La domanda non è se il mondo dovrà affrontare un’altra pandemia, ma quando. Il SIB è al centro degli sforzi volti a migliorare la preparazione alle epidemie, sulla scia del lavoro svolto durante la pandemia di COVID-19, che ha contribuito ad affermare la Svizzera come leader mondiale nella sorveglianza dei patogeni e nelle risposte basate sui dati.
Rafforzamento delle infrastrutture nazionali e globali per i dati sui patogeni
Il Centro di bioinformatica sui patogeni del SIB coordina un ecosistema sostenibile di strumenti ed esperti per la sorveglianza genomica continua di qualsiasi patogeno che desti preoccupazione. Tali risorse adottano un approccio “One Health” che tiene conto delle interazioni tra la salute umana, animale e ambientale e possono essere rapidamente mobilitate per rispondere a focolai di malattie infettive ed epidemie.
Tra i successi e i progetti in corso per la preparazione alle epidemie figurano:
- il coordinamento dello sviluppo strategico di strumenti e banche dati fondamentali per l’archiviazione, l’analisi, la condivisione, la visualizzazione e l’interpretazione dei dati genomici relativi agli agenti patogeni;
- la centralizzazione e la standardizzazione di tutte le sequenze genomiche raccolte in Svizzera relative a tre virus respiratori e a un agente patogeno di origine alimentare, grazie a un mandato ampliato del governo svizzero per una di queste banche dati, la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP);
- consentire il monitoraggio delle acque reflue a livello nazionale e internazionale;
- il sostegno alla ricerca globale sulle malattie infettive e alle risposte di sanità pubblica attraverso la Pathogen Data Network (PDN).
Sono inoltre in corso lavori affinché la SPSP possasupportare i nuovi requisiti dell’UE in materia di sicurezza alimentare in qualità di depositario nazionale svizzero delle sequenze genomiche dei microrganismi utilizzati nella catena alimentare.
In primo piano: individuare tempestivamente i focolai grazie al monitoraggio delle acque reflue
Spesso è possibile rilevare gli agenti patogeni nelle acque reflue prima che i casi clinici inizino ad aumentare. Ciò rappresenta un metodo economicamente vantaggioso per monitorare su larga scala i ceppi in circolazione e offre alle autorità sanitarie e agli ospedali il tempo necessario per mitigare l’impatto di una nuova epidemia o di una nuova variante, ad esempio preparando vaccini e costituendo scorte di farmaci.
Gli scienziati del SIB sostengono la sorveglianza delle acque reflue a livello nazionale e internazionale.
- Forniscono analisi dei dati e rapporti per il sistema svizzero di monitoraggio delle acque reflue. Le sequenze genomiche provenienti da campioni di acque reflue prelevati regolarmente dall’Eawag vengono analizzate per individuare variazioni genomiche e seguire l’evoluzione delle varianti in tempo reale dai gruppi «NEXUS Personalized Health» e «Computational Biology» del SIB, utilizzando le risorse del SIB (V-pipe, Nextclade e Nextstrain). I rapporti vengono condivisi con l’Ufficio federale della sanità pubblica, alimentandone il «Dashboard delle malattie infettive», e resi disponibili al pubblico sulla Piattaforma svizzera di sorveglianza dei patogeni, un’altra risorsa del SIB. Attualmente vengono monitorati quattro virus: SARS-CoV-2, RSV, influenza A e influenza B.
- Promuovere la sorveglianza delle acque reflue attraverso la Pathogen Data Network. Il lavoro comprende l’implementazione di analisi basate sulle acque reflue di patogeni batterici, fungini e parassitari (IMMense, sviluppato dagli scienziati del SIB), la creazione di dashboard interattive sulle acque reflue accessibili al pubblico (GenSpectrum, supportato da Loculus e V-pipe; tutti sviluppati dagli scienziati del SIB) e la formulazione di raccomandazioni al Sistema nazionale di sorveglianza delle acque reflue degli Stati Uniti.
Sfruttare le conoscenze acquisite sul COVID-19 nella comunicazione pubblica
Gli scienziati del SIB hanno sviluppato un workshop digitale per studenti e pubblico per aiutare a spiegare il ruolo cruciale svolto dalla bioinformatica durante la pandemia, dalla comprensione della biologia del virus e dal tracciamento della sua evoluzione al monitoraggio della sua presenza nelle acque reflue.
Basandosi sugli strumenti di bioinformatica sviluppati per il SARS-CoV-2
Il Centro per la bioinformatica dei patogeni si avvale delle risorse e delle competenze acquisite durante la pandemia di COVID-19, che continuano a essere strumenti fondamentali nei sistemi di sorveglianza genomica nazionali e internazionali per la SARS-CoV-2.
Sfruttare le conoscenze acquisite sul COVID-19 nella comunicazione pubblica
Gli scienziati del SIB hanno sviluppato un workshop digitale per studenti e pubblico per aiutare a spiegare il ruolo cruciale svolto dalla bioinformatica durante la pandemia, dalla comprensione della biologia del virus e dal tracciamento della sua evoluzione al monitoraggio della sua presenza nelle acque reflue.
I nostri contributi alla pandemia includono:
- fornitura dell'infrastruttura nazionale svizzera per le sequenze genomiche del SARS-CoV-2;
- lo sviluppo di molti altri database e strumenti per monitorare l'evoluzione e la diffusione del virus e comprenderne la biologia;
- facilitare la condivisione internazionale aperta delle sequenze genomiche del SARS-CoV-2 in qualità di co-responsabile del progetto ELIXIR CONVERGE;
- consentireuna più rapida scoperta di farmaci nell'ambito del consorzio pubblico-privato europeo Exscalate4CoV.
Per quanto ne so, tutti i paesi dotati di un sistema nazionale di sorveglianza del SARS-CoV-2 hanno fatto ricorso agli strumenti SIB.
Approfondimenti sulla preparazione alle epidemie
- Intorno al COVID-19 – Profilo SIB 2021
- Prepararsi alla prossima epidemia – Profilo SIB 2025
