Swiss-Prot-Knowledgebases

Concentrarsi sulla missione del gruppo

Il gruppo Swiss-Prot, co-diretto da Alan Bridge e Paul Thomas, eccelle nella generazione di conoscenze biologiche leggibili da computer a partire dal corpus sempre crescente di pubblicazioni scientifiche. Il team sfrutta la potenza dei metodi di deep learning per accelerare la selezione della letteratura e l'estrazione dei dati, fornendo così agli utenti le informazioni più accurate e complete in modo tempestivo.

Forniamo risorse affidabili per i ricercatori, nonché set di dati di Training e benchmark di riferimento per l'intelligenza artificiale, grazie a un'accurata curatela biologica e a una gestione delle conoscenze

Alan Bridge e Paul Thomas

Condirettori del gruppo Swiss-Prot del SIB

Dati chiave annuali

Oltre 150.000
citazioni di risorse in pubblicazioni scientifiche

Oltre 180.000
citazioni di risorse nei brevetti

Oltre 8 milioni di
utenti delle risorse ogni anno

Fonti e definizioni degli utenti: lens.org, Web of Science, PubMed, Google Analytics, Matomo

Consentire scoperte grazie a rinomate risorse di biodati

Le risorse di conoscenza, sapientemente curate e interconnesse, sviluppate dai biocuratori e dagli sviluppatori di software del gruppo sono riconosciute a livello internazionale per la loro importanza fondamentale per la ricerca e l’innovazione nel campo delle scienze della vita – e vengono utilizzate in applicazioni che spaziano dal biorisanamento dei suoli contaminati alla scoperta e allo sviluppo di farmaci.

UniProtKB/Swiss-Prot è la risorsa di informazioni sulle proteine più utilizzata al mondo ed è riconosciuta come risorsa SIB, ELIXIR Core Data Resource e risorsa dati fondamentale globale.
Rhea, un database di reazioni biochimiche, è riconosciuta come risorsa SIB, ELIXIR Core Data Resource e risorsa dati centrale globale.
Gene Ontology (GO) è una fonte fondamentale di informazioni sulla funzione genica ed è riconosciuta come Risorsa dati centrale globale.
Cellosaurus è la risorsa di riferimento sulle linee cellulari ed è riconosciuta come risorsa SIB, ELIXIR Core Data Resource e risorsa dati centrale globale.
SwissLipids, un database di strutture lipidiche e conoscenze biologiche, è riconosciuto come risorsa del SIB.
HAMAP e PROSITE sono banche dati ampiamente utilizzate sulle famiglie e sui domini proteici.
Il database ENZYME, ampiamente utilizzato, fornisce informazioni sulla nomenclatura degli enzimi.
ViralZone fornisce informazioni su tutti i generi e le famiglie virali.
SwissBioPics offre una raccolta di immagini cellulari interattive.

Scopri i vantaggi di UniProt per la scienza e la società

Vedi esempi di impatto per UniProt, Rhea e SwissLipids

Scopri di più sulle risorse al SIB

Lavorare al SIB significa avere l'opportunità di lavorare in un'organizzazione riconosciuta a livello internazionale, che offre strumenti e servizi di grande utilità per la comunità scientifica.

Elisabeth Coudert

Responsabile del team Biocuration, gruppo Swiss-Prot

Leggi l'intervista

Il gruppo Swiss-Prot supporta anche lo sviluppo personalizzato di strumenti e risorse per ricercatori e medici.

Maggiori informazioni sui nostri servizi di biocurazione e sviluppo software

Supportare l'intelligenza artificiale con conoscenze biologiche leggibili da macchine

Anche le banche dati nel campo delle scienze della vita costituiscono una parte essenziale dell'ecosistema dell'IA. Il patrimonio collettivo di conoscenze biologiche in esse contenuto – sotto forma di sequenze e strutture molecolari, vie biochimiche e relazioni tra queste – può essere utilizzato per addestrare e mettere a punto sistemi di IA in grado di svelare complessi meccanismi biologici e generare informazioni utili.

