Plateformes nationales sécurisées en ligne, outils de diagnostic, initiatives internationales visant à lutter contre diverses pathologies et initiatives nationales visant à renforcer la recherche fondée sur les données : découvrez les projets phares sur lesquels travaillent nos équipes.
Faire progresser la surveillance des agents pathogènes : la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP)
La Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) est une plateforme de surveillance sécurisée partagée entre la médecine humaine et vétérinaire, qui suit l'approche One Health. Gérée conjointement par le SIB en collaboration avec les hôpitaux universitaires de Bâle, Lausanne et Genève, ainsi que les universités de Berne et Zurich, elle vise à améliorer la coordination internationale et l'efficacité de la recherche, ainsi que la surveillance des variants et la préparation aux pandémies. Elle permet un suivi rapide et détaillé de la transmission et de la surveillance des épidémies de pathogènes à l'aide de données de séquençage du génome entier et des métadonnées associées. Elle offre un accès contrôlé aux données, des requêtes dynamiques complexes, des tableaux de bord dédiés et le partage automatisé des données avec des référentiels internationaux (en savoir plus).
Cette plateforme nationale de surveillance génomique a le potentiel d'accueillir toutes les séquences d'un agent pathogène présentant un intérêt pour la santé publique (par exemple, la grippe, la légionellose ou les bactéries résistantes aux antibiotiques). Elle a également été récemment mandatée par l'Office Fédéral de la Santé Publique (OFSP) pour la surveillance de la bronchiolite (RSV) et de la grippe. Pendant la pandémie de COVID-19, la plateforme a fait office de hub de données suisse sur le SARS-CoV-2. Elle a centralisé toutes les séquences génétiques du virus en Suisse, offrant ainsi au OFSP une vision nationale de la circulation des variants. La SPSP alimente également des bases de données internationales afin de stimuler la recherche sur le virus. Forte de cette expérience, la SIB codirige désormais les efforts européens visant à faciliter le partage ouvert des séquences génomiques virales du SARS-CoV-2 dans d'autres pays.
À propos du partenariat public-privé de l'UE pour le financement de la recherche et de l'innovation dans le domaine de la santé
L'objectif de l'initiative en matière d'innovations dans le domaine de la santé, qui fait suite à l'initiative en matière de médicaments innovants, est de traduire la recherche et l'innovation dans le domaine de la santé en avantages concrets pour les patients et la société. Elle vise également à garantir que l'Europe reste à la pointe de la recherche interdisciplinaire, durable et centrée sur le patient dans le domaine de la santé. À cette fin, elle rassemble des associations industrielles représentant les secteurs concernés par les soins de santé, ainsi que des universités, des petites et moyennes entreprises (PME), des patients, des régulateurs et d'autres acteurs.
Favoriser les partenariats public-privé en Europe
Pour s'attaquer aux grands problèmes de santé publique, les chercheurs et les cliniciens ont besoin d'un accès sûr et efficace à un grand nombre de données issues d'études cliniques, qui couvrent souvent plusieurs pays. Cette masse critique de données leur permet de détecter des signaux qui seraient autrement difficiles à trouver et qui pourraient être exploités plus efficacement dans la pratique, au bénéfice des patients. C'est l'objectif de plusieurs initiatives européennes, telles que l'Innovative Health Initiative, qui s'appuie sur le succès de l'Innovative Medicines Initiative.
Le SIB joue un rôle central dans une douzaine de ces initiatives en tant que Data Coordination Centre, où il orchestre la gestion des données, conçoit des solutions innovantes pour partager des données sensibles (par exemple, l'analyse fédérée) et met en œuvre les principes FAIR (par exemple, le projet FAIRplus). L'institut apporte également son expertise en bioinformatique dans l'analyse de données multi-omiques afin d'intégrer des données complexes et hétérogènes et de soutenir la prévention des maladies , le suivi de leur progression et les traitements personnalisés (par exemple, de nouvelles connaissances sur le diabète de type 2). Il permet ainsi à ces projets à grande échelle de s'attaquer à des maladies telles que le diabète, l'obésité, la myopathie, l'arthrite et le cancer.
