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Tour d'horizon des outils développés au SIB permettant de comprendre l'activité virale dans le contexte de la glycosylation
Attention aux sucres – De l'importance des glycanes dans la conception des vaccins et les infections virales
Les sucres présents à la surface d'un virion ou des cellules d'un hôte jouent un rôle clé, mais souvent négligé, dans le succès d'un vaccin ainsi que pendant le processus d'infection. Dans cette série« in silico talks »de l' , Frédérique Lisacek, glyco-informaticienne et responsable du groupe SIB, et Philippe Le Mercier, virologue moléculaire, présentent une vision dynamique de leur récente publication commune sur ce sujet et offrent un tour d'horizon des outils développés au SIB qui peuvent être utilisés pour comprendre l'activité virale dans le contexte de la glycosylation.
À propos de la série in silico talks - Les dernières avancées en bioinformatique par les scientifiques du SIB
La série in silico talks a pour but d'informer les bioinformaticiens, les spécialistes des sciences de la vie et les cliniciens des dernières avancées réalisées par les scientifiques du SIB sur un large éventail de sujets liés aux méthodes, à la recherche et aux ressources en bioinformatique. Restez au courant des derniers développements, obtenez des informations exclusives sur les articles récents et découvrez comment ces avancées pourraient vous aider dans votre travail ou votre recherche en vous inscrivant à la liste de diffusion in silico talks.
Lorsque les virologues et les glycobiologistes commencent à échanger leurs points de vue, les raisons pour lesquelles certains vaccins sont particulièrement efficaces ou échouent à plusieurs reprises deviennent soudainement beaucoup plus claires. Les glycanes, également appelés sucres, glucides ou polysaccharides, présents à la surface d'un virus peuvent en effet agir comme un « bouclier » pour protéger le virus contre les anticorps du vaccin. L'étude de la composition, de la diversité et de la structure de ces glycanes est donc d'une importance capitale dans la conception des vaccins, mais pas seulement.
Les virus exploitent également les glycanes de leurs hôtes pour pénétrer dans la cellule lors de l'infection. En se concentrant sur l'exemple de la grippe, Philippe Le Mercier (groupe Swiss-Prot) et Frédérique Lisacek (groupe Proteome Informatics) du SIB retracent les étapes biologiques qui se produisent lors de l'infection et explorent le paysage actuel des outils bioinformatiques interconnectés qui peuvent aider à étudier et à comprendre les interactions entre les virus et les glycanes, en se concentrant sur les ressources développées par les groupes du SIB.
Pour n'en citer que quelques-uns : ViralZone pour comprendre la diversité des virus ; SugarBind pour déduire les séquences glycaniques les plus susceptibles d'être spécifiquement adhérées par des organismes pathogènes ; GlyConnect pour explorer les structures glycaniques spécifiques aux protéines auxquelles elles sont liées et inversement, tout en explorant les associations possibles entre l'expression tissulaire ou la glycosylation spécifique à un site ; et UniLectin, qui se concentre sur la structure 3D et les détails atomiques des protéines qui médient la fixation et la liaison des virus à leurs cibles.
À l'avenir, il sera essentiel d'accroître la connectivité entre les ressources existantes en immunologie, glycobiologie et virologie, ainsi que d'encourager l'adoption de normes de formatage communes - comme c'est déjà le cas pour la plupart des données omiques - pour le corpus croissant d'informations sur la glycosylation, afin de permettre à terme une meilleure compréhension de la grippe et d'autres virus.
