Integriamo e analizziamo tutti i tipi di dati relativi alle scienze della vita provenienti da diverse tecnologie per consentire nuove scoperte, dai biomarcatori al riposizionamento dei farmaci. Ecco alcune delle nostre aree di competenza specifiche:
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analisi di imaging molecolare
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assemblaggiode novo dei dati di sequenziamento
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analisi mirata, sequenziamento dell'esoma e del genoma completo
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analisi comparativa dei dati genomici
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analisi dei dati metagenomici
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analisi del percorso e della rete di regolazione trascrizionale (analisi funzionale)
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analisi omica
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integrazione dei dati
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visualizzazione dei dati
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previsione e annotazione genica
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apprendimento automatico
Promuovere la medicina di precisione attraverso l'integrazione dei dati multi-omici
La sfida
Tradurre i big data multi-omici in informazioni funzionali per consentire la prevenzione, la diagnosi precoce e la previsione delle malattie, monitorarne la progressione e progettare trattamenti personalizzati.
La nostra soluzione
Conduciamo una potente integrazione dei dati grazie alla nostra innovativa competenza nell'analisi multiomica. In grado di gestire grandi set di dati multiomici eterogenei, i nostri team iniziano definendo la strategia di integrazione dei dati appropriata. Successivamente, costruiscono modelli statistici integrativi per analizzare e interpretare i dati. Infine, conducono analisi dei percorsi per facilitare la comprensione dei meccanismi molecolari in gioco. Ad esempio, nel progetto Rhapsody finanziato dall'UE, abbiamo integrato dati lipidomici, trascrittomici e clinici per identificare potenziali biomarcatori del diabete di tipo 2.
Impronta metabolica ambientale per caratterizzare l'impatto dei (bio)pesticidi
La sfida
Stimare il tempo di resilienza dei metaboliti esogeni nel suolo trattato con un pesticida, sintetico o derivato da materiali naturali.
La nostra soluzione
Eseguiamo modelli cinetici delle caratteristiche della cromatografia liquida-spettrometria di massa (LC-MS) a partire da dati metabolomici non mirati per prevedere la dissipazione di quelli derivanti dal trattamento. Ad esempio, collaboriamo con l'Università di Perpignan (Francia) per seguire il destino di un terreno trattato con un estratto vegetale.
Analisi del sequenziamento dell'intero genoma per caratterizzare i patogeni fungini in diversi ambienti
La sfida
Identificare l'eterogeneità genomica tra più microrganismi.
La nostra soluzione
Eseguiamo l'assemblaggiode novo del genoma, l'annotazione genica e il rilevamento delle varianti su diversi isolati di specie fungine con dati di sequenziamento dell'intero genoma. Collaboriamo con l'Ospedale universitario di Losanna (CHUV) per studi sulle specie Candida.