Accélérer le diagnostic du cancer et la médecine de précision avec Oncobench®
OncoBench® est une plateforme de diagnostic du cancer mise en place grâce à une collaboration entre le SIB et les Hôpitaux universitaires de Genève (HUG). Elle est conçue pour améliorer le diagnostic du cancer en intégrant des outils et des technologies de bioinformatique de pointe. La plateforme est dédiée à l'analyse des données génomiques de patients atteints de cancer et favorise la reproductibilité, l'évolutivité et l'automatisation en laboratoire. Grâce à des algorithmes bioinformatiques de pointe, elle interprète des données génomiques à grande échelle afin de permettre aux professionnels de santé et aux chercheurs d'obtenir des informations précieuses sur la biologie du cancer et les options de traitement personnalisées.
OncoBench® vise à améliorer la médecine de précision en fournissant aux oncologues une compréhension approfondie des altérations génomiques chez chaque patient atteint d'un cancer. Ces informations permettent d'adapter les stratégies thérapeutiques en fonction du profil génétique unique de la tumeur de chaque patient, ce qui pourrait déboucher sur des traitements plus efficaces et mieux ciblés.
Favoriser la recherche en santé personnalisée grâce à BioMedIT, le réseau informatique national sécurisé
BioMedIT, une collaboration ambitieuse coordonnée par le SIB et impliquant l'ETH Zurich et les universités de Bâle et de Lausanne, met en relation des chercheurs de toute la Suisse avec des données biomédicales. Ce réseau innovant a été créé dans le cadre de l'initiative Swiss Personalized Health Network (SPHN). Il héberge plus de 60 projets de recherche nationaux et internationaux liés à la santé, allant de la prédiction des infections à l'oncologie de précision.
Cette mise en place a été rendue possible grâce aux compétences techniques de la SIB, qui s'appuie sur des décennies d'expertise dans le domaine des infrastructures bioinformatiques, ainsi que sur sa capacité de coordination à l'échelle nationale, qui lui permet de réunir les différents acteurs impliqués, tels que les hôpitaux qui collectent les données des patients, les chercheurs qui testent le développement de l'infrastructure et divers groupes d'experts.
Le réseau BioMedIT représente une avancée significative dans la promotion de la recherche en santé personnalisée en Suisse.
Une vision pour l'avenir de la recherche en sciences de la vie basée sur les données en Suisse avec le SwissBioData ecosystem (SBDe)
Étendre l'expertise du SIB à toute la Suisse grâce à des partenariats
SBDe est le fruit d'une réflexion menée au cours des trois dernières années avec 17 autres institutions. Il a été soumis à l'examen du SERI dans le cadre de sa Feuille de route pour les infrastructures de recherche 2023.
Imaginez un laboratoire national décentralisé dans lequel les données, les méthodes, les outils logiciels et les flux de travail peuvent être partagés et réutilisés… pour le bien de tous. Le SwissBioData ecosystem (SBDe) renforcerait la capacité de la Suisse à convertir les données de recherche en connaissances et en innovation.
Le SBDe vise à soutenir les chercheurs en sciences de la vie de toutes les hautes écoles et instituts de recherche suisses, depuis la production des données jusqu'à leur analyse et leur partage en vue d'une réutilisation. Il permettrait, par exemple, d'harmoniser l'environnement informatique de plusieurs institutions pour les projets à forte intensité de données, tels que ceux basés sur l'intelligence artificielle. Il favoriserait également la disponibilité à long terme des différents types de jeux de données produits dans les laboratoires suisses. Tout cela serait possible en s'appuyant sur l'expertise et les ressources exceptionnelles déjà existantes.
À terme, SBDe renforcerait la capacité des chercheurs suisses à transformer les données en connaissances et consoliderait la compétitivité internationale et la position de la Suisse dans le domaine des infrastructures de données pour les sciences de la vie.