Le Swiss-Prot-Knowledgebases hanno contribuito a:

il modello AlphaFold, vincitore del Premio Nobel 2024, per la previsione della struttura delle proteine, che ha imparato a identificare le relazioni tra sequenze di aminoacidi e strutture 3D analizzando centinaia di milioni di proteine in UniProt (vedi focus sull'IA nel SIB Profile 2025);
un Large Language Model (LLM) per migliorare la somministrazione dei vaccini a mRNA, che è stato addestrato utilizzando SwissLipids (fonte: bioinformatica, 2024);
un LLM per progettare nuove proteine con funzioni desiderabili, addestrato utilizzando la parte UniProtKB/Swiss-Prot di UniProt, curata da esperti (fonte: Nature Biotechnology, 2023);

Il gruppo ha inoltre sviluppato un dataset di benchmarking, EnzChemRED, per mettere a punto gli LLM per la curatela di dati specializzati – che è stato riconosciuto come Remarkable Output del SIB. Il team sta applicando il dataset per guidare gli sforzi di biocuratela per le basi di conoscenza UniProt e Rhea.

Database di alta qualità e disponibili al pubblico, tra cui UniProt, sono stati fondamentali per lo sviluppo di AlphaFold.

John Jumper

Scienziato illustre, DeepMind
Responsabile del team AlphaFold

Mehr S, Castoe T, Daly M, Jungo F, Kirchhoff KN, Koludarov I, Mackessy SP, Macrander J, Naidu P, Modica MV, Sanchez EE, Zancolli G, Holford M. A Proposed Unified, Scalable Platform for Integrative Research on Venomous Species. Gigascience 2026:giaf153
Sigrist CJA, Cuche BA, de Castro E, Coudert E, Redaschi N, Bridge A. The PROSITE database for protein families, domains, and sites. Nucleic Acids Res 2026;54(d1):D451-D458

Sigrist CJA, Cuche BA, de Castro E, Coudert E, Redaschi N, Bridge A. The PROSITE database for protein families, domains, and sites. Nucleic Acids Res 2025:gkaf1188
Castoe TA, Daly M, Jungo F, Kirchhoff KN, Koludarov I, Mackessy S, Macrander J, Mehr S, Modica MV, Sanchez EE, Zancolli G, Holford M. A Vision for VenomsBase: An Integrated Knowledgebase for the Study of Venoms and Their Applications. Integr Org Biol 2025;7(1):obaf026
UniProt Consortium. UniProt: the Universal Protein Knowledgebase in 2025. Nucleic Acids Research, Volume 53, Issue D1, 6 January 2025, D609–D617, https://doi.org/10.1093/nar/gkae1010
Bolleman J. et al. A large collection of bioinformatics question–query pairs over federated knowledge graphs: methodology and applications. Gigascience 2025 May 16;14:giaf045. doi: 10.1093/gigascience/giaf045
Feuermann M. et al. A compendium of human gene functions derived from evolutionary modelling. Nature 640, 146–154 (2025). https://doi.org/10.1038/s41586-025-08592-0
Blum M. et al. InterPro: the protein sequence classification resource in 2025. Nucleic Acids Research, Volume 53, Issue D1, 6 January 2025, Pages D444–D456, https://doi.org/10.1093/nar/gkae1082

Feuermann M, Gaudet P. Interpreting Gene Ontology Annotations Derived from Sequence Homology Methods. Methods Mol Biol. 2024:2836:285-298. doi: 10.1007/978-1-0716-4007-4_15.
Lai PT, Coudert E, Aimo L, Axelsen K, Breuza L, de Castro E, Feuermann M, Morgat A, Pourcel L, Pedruzzi I, Poux S, Redaschi N, Rivoire C, Sveshnikova A, Wei CH, Leaman R, Luo L, Lu Z, Bridge A. EnzChemRED, a rich enzyme chemistry relation extraction dataset. Sci Data 2024 Sep 9;11(1):982. doi: 10.1038/s41597-024-03835-7.
Ross KE, Bastian FB, Buys M, Cook CE, D'Eustachio P, Harrison M, Hermjakob H, Li D, Lord P, Natale DA, Peters B, Sternberg PW, Su AI, Thakur M, Thomas PD, Bateman A, UniProt Consortium. Perspectives on tracking data reuse across biodata resources. Bioinformatics Advances, 25 Apr 2024, 4(1):vbae057. https://doi.org/10.1093/bioadv/vbae057.
SIB Swiss Institute of Bioinformatics RDF Group Members. The SIB Swiss Institute of Bioinformatics Semantic Web of data. Nucleic Acids Res. 2024 Jan 5;52(D1):D44-D51. doi: 10.1093/nar/gkad902.
Witting M, Malik A, Leach A, Bridge A, Aimo L, Conroy MJ, O'Donnell VB, Hoffmann N, Kopczynski D, Giacomoni F, Paulhe N, Gassiot AC, Poupin N, Jourdan F, Bertrand-Michel J. Challenges and perspectives for naming lipids in the context of lipidomics. Metabolomics. 2024 Jan 24;20(1):15. doi: 10.1007/s11306-023-02075-x.
UniProt Consortium. UniProt: the Universal Protein Knowledgebase in 2025. Nucleic Acids Research. 2024 Nov;. DOI: 10.1093/nar/gkae1010.

