Dirigé par le SIB en partenariat avec l'Institut européen de bioinformatique de l'EMBL (EMBL-EBI) et de nombreux autres partenaires mondiaux, ce réseau vise à fournir une infrastructure, des outils, des formations, des activités de sensibilisation et un soutien au partage et à la réutilisation des données FAIR sur les maladies infectieuses. Il couvrira divers types de données biologiques, notamment la génomique des hôtes et des agents pathogènes, la transcriptomique, les protéines, les voies et réseaux, l'imagerie et les cohortes.
Pour mieux lutter contre les épidémies et les pandémies
S'appuyant sur le succès de la plateforme de données COVID-19, le Pathogen Data Network (PDN) couvrira les données relatives aux espèces hautement pertinentes qui sont pathogènes pour l'homme, ainsi que leurs vecteurs et leurs interactions avec leurs hôtes. En fournissant aux chercheurs et aux autorités sanitaires des données sur les agents pathogènes provenant notamment de sources environnementales, le PDN vise à améliorer la réponse aux pandémies et la surveillance générale des épidémies à l'échelle mondiale.
Toutes les personnes intéressées sont invitées à rejoindre le forum communautaire ouvert PDN afin de participer activement et de donner leur avis sur la feuille de route des ressources
Renforcement de la gestion des données locales et du partage des données mondiales
Ce projet est financé dans le cadre du programme de ressources bioinformatiques du National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIH-NIAID*) du NIH, qui a été attribué à trois initiatives. Le Pathogen Data Network, en particulier, consiste à fournir des logiciels permettant aux pays ou aux régions de créer des portails de données locaux. Le portail Pathogens Portal hébergé par l'EMBL-EBI servira d'interface centrale complète, offrant un accès à des données de cohortes, des images, des tableaux de bord et bien plus encore, améliorant ainsi le partage et la communication des données à l'échelle mondiale. Les services du portail de données couvriront tous les agents pathogènes jugés intéressants par le NIAID, et incluront progressivement les espèces hôtes, les hôtes intermédiaires et les vecteurs pertinents pour les espèces et groupes d'agents pathogènes répertoriés. « Toutes les personnes intéressées sont invitées à rejoindre le forum communautaire ouvert du PDN afin de participer activement et de donner leur avis sur la feuille de route des ressources », déclare Aitana Neves, directrice du Pathogen Data Network et directrice adjointe de Clinical Bioinformatics au SIB Institut Suisse de Bioinformatique. Grâce à un engagement fort de la communauté et à des composantes mettant l'accent sur la nécessité de renforcer les capacités, la gouvernance locale des données et l'alignement sur la politique internationale, le PDN favorisera une approche intégrative et participative du partage des données sur les agents pathogènes.
* Ce projet est soutenu par l'Institut national des allergies et des maladies infectieuses des National Institutes of Health sous le numéro de subvention U24AI183840. Le contenu relève de la seule responsabilité des auteurs et ne reflète pas nécessairement les opinions officielles des National Institutes of Health.
Consortium Pathogen Data Network
Le projet est coordonné par le SIB en collaboration avec :
- L'Institut européen de bioinformatique de l'EMBL (EMBL-EBI) - Royaume-Uni
- Le Laboratoire Cold Spring Harbor (CSHL) - États-Unis
- L'Institut Leibniz DSMZ – Collection allemande de micro-organismes et de cultures cellulaires - Allemagne
- L'université Georgetown à Washington DC - États-Unis
- Université d'Uppsala - Suède
- Institut national sud-africain de bioinformatique (SANBI) - Afrique du Sud
- Institut national de la santé Carlos III (ISCIII) - Espagne
- Université arctique de Norvège (UiT) - Norvège
- L'université Eötvös Loránd - Hongrie
- Université technique du Danemark (DTU) - Danemark
- Le Centre médical universitaire Erasmus (EMC) - Pays-Bas
Plus d'informations sur le site web du projet et la page LinkedIn.
Reference(s)
Crédit image : SIB Institut Suisse de Bioinformatique
