La question n’est pas de savoir si le monde sera confronté à une nouvelle pandémie, mais quand. Le SIB est au cœur des efforts visant à améliorer la préparation aux épidémies, en s’appuyant sur le travail réalisé pendant la pandémie de COVID-19 – qui a contribué à faire de la Suisse un leader mondial en matière de surveillance des agents pathogènes et de réponses fondées sur les données.
Renforcement des infrastructures nationales et mondiales pour les données sur les agents pathogènes
Le Centre de bioinformatique des agents pathogènes du SIB coordonne un écosystème durable d’outils et d’experts pour la surveillance génomique continue de tout agent pathogène préoccupant. Ces outils s’inscrivent dans une approche « One Health » qui prend en compte les interactions entre la santé humaine, animale et environnementale – et peuvent être rapidement mobilisés pour répondre aux flambées de maladies infectieuses et aux épidémies.
Parmi les réussites et les projets en cours en matière de préparation aux épidémies, on peut citer :
- la coordination du développement stratégique d’outils et de bases de données essentiels pour le stockage, l’analyse, le partage, la visualisation et l’interprétation des données génomiques sur les agents pathogènes ;
- la centralisation et la normalisation de toutes les séquences génomiques collectées en Suisse pour trois virus respiratoires et un agent pathogène d’origine alimentaire, grâce à un mandat élargi du gouvernement suisse concernant l’une de ces bases de données, la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) ;
- la mise en place d’une surveillance des eaux usées aux niveaux national et international ;
- le soutien à la recherche mondiale sur les maladies infectieuses et aux interventions de santé publique par le biais du Pathogen Data Network (PDN).
Des travaux sont également en cours pour que la SPSPréponde aux nouvelles exigences de l’UE en matière de sécurité alimentaire, en tant que dépositaire national suisse des séquences génomiques des micro-organismes utilisés dans la chaîne alimentaire.
À la une : détecter précocement les épidémies grâce à la surveillance des eaux usées
Les agents pathogènes peuvent souvent être détectés dans les eaux usées avant même que le nombre de cas cliniques ne commence à augmenter. Cela constitue un moyen économique de surveiller à grande échelle les souches en circulation – et donne aux autorités sanitaires et aux hôpitaux le temps d’atténuer l’impact d’une nouvelle épidémie ou d’un nouveau variant, par exemple en préparant des vaccins et en constituant des stocks de traitements.
Les scientifiques du SIB soutiennent la surveillance des eaux usées aux niveaux national et international.
- Fournir des analyses de données et des rapports pour le système suisse de surveillance des eaux usées. Les séquences génomiques issues d’échantillons d’eaux usées prélevés régulièrement par l’Eawag sont analysées afin de détecter des variations génomiques et de suivre l’évolution des variants en temps réel. Cette analyse est réalisée par les groupes « Santé personnalisée » et « Biologie computationnelle » du projet NEXUS du SIB, à l’aide des ressources du SIB (V-pipe, Nextclade et Nextstrain). Les rapports sont transmis à l’Office fédéral de la santé publique, qui les intègre à son tableau de bord des maladies infectieuses, et sont mis à disposition du public sur la plateforme suisse de surveillance des agents pathogènes, une autre ressource du SIB. Quatre virus – le SARS-CoV-2, le VRS, la grippe A et la grippe B – font actuellement l’objet d’une surveillance.
- Faire progresser la surveillance des eaux usées grâce au Pathogen Data Network. Ce travail consiste notamment à permettre l’analyse, à partir des eaux usées, des agents pathogènes bactériens, fongiques et parasitaires (IMMense, développé par des scientifiques du SIB), à créer des tableaux de bord interactifs et accessibles au public sur les eaux usées (GenSpectrum, soutenu par Loculus et V-pipe ; tous développés par des scientifiques du SIB), et à formuler des recommandations à l’intention du Système national américain de surveillance des eaux usées.
Tirer parti des enseignements tirés de la COVID-19 dans la sensibilisation du public
Les chercheurs du SIB ont mis au point un atelier numérique destiné aux étudiants et au grand public afin d’expliquer le rôle crucial joué par la bioinformatique pendant la pandémie, qu’il s’agisse de comprendre la biologie du virus, de retracer son évolution ou de surveiller sa présence dans les eaux usées.
S'appuyant sur les outils de bioinformatique développés pour le SARS-CoV-2
Le Centre de bioinformatique des agents pathogènes s'appuie sur les ressources et l'expertise acquises pendant la pandémie de COVID-19, qui continuent de constituer des outils essentiels dans les systèmes nationaux et internationaux de surveillance génomique du SARS-CoV-2.
Tirer parti des enseignements tirés de la COVID-19 dans la sensibilisation du public
Les chercheurs du SIB ont mis au point un atelier numérique destiné aux étudiants et au grand public afin d’expliquer le rôle crucial joué par la bioinformatique pendant la pandémie, qu’il s’agisse de comprendre la biologie du virus, de retracer son évolution ou de surveiller sa présence dans les eaux usées.
Nos contributions dans le cadre de la pandémie comprennent notamment :
- la mise à disposition de l’infrastructure nationale suisse pour les séquences génomiques du SARS-CoV-2 ;
- le développement de nombreuses autres bases de données et outils permettant de suivre l’évolution et la propagation du virus et de comprendre sa biologie ;
- la facilitation du partage international ouvert des séquences génomiques du SARS-CoV-2 en tant que co-chef de file du projet ELIXIR CONVERGE ;
- l’accélérationdela découverte de médicaments dans le cadre du consortium européen public-privé Exscalate4CoV.
À ma connaissance, tous les pays disposant d'un système national de surveillance du SARS-CoV-2 ont recours aux outils du SIB.
Dossiers approfondis sur la préparation aux épidémies
- Autour du COVID-19 – SIB Profile 2021
- Se préparer à la prochaine épidémie – SIB Profile 2025