Bowler-Barnett EH, Fan J, Luo J, Magrane M, Martin MJ, Orchard S, UniProt Consortium. UniProt and Mass Spectrometry-Based Proteomics-A 2-Way Working Relationship. Mol Cell Proteomics. 2023 Aug;22(8):100591. doi: 10.1016/j.mcpro.2023.100591. Epub 2023 Jun 8. Review.
Coudert E, Gehant S, de Castro E, Pozzato M, Baratin D, Neto T, Sigrist CJA, Redaschi N, Bridge A; UniProt Consortium. Annotation of biologically relevant ligands in UniProtKB using ChEBI. Bioinformatics. 2023 Jan 1;39(1):btac793. doi: 10.1093/bioinformatics/btac793.
Gene Ontology Consortium. The Gene Ontology knowledgebase in 2023. Genetics. 2023 May 4;224(1):iyad031. doi: 10.1093/genetics/iyad031.
Insana G, Ignatchenko A, Martin M, Bateman A, UniProt Consortium. MBDBMetrics: an online metrics tool to measure the impact of biological data resources. Bioinform Adv. 2023;3(1):vbad180. doi: 10.1093/bioadv/vbad180. eCollection 2023.
Lussi YC, Magrane M, Martin MJ, Orchard S, UniProt Consortium. Searching and Navigating UniProt Databases. Curr Protoc. 2023 Mar;3(3):e700. doi: 10.1002/cpz1.700.
Ni Z, Wölk M, Jukes G, Mendivelso Espinosa K, Ahrends R, Aimo L, Alvarez-Jarreta J, Andrews S, Andrews R, Bridge A, Clair GC, Conroy MJ, Fahy E, Gaud C, Goracci L, Hartler J, Hoffmann N, Kopczyinki D, Korf A, Lopez-Clavijo AF, Malik A, Ackerman JM, Molenaar MR, O'Donovan C, Pluskal T, Shevchenko A, Slenter D, Siuzdak G, Kutmon M, Tsugawa H, Willighagen EL, Xia J, O'Donnell VB, Fedorova M. Guiding the choice of informatics software and tools for lipidomics research applications. Nat Methods. 2023 Feb;20(2):193-204. doi: 10.1038/s41592-022-01710-0. Epub 2022 Dec 21.
UniProt Consortium. UniProt: the Universal Protein Knowledgebase in 2023. Nucleic Acids Research. 2023 Jan;51(D1):D523-D531. DOI: 10.1093/nar/gkac1052.
Yamada T, Maeda M, Nagai H, Salamin K, Chang Y-T, Guenova E, Feuermann M, Monod M. Two different types of tandem sequences mediate the overexpression of TinCYP51B in azole-resistant Trichophyton indotineae. Antimicrob Agents Chemother 2023 Nov 15;67(11):e0093323. doi: 10.1128/aac.00933-23. Epub 2023 Oct 12.
Zaru R, Orchard S, UniProt Consortium. UniProt Tools: BLAST, Align, Peptide Search, and ID Mapping. Curr Protoc.2023 Mar;3(3):e697. doi: 10.1002/cpz1.697.

