Nous intégrons et analysons toutes sortes de données issues des sciences de la vie provenant de différentes technologies afin de faciliter les découvertes, des biomarqueurs à la réorientation des médicaments. Voici quelques-uns de nos domaines d'expertise spécifiques :
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l'analyse de l'imagerie moléculaire
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assemblage de novo de données de séquençage
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analyse ciblée du séquençage de l'exome et du génome entier
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l'analyse des données comparatives du génome
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analyse des données métagénomiques
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l'analyse des réseaux de régulation des voies et de la transcription (analyse fonctionnelle)
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analyse omique
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intégration des données
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visualisation des données
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prédiction et annotation des gènes
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apprentissage automatique
Favoriser la médecine de précision grâce à l'intégration de données multi-omiques
Le défi
Traduire les données multi-omiques en informations fonctionnelles afin de permettre la prévention, la détection précoce et la prédiction des maladies, de suivre leur évolution et de concevoir des traitements personnalisés.
Notre solution
Nous réalisons une intégration puissante des données grâce à notre expertise innovante en matière d'analyse multiomique. Capables de traiter des ensembles de données multiomiques volumineux et hétérogènes, nos équipes commencent par définir la stratégie d'intégration des données appropriée. Elles construisent ensuite des modèles statistiques intégratifs pour analyser et interpréter les données. Enfin, elles réalisent une analyse des voies d'accès pour faciliter la compréhension des mécanismes moléculaires en jeu. Par exemple, dans le cadre du projet Rhapsody financé par l'UE, nous avons intégré la lipidomique, la transcriptomique et les données cliniques pour identifier les biomarqueurs potentiels du diabète de type 2.
Impression métabolique environnementale pour caractériser l'impact des (bio)pesticides
Le défi
Estimer le temps de résilience des métabolites exogènes dans un sol traité avec un pesticide, synthétique ou dérivé de matériaux naturels.
Notre solution
Nous réalisons des modèles cinétiques des caractéristiques de chromatographie liquide-spectrométrie de masse (LC-MS) à partir de données métabolomiques non ciblées pour prédire la dissipation de celles provenant du traitement. Par exemple, nous collaborons avec l'Université de Perpignan (France) pour suivre le devenir d'un sol traité avec un extrait de plante.
Analyse du séquençage du génome entier pour caractériser les pathogènes fongiques dans différents environnements
Le défi
Identifier l'hétérogénéité génomique entre plusieurs micro-organismes.
Notre solution
Nous réalisons l'assemblage denovo de génomes, l'annotation de gènes et la détection de variants sur différents isolats d'espèces fongiques avec des données de séquençage de génomes entiers. Nous collaborons avec le Centre Hospitalier Universitaire de Lausanne (CHUV) pour des études sur les espèces de Candida.
