des ressources développées par notre communauté.
- Un outil logiciel pour l'analyse automatisée des données unicellulaires
- Groupe Bart Deplancke
- Un programme multiplateforme pour l'analyse phylogénétique bayésienne de séquences moléculaires
- Groupe Tanja Stadler
- Regarder l'in silico talk
- Découvrez les dernières ressources du SIB en 2025
- Une base de données sur l'expression génétique gérée par des experts
- Groupe Marc Robinson-Rechavi et Frédéric Bastian
- Découvrez les usines à venin : une convergence moléculaire surprenante, des guêpes aux serpents
- Bgee est une ressource mondiale de données biologiques fondamentales
- Une base de données experte sur les lignées cellulaires
- Amos Bairoch et le groupe Lydie Lane
- Lire l'article dans Le Temps
- Cellosaurus est une ELIXIR Core Data Resource et une Global Core Biodata Resource
- Portail de bases de données et d'outils logiciels spécialisés dans la glyco-informatique
- Comprend GlyConnect et UniLectin
- Groupe Frédérique Lisacek
- Un profileur taxonomique microbien et une base de données génomiques
- Groupe Shinichi Sunagawa
- Découvrez les dernières ressources du SIB en 2025
- Un outil logiciel permettant de suivre l'évolution des agents pathogènes en temps réel
- Comprend Nextclade
- Groupe Richard Neher
- Une base de données de réactions biochimiques soigneusement sélectionnées par des experts
- Groupe Alan Bridge
- Rhea est une ELIXIR Core Data Resource et une Global Core Biodata Resource
- Une base de données des interactions protéine-protéine connues et prédites
- Groupe Christian von Mering
- STRING est une ELIXIR Core Data Resource et une Global Core Biodata Resource
- Une suite d'outils logiciels Web d'aide à la conception de médicaments
- Comprend SwissDock, SwissParam, SwissSidechain, SwissBioisostere, SwissTargetPrediction, SwissSimilarity, SwissADME
- Groupe Olivier Michielin & Vincent Zoete
- Regarder le cours
- Une base de données sur les lipides gérée par des experts
- Groupe Alan Bridge
- Regarder le tutoriel
- Suite d'outils logiciels et de bases de données pour la modélisation par homologie de structures protéiques
- Comprend Continuous Automated Model EvaluatiOn (CAMEO), ModelArchive, SWISS-MODEL Server, SWISS-MODEL Repository
- Groupe Torsten Schwede
- Découvrez comment faciliter l'accès et la réutilisation des structures protéiques prédites par ordinateur avec ModelArchive
- ModelArchive est une base de données de dépôt ELIXIR
- SWISS-MODEL est une ELIXIR Core Data Resource
- Un guichet unique pour les orthologues
- Comprend Orthologous Matrix (OMA), OrthoDB, BUSCO (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) et Orthology Benchmarking
- Christophe Dessimoz & Natasha Glover et Evgeny Zdobnov & Evgenia Kriventseva
- Regarder l'in silico talk
- Découvrez comment la reproduction asexuée affecte l'évolution des génomes
- Une plateforme en ligne One Health pour le partage en temps réel des données de séquençage des agents pathogènes
- Groupe Valérie Barbié et Aitana Neves
- Découvrez comment le SPSP est au cœur de la stratégie suisse de lutte contre les maladies
- Découvrez les dernières ressources du SIB en 2025
- Un portail sur la génomique réglementaire
- Comprend le système intégré d'analyse de la réponse à l'activité des motifs (ISMARA), les activités des motifs des éléments cis-régulateurs (CREMA), Phylogénie basée sur l'alignement de séquences de référence (REALPHY), Phylogibbs, CRUNCH, Dinucleotide Weight Tensors (DWT) Online, Two-component Systems (TCS)
- Groupe Erik van Nimwegen
- Regarder le tutoriel
- Une base de données de protéines sélectionnées par des experts
- Groupe Alan Bridge
- UniProtKB/Swiss-Prot est une ELIXIR Core Data Resource et une Global Core Biodata Resource
- Un outil logiciel pour l'analyse des données de séquençage viral à haut débit
- Groupe Niko Beerenwinkel
- Regarder l'in silico talk
Un processus de sélection rigoureux impliquant des experts internationaux
Le SIB a développé un modèle de sélection rigoureux permettant aux meilleures bases de données et aux meilleurs outils logiciels du paysage suisse des sciences de la vie d'être reconnus et soutenus par l'institut. Tous les quatre ans, notre comité consultatif scientifique (SAB) indépendant recommande les ressources de la communauté SIB qui devraient être incluses dans le portefeuille de l'institut. Ses recommandations se basent sur leur impact scientifique, le retour sur investissement scientifique et la cohérence avec la stratégie de l'institut. Le SAB fournit également des lignes directrices pour leur développement continu, qui sont contrôlées tous les deux ans. Le niveau de soutien en termes d'allocation de fonds et d'employés pour mettre en œuvre le plan d'action est ensuite décidé par le conseil d'administration du SIB.
L'évaluation et le suivi des ressources du SIB sont effectués tous les quatre ans à l'aide d'un ensemble d'environ 30 indicateurs
Le Comité consultatif scientifique du SIB
En tant que leader dans le domaine de la bioinformatique et fournisseur de ressources biodatographiques de classe mondiale, le SIB a créé un Comité consultatif scientifique chargé de sélectionner et d'orienter le développement des outils et bases de données de son portefeuille, conformément à la stratégie de l'Institut. Ce comité réunit des scientifiques de renommée internationale issus d'un large éventail de domaines des sciences de la vie.
