Le autorità sanitarie pubbliche investono in programmi di sorveglianza per monitorare gli agenti patogeni potenzialmente pericolosi, effettuare ricerche e mitigare i rischi di epidemie. In Svizzera, la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP), co-diretta da il SIB, centralizza le sequenze genetiche microbiche di interesse per la salute pubblica raccolte nel Paese. Nel 2021, la SPSP ha ricevuto dall'Ufficio federale della sanità pubblica (UFSP) il mandato di raccogliere, elaborare e annotare i dati genomici del SARS-CoV-2. Da allora, l'ambito della sua missione è stato ampliato per includere nuovi agenti patogeni, sia per l'UFSP che per l'Ufficio federale della sicurezza alimentare e di veterinaria (USAV).
Focus su SPSP
La Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) è una piattaforma online sicura che consente la condivisione quasi in tempo reale, con accesso controllato, dei dati molecolari relativi agli agenti patogeni e dei metadati clinici ed epidemiologici ad essi associati.
I suoi due obiettivi principali sono:
- Sorveglianza: fungere da piattaforma di sorveglianza condivisa tra medicina umana e veterinaria, compresi gli isolati ambientali e alimentari, consentendo così una sorveglianza dettagliata della trasmissione e dell'insorgenza di agenti patogeni in tempo quasi reale, con risultati utilizzabili per la salute pubblica.
- Ricerca: fungere da archivio FAIR di dati strutturati, standardizzati e ben annotati che possono essere utilizzati per rispondere a specifiche domande di ricerca; condividere i dati in modo aperto, ove possibile.
Un approccio One Health a livello nazionale
SPSP è una piattaforma condivisa di sorveglianza molecolare sicura tra medicina umana e veterinaria che include anche agenti patogeni ambientali e di origine alimentare. È gestita da Il SIB insieme agli ospedali universitari di Basilea, Losanna e Ginevra, nonché alle università di Berna e Zurigo. Per Aitana Neves, Associate Group Leader di Il SIB e presidente del comitato scientifico di SPSP, «SPSP funge da piattaforma fondamentale per il monitoraggio molecolare dei microrganismi presenti nell'uomo, negli animali e nell'ambiente, promuovendo un approccio One Health a livello nazionale».
Focus su SPSP
La Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) è una piattaforma online sicura che consente la condivisione quasi in tempo reale, con accesso controllato, dei dati molecolari relativi agli agenti patogeni e dei metadati clinici ed epidemiologici ad essi associati.
I suoi due obiettivi principali sono:
- Sorveglianza: fungere da piattaforma di sorveglianza condivisa tra medicina umana e veterinaria, compresi gli isolati ambientali e alimentari, consentendo così una sorveglianza dettagliata della trasmissione e dell'insorgenza di agenti patogeni in tempo quasi reale, con risultati utilizzabili per la salute pubblica.
- Ricerca: fungere da archivio FAIR di dati strutturati, standardizzati e ben annotati che possono essere utilizzati per rispondere a specifiche domande di ricerca; condividere i dati in modo aperto, ove possibile.
Coinvolgere le autorità sanitarie pubbliche svizzere
Durante la pandemia, l'UFSP ha incaricato l'SPSP di raccogliere, elaborare e annotare i dati genomici relativi al SARS-Cov-2. Nel 2023, due nuove iniziative delle autorità svizzere hanno ampliato il mandato dell'SPSP ad altri agenti patogeni di interesse:
- Influenza e virus respiratorio sinciziale (RSV), con un rinnovato finanziamento da parte dell'UFSP, inizialmente sui ceppi umani, ma già in collaborazione con altri laboratori, tra cui Vetsuisse, per integrare i ceppi animali;
- Listeria monocytogenes, Salmonella e altri, con un finanziamento dell'UFSP e dell'Ufficio federale della sicurezza alimentare e di veterinaria (USAV).
L'SPSP è ora parte integrante del dashboard delle malattie infettive dell'UFSP ed è destinato a promuovere gli scambi con altre piattaforme europee sui patogeni e a diventare un polo per i dati genomici sui patogeni provenienti da fonti animali, ambientali e umane.
«Durante la pandemia, SPSP è diventata un partner affidabile dell'UFSP, dimostrando l'importanza della curazione e della gestione dei dati genomici per sostenere in modo efficiente i programmi di sorveglianza nazionali. È essenziale che tali infrastrutture siano consolidate per sostenere i programmi di sorveglianza attuali e futuri», afferma Katrin Schneider, responsabile dell'unità bioinformatica e scienza dei dati dell'UFSP.
Reference(s)
Didascalia dell'immagine: sequenze SARS-CoV-2 depositate presso la piattaforma svizzera di sorveglianza degli agenti patogeni: ripartizione per età dei campioni dal 24 febbraio 2020.