Bansal P, Morgat A, Axelsen KB, Muthukrishnan V, Coudert E, Aimo L, Hyka-Nouspikel N, Gasteiger E, Kerhornou A, Neto TB, Pozzato M, Blatter MC, Ignatchenko A, Redaschi N, Bridge A. Rhea, the reaction knowledgebase in 2022. Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D693-D700. doi: 10.1093/nar/gkab1016.
Le Mercier P, Bolleman J, de Castro E, Gasteiger E, Bansal P, Auchincloss AH, Boutet E, Breuza L, Casals-Casas C, Estreicher A, Feuermann M, Lieberherr D, Rivoire C, Pedruzzi I, Redaschi N, Bridge A. SwissBioPics-an interactive library of cell images for the visualization of subcellular location data. Database (Oxford). 2022 Apr 12:2022:baac026. doi: 10.1093/database/baac026.
Paysan-Lafosse T, Blum M, Chuguransky S, Grego T, Pinto BL, Salazar GA, Bileschi ML, Bork P, Bridge A, Colwell L, Gough J, Haft DH, Letunić I, Marchler-Bauer A, Mi H, Natale DA, Orengo CA, Pandurangan AP, Rivoire C, Sigrist CJA, Sillitoe I, Thanki N, Thomas PD, Tosatto SCE, Wu CH, Bateman A. InterPro in 2022. Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D418-D427. doi: 10.1093/nar/gkac993.
Yamada T, Yaguchi T, Maeda M, Alshahni MM, Salamin K, Guenova E, Feuermann M, Monod M. Gene Amplification of CYP51B: a New Mechanism of Resistance to Azole Compounds in Trichophyton indotineae. Antimicrob Agents Chemother. 2022 Jun 21;66(6):e0005922. doi: 10.1128/aac.00059-22. Epub 2022 May 12.

Feuermann M, Boutet E, Morgat A, Axelsen KB, Bansal P, Bolleman J, de Castro E, Coudert E, Gasteiger E, Géhant S, Lieberherr D, Lombardot T, Neto TB, Pedruzzi I, Poux S, Pozzato M, Redaschi N, Bridge A, On Behalf Of The UniProt Consortium. Diverse Taxonomies for Diverse Chemistries: Enhanced Representation of Natural Product Metabolism in UniProtKB. Metabolites [Internet]. 2021 Jan 12;11(1). Available from: http://dx.doi.org/10.3390/metabo11010048.
Hufsky F, Lamkiewicz K, Almeida A, Aouacheria A, Arighi C, Bateman A, Baumbach J, Beerenwinkel N, Brandt C, Cacciabue M, Chuguransky S, Drechsel O, Finn RD, Fritz A, Fuchs S, Hattab G, Hauschild AC, Heider D, Hoffmann M, Hölzer M, Hoops S, Kaderali L, Kalvari I, von Kleist M, Kmiecinski R, Kühnert D, Lasso G, Libin P, List M, Löchel HF, Martin MJ, Martin R, Matschinske J, McHardy AC, Mendes P, Mistry J, Navratil V, Nawrocki EP, O'Toole ÁN, Ontiveros-Palacios N, Petrov AI, Rangel-Pineros G, Redaschi N, Reimering S, Reinert K, Reyes A, Richardson L, Robertson DL, Sadegh S, Singer JB, Theys K, Upton C, Welzel M, Williams L, Marz M. Computational strategies to combat COVID-19: useful tools to accelerate SARS-CoV-2 and coronavirus research. Brief Bioinform. 2021 Mar 22;22(2):642-663. doi: 10.1093/bib/bbaa232.
UniProt Consortium. UniProt: the universal protein knowledgebase in 2021. Nucleic Acids Res. 2021 Jan 8;49(D1):D480–D489. doi: 10.1093/nar/gkaa1100
Wang Y, Wang Q, Huang H, Huang W, Chen Y, McGarvey PB, Wu CH, Arighi CN, UniProt Consortium. A crowdsourcing open platform for literature curation in UniProt. PLoS biology. 2021 December;19(12):e3001464. DOI: 10.1371/journal.pbio.3001464.
Yamada T, Yaguchi T, Salamin K, Guenova E, Feuermann M, Monod M. MFS1, a Pleiotropic Transporter in Dermatophytes That Plays a Key Role in Their Intrinsic Resistance to Chloramphenicol and Fluconazole. J Fungi (Basel). 2021 Jul 7;7(7):542. doi: 10.3390/jof7070542.
Yamada T, Yaguchi T, Tamura T, Pich C, Salamin K, Feuermann M, Monod M. Itraconazole resistance of Trichophyton rubrum mediated by the ABC transporter TruMDR2. Mycoses. 2021 Aug;64(8):936-946. doi: 10.1111/myc.13286. Epub 2021 Apr 25.