Adaptable aux besoins de l'industrie
Toutes les ressources du SIB peuvent être adaptées à des besoins spécifiques ou à des données propriétaires. Par exemple, la base de données orthologique OMA, qui fait partie de SwissOrthology, a été personnalisée pour répondre aux besoins de la société chimique BASF. Cela lui permet de développer divers traits dans des cultures telles que le soja et le blé, en déduisant les relations homologues entre les gènes à l'aide de séquences génomiques publiques et propriétaires.
Un soutien professionnel pour une durabilité à long terme
Les ressources du SIB sont soutenues tout au long de leur cycle de vie afin de renforcer leur impact et leur qualité. Un cercle vertueux est ainsi créé, qui augmente leurs chances d'obtenir à l'avenir des financements supplémentaires provenant d'autres sources, garantissant ainsi leur pérennité. Cette démarche est coordonnée par l'équipe Biodata Resources et implique d'autres équipes des fonctions de support du SIB. Unique dans le monde universitaire, cette offre de services dédiée comprend le support technique, le partage des meilleures pratiques et des connaissances, l'hébergement de l'infrastructure, l'expérience utilisateur, les ressources humaines juridiques et en matière de protection des données, ainsi que la gestion des subventions.
Gérer le cycle de vie du portefeuille de ressources de données ouvertes du SIB
Le processus de sélection du SIB se concentre sur les ressources qui ont passé le stade de la preuve de concept et qui sont souvent financées dans le cadre de projets de recherche. L'institut soutient le développement des ressources ainsi définies comme émergentes ou matures. Il les aide également à obtenir une reconnaissance au niveau international. Lorsqu'une ressource SIB cesse son activité, par manque de financement, retrait ou départ du chercheur principal hors de Suisse, l'institut veille à ce que les ressources les plus importantes restent à la disposition de la communauté des sciences de la vie.
Lire l'article complet décrivant ce processus
Le réseau du SIB constitue un terreau très dynamique pour l'émergence des ressources les plus fondamentales pour la recherche. Ceci, combiné au travail effectué par l'institut pour accroître l'excellence de la bioinformatique suisse, permet au pays de se prévaloir d'un des plus grands nombres de ressources reconnues au niveau international.
Ressources actuellement reconnues au niveau européen et mondial
5 ressources du SIB sont reconnues au niveau européen comme ELIXIR Core Data Resources (Cellosaurus, Rhea, STRING, SWISS-MODEL et UniProt) et 5 sont désignées comme Global Core Biodata Resources (Bgee, Cellosaurus, Rhea, STRING et UniProt), ce qui leur confère une reconnaissance mondiale. Cela place la Suisse au deuxième rang des fournisseurs de CDR ELIXIR en Europe et au troisième rang mondial des fournisseurs de GBCR.
Viser la reconnaissance internationale en tant qu'infrastructure de biodonnées
Hébergé sur Expasy, le Portail suisse des ressources bioinformatiques représente le principal soutien offert par le SIB pour développer les outils et les bases de données créés par ses membres. Au fur et à mesure de leur maturation, ils peuvent être inclus dans le Plan de prestation de services d'ELIXIR Suisse, une sélection de services durables, de haute qualité et à long terme produits par la communauté bioinformatique suisse. Ils ont alors le potentiel de devenir des ressources SIB, bénéficiant d'un soutien professionnel dédié à long terme et d'un financement. Les ressources qui démontrent leur valeur pour la communauté internationale peuvent être reconnues au niveau européen par leur inclusion dans les ELIXIR Core Data Resources, et même au niveau mondial, en tant que Global Core Biodata Resources.
Ces reconnaissances sont un grand hommage aux groupes SIB qui les développent, démontrant leur importance fondamentale pour la communauté mondiale des sciences de la vie ainsi que l'engagement du SIB en faveur de l'infrastructure des sciences de la vie et de l'expertise de pointe de la Suisse dans le domaine des données biologiques.
Veiller à ce que les ressources du SIB restent à la pointe de la technologie
Afin de garantir que les ressources restent à la pointe de la recherche, que ce soit en matière d'expérience utilisateur, de contenu scientifique ou d'interopérabilité, l'équipe Biodata Resource assure le suivi et soutient la mise en œuvre des recommandations formulées par le Comité consultatif scientifique. Cela comprend notamment l'aide à la mise en place d'enquêtes auprès des utilisateurs, des conseils pour améliorer la conformité FAIR des ressources ainsi que le suivi des indicateurs clés de performance et des analyses, l'amélioration de la conception de l'expérience utilisateur, le lancement de projets de financement pour développer de nouvelles idées scientifiques et la promotion de collaborations au sein du portefeuille et avec le réseau SIB:
- Découvrez comment, sur recommandation du SAB, une enquête auprès des utilisateurs de STRING a été élaborée et de nouvelles fonctionnalités ont été développées, faisant de STRING la seule ressource offrant un service aussi complet.
- Cinq projets ont été sélectionnés à l'issue d'un appel à projets visant à utiliser l'intelligence artificielle pour accroître l'impact des ressources SIB. Ces projets réunissent des groupes SIB spécialisés dans l'IA/ML et les ressources SIB.
- L'interopérabilité entre les ressources du SIB est essentielle pour mener à de nouvelles découvertes, en reliant différents types de jeux de données à forte valeur ajoutée (par exemple, les points d'accès SPARQL dans Expasy).
- Afin de favoriser l'adoption des meilleures pratiques en matière de licences ouvertes, notre bureau juridique et de transfert de technologie travaille en étroite collaboration avec les ressources SIB et publie des des lignes directrices à l'intention de la communauté. Si vous êtes issu du secteur industriel et que vous souhaitez collaborer ou adapter une ressource à vos besoins, contactez-nous.
