Les autorités de santé publique investissent dans des programmes de surveillance afin de surveiller les agents pathogènes potentiellement dangereux, de mener des recherches et d'atténuer les risques d'épidémies. En Suisse, la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP), codirigée par le SIB, centralise les séquences génétiques microbiennes d'intérêt pour la santé publique collectées dans le pays. En 2021, la SPSP a été mandatée par l'Office Fédéral de la Santé Publique (OFSP) pour collecter, traiter et annoter les données génomiques du SARS-CoV-2. Depuis, le champ de sa mission a été élargi à de nouveaux agents pathogènes, tant pour l'OFSP que pour l'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV).
Focus sur SPSP
La Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) est une plateforme en ligne sécurisée qui permet le partage en temps quasi réel, sous accès contrôlé, de données moléculaires sur les agents pathogènes et des métadonnées cliniques et épidémiologiques associées.
Ses deux principaux objectifs sont les suivants :
- Surveillance : servir de plateforme de surveillance commune entre la médecine humaine et vétérinaire, y compris les isolats environnementaux et alimentaires, permettant ainsi une surveillance détaillée de la transmission et des épidémies de pathogènes en temps quasi réel, avec des résultats exploitables pour la santé publique.
- Recherche : servir de référentiel FAIR de données structurées, normalisées et bien annotées pouvant être utilisées pour répondre à des questions de recherche spécifiques ; partager les données de manière ouverte dans la mesure du possible.
Une approche « Une seule santé » au niveau national
Le SPSP est une plateforme commune de surveillance moléculaire sécurisée entre la médecine humaine et vétérinaire, qui inclut également les agents pathogènes environnementaux et d'origine alimentaire. Il est géré par le SIB en collaboration avec les hôpitaux universitaires de Bâle, Lausanne et Genève, ainsi que les universités de Berne et Zurich. Pour Aitana Neves, responsable associée du groupe SIB et présidente du conseil scientifique du SPSP, « le SPSP est une plateforme essentielle pour la surveillance moléculaire des micro-organismes présents chez l'homme, l'animal et dans l'environnement, favorisant ainsi une approche « One Health » au niveau national »
Focus sur SPSP
La Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) est une plateforme en ligne sécurisée qui permet le partage en temps quasi réel, sous accès contrôlé, de données moléculaires sur les agents pathogènes et des métadonnées cliniques et épidémiologiques associées.
Ses deux principaux objectifs sont les suivants :
- Surveillance : servir de plateforme de surveillance commune entre la médecine humaine et vétérinaire, y compris les isolats environnementaux et alimentaires, permettant ainsi une surveillance détaillée de la transmission et des épidémies de pathogènes en temps quasi réel, avec des résultats exploitables pour la santé publique.
- Recherche : servir de référentiel FAIR de données structurées, normalisées et bien annotées pouvant être utilisées pour répondre à des questions de recherche spécifiques ; partager les données de manière ouverte dans la mesure du possible.
Réunir les autorités sanitaires publiques suisses autour d'une table
Le SPSP a été mandaté par l'OFSP pendant la pandémie pour collecter, traiter et annoter les données génomiques du SARS-Cov-2. En 2023, deux nouvelles initiatives des autorités suisses ont élargi le mandat du SPSP à d'autres agents pathogènes d'intérêt :
- La grippe et le virus respiratoire syncytial (VRS), avec un renouvellement du financement de l'OFSP, initialement sur les souches humaines, mais déjà en collaboration avec d'autres laboratoires, dont Vetsuisse, pour intégrer les souches animales ;
- Listeria monocytogenes, Salmonella et autres, avec un financement de l'OFSP et de l'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV).
Le SPSP fait désormais partie du tableau de bord des maladies infectieuses de l'OFSP et est appelé à favoriser les échanges avec d'autres plateformes européennes sur les agents pathogènes et à devenir un pôle de données génomiques sur les agents pathogènes provenant de sources animales, environnementales et humaines.
« Pendant la pandémie, le SPSP est devenu un partenaire de confiance de l'OFSP, démontrant l'importance de la conservation et de la gestion des données génomiques pour soutenir efficacement les programmes nationaux de surveillance. Il est essentiel que ces infrastructures soient consolidées pour soutenir les programmes de surveillance actuels et futurs », déclare Katrin Schneider, responsable de l'unité Bioinformatique et science des données à l'OFSP.
Reference(s)
Légende de l'image : Séquences du SARS-CoV-2 déposées auprès de la Plateforme suisse de surveillance des agents pathogènes : répartition par âge des échantillons depuis le 24 février 2020.