Bolleman J, de Castro E, Baratin D, Gehant S, Cuche BA, Auchincloss AH, Coudert E, Hulo C, Masson P, Pedruzzi I, Rivoire C, Xenarios I, Redaschi N, Bridge A. HAMAP as SPARQL rules-A portable annotation pipeline for genomes and proteomes. Gigascience 2020, 9(2):giaa003. doi: 10.1093/gigascience/giaa003
Breuza L, Arighi CN, Argoud-Puy G, Casals-Casas C, Estreicher A, Famiglietti ML, Georghiou G, Gos A, Gruaz-Gumowski N, Hinz U, Hyka-Nouspikel N, Kramarz B, Lovering RC, Lussi Y, Magrane M, Masson P, Perfetto L, Poux S, Rodriguez-Lopez M, Stoeckert C, Sundaram S, Wang L-S, Wu E, Orchard S, IMEx Consortium, UniProt Consortium: A coordinated approach by public domain bioinformatics resources to aid the fight against Alzheimer's disease through expert curation of key protein targets. J. Alzheimers Dis. 2020. doi: 10.3233/JAD-200206
Bye-A-Jee H, Zaru R, Magrane M, Orchard S, UniProt Consortium. Caenorhabditis elegans phosphatase complexes in UniProtKB and Complex Portal. FEBS J. 2020, 287: 2664-2684. doi: 10.1111/febs.15213
Drysdale R, Cook CE, Petryszak R, Baillie-Gerritsen V, Barlow M, Gasteiger E, Gruhl F, Haas J, Lanfear J, Lopez R, Redaschi N, Stockinger H, Teixeira D, Venkatesan A; Elixir Core Data Resource Forum; Blomberg N, Durinx C, McEntyre J. The ELIXIR Core Data Resources: fundamental infrastructure for the life sciences. Bioinformatics. 2020 Apr 15;36(8):2636-2642. doi: 10.1093/bioinformatics/btz959.
MacDougall A, Volynkin V, Saidi R, Poggioli D, Zellner H, Hatton-Ellis E, Joshi V, O'Donovan C, Orchard S, Auchincloss AH, Baratin D, Bolleman J, Coudert E, de Castro E, Hulo C, Masson P, Pedruzzi I, Rivoire C, Arighi C, Wang Q, Chen C, Huang H, Garavelli J, Vinayaka CR, Yeh LS, Natale DA, Laiho K, Martin M, UniProt Consortium. UniRule: a unified rule resource for automatic annotation in the UniProt Knowledgebase. Bioinformatics 2020. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa485
Morgat A, Lombardot T, Coudert E, Axelsen K, Batista Neto T, Gehant S, Bansal P, Bolleman J, Gasteiger E, de Castro E, Baratin D, Pozzato M, Xenarios I, Poux S, Redaschi N, Bridge A, UniProt Consortium. Enzyme annotation in UniProtKB using Rhea. Bioinformatics 2020, 36(6): 1896-1901. doi: 10.1093/bioinformatics/btz817
Porras P, Barrera E, Bridge A, Del-Toro N, Cesareni G, Duesbury M, Hermjakob H, Iannuccelli M, Jurisica I, Kotlyar M, Licata L, Lovering RC, Lynn DJ, Meldal B, Nanduri B, Paneerselvam K, Panni S, Pastrello C, Pellegrini M, Perfetto L, Rahimzadeh N, Ratan P, Ricard-Blum S, Salwinski L, Shirodkar G, Shrivastava A, Orchard S. Towards a unified open access dataset of molecular interactions. Nat Commun. 2020 Dec 1;11(1):6144. doi: 10.1038/s41467-020-19942-z
Touré V, Vercruysse S, Acencio ML, Lovering RC, Orchard S, Bradley G, Casals-Casas C, Chaouiya C, Del-Toro N, Flobak Å, Gaudet P, Hermjakob H, Hoyt CT, Licata L, Lægreid A, Mungall CJ, Niknejad A, Panni S, Perfetto L, Porras P, Pratt D, Saez-Rodriguez J, Thieffry D, Thomas PD, Türei D, Kuiper M. The minimum information about a molecular interaction causal statement (MI2CAST). Bioinformatics 2020. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa622
Wood V, Carbon S, Harris MA, Lock A, Engel SR, Hill DP, Van Auken K, Attrill H, Feuermann M, Gaudet P, Lovering RC, Poux S, Rutherford KM, Mungall CJ. Term Matrix: a novel Gene Ontology annotation quality control system based on ontology term co-annotation patterns. Open Biol. 2020 Sep;10(9):200149. doi: 10.1098/rsob.200149. Epub 2020 Sep 2.