Le SIB fournit un soutien expert en matière de gestion des données de recherche à l'échelle internationale grâce à diverses collaborations européennes à grande échelle impliquant des institutions universitaires et l'industrie, notamment sous la direction du groupe Vital-IT Computational Biology. Ces projets abordent des questions de santé publique majeures telles que le diabète, l'obésité, le cancer ou les maladies rhumatismales. Notre rôle va de la coordination des données au développement de solutions innovantes pour exploiter les données sensibles et favoriser l'adoption des principes FAIR.
Un acteur clé des grands partenariats public-privé européens qui s'attaquent aux grands problèmes de santé publique
En tant que Data Coordination Centre ou fournisseur d'expertise de pointe en bioinformatique (par exemple, analyse intégrative de données, développement de bases de données et de sites web), le SIB est un acteur clé dans une douzaine de grands projets européens visant à exploiter la puissance des mégadonnées pour lutter contre les problèmes de santé publique. Découvrez-en quelques-uns ci-dessous et découvrez l'expertise que nous offrons dans chacun d'eux.
Le SIB dirige ou participe à plus de
10
Projets européens, qui couvrent
20
pays et comprennent chacun environ
20
institutions publiques et
5
sociétés pharmaceutiques
Cancer
IMMUcan
Type: Initiative en matière de médicaments innovants, programme Horizon 2020 de l'Union européenne
Objectif: Comprendre comment le système immunitaire et les tumeurs interagissent, et l'impact des interventions thérapeutiques
Notre rôle: Système de gestion des connaissances ; pipelines de traitement des données pour le séquençage de l'exome ; analyse omique intégrative
Parmi les entreprises participantes:
- MERCK
- ABBVIE INC
- BAYER
- ELI LILLY
- GLAXOSMITHKLINE
- JANSSEN PHARMACEUTICA NV
- SANOFI-AVENTIS RECHERCHE & DÉVELOPPEMENT
Maladies cardiovasculaires
iCARE4CVD
Type : Initiative en matière de médicaments innovants
Objectif : Mieux comprendre les maladies cardiovasculaires et personnaliser leur prévention et leur traitement à l'avenir
Notre rôle : apporter notre expertise en matière de gestion et d'harmonisation des données afin de créer des bases de données fédérées et permettre l'analyse de plusieurs cohortes à l'aide de l'IA.
Parmi les entreprises participantes :
- Novo Nordisk
- Astra Zeneca
- Lilly
- Catalyze
- IMEC
- DECENTRIQ
- Huawei
- Philips
- Technopole humaine
Diabète et complications
BEAt-DKD
Type: Initiative en matière de médicaments innovants, programme Horizon 2020 de l'Union européenne
Objectif: Fournir une vision holistique et systémique de la pathogenèse de la néphropathie diabétique (DKD), afin d'identifier les mécanismes et les voies ciblables sous-jacents à l'apparition et à la progression de la maladie, en appliquant une nouvelle sous-classification du diabète. Identifier et valider des biomarqueurs de la progression de la maladie et des réponses au traitement, qui constituent les premières étapes vers une médecine de précision dans la prise en charge de la DKD.
Notre rôle: Coordination des activités de bioinformatique ; mise en place d'une base de données fédérée pour l'analyse à distance des données ; analyse des données omiques
Parmi les entreprises participantes:
- ASTELLAS PHARMA EUROPE BV
- ELI LILLY AND COMPANY LTD
- Bayer Pharma AG
- NOVO NORDISK A/S
- BOEHRINGER INGELHEIM INTERNATIONAL GMBH
CARDIATEAM
Type: Initiative en matière de médicaments innovants, programme Horizon 2020 de l'Union européenne
Objectif: Évaluer le caractère unique de la cardiomyopathie diabétique par rapport à d'autres formes d'insuffisance cardiaque à l'aide d'approches impartiales de cartographie phénotypique
Notre rôle: Centre de coordination des données, intégration multi-omique, analyse statistique
Parmi les entreprises participantes:
- BAYER AKTIENGESELLSCHAFT
Hypo-RÉSOLUTION
Type: Initiative en matière de médicaments innovants, programme Horizon 2020 de l'Union européenne
Objectif: Étudier l'hypoglycémie et son impact sur le diabète
Notre rôle: intégration des données et harmonisation des données cliniques issues de 96 essais cliniques ; mise en place d'une base de données sécurisée et d'un serveur d'analyse à distance
Parmi les entreprises participantes:
- NOVO NORDISK A/S
- ELI LILLY AND COMPANY LTD
- ABBOTT DIABETES CARE
- MEDTRONIC INTERNATIONAL TRADING SARL
RHU QUID-NASH
Type: Recherche hospitalo-universitaire (France)
Objectif: Développer une biopsie hépatique virtuelle (non invasive) pour le diagnostic et la stadification de la stéatohépatite non alcoolique (NASH) chez les patients atteints de diabète de type 2.
Notre rôle: Centre de coordination des données ; intégration multiomique
RHAPSODY
Type: Initiative en matière de médicaments innovants, programme Horizon 2020 de l'Union européenne
Description: Utilisation d'approches de médecine de précision qui tiennent compte des caractéristiques biologiques du patient afin d'optimiser la prévention et le traitement du diabète de type 2.
Notre rôle: mise en place d'une base de données fédérée pour l'analyse de données à distance ; analyse de données multiomiques ; découverte de biomarqueurs
Parmi les entreprises participantes:
- INSTITUT DE RECHERCHES SERVIER
- JANSSEN PHARMACEUTICA NV
- NOVO NORDISK A/S
- ELI LILLY AND COMPANY LTD
Obésité
OBÉLISQUE
Type : Actions de recherche et d'innovation
Objectif: Améliorer notre compréhension des mécanismes moléculaires par lesquels les facteurs causaux interagissent pour favoriser (ou empêcher) le passage d'un poids normal à l'obésité pendant l'enfance.
Notre rôle: Mettre en place une base de données fédérée sur les cohortes d'enfants obèses et réaliser une analyse multi-omique intégrative pour le regroupement des patients et la découverte de biomarqueurs
SOPHIA
- Type: Initiative en matière de médicaments innovants, programme Horizon 2020 de l'Union européenne
Objectif: Permettre aux professionnels de santé de prédire de manière fiable les complications liées à l'obésité et d'identifier les patients qui répondront au traitement
Notre rôle: mise en place d'une base de données fédérée pour l'analyse à distance des données
Parmi les entreprises participantes:
- NOVO NORDISK A/S
- BOEHRINGER INGELHEIM INTERNATIONAL GMBH
- MEDTRONIC INTERNATIONAL TRADING SARL
- ELI LILLY AND COMPANY LTD
- PFIZER LIMITED
Maladies rhumatismales
ENDOTARGET
Type: Horizon Europe de l'Union européenne
Objectif: trouver des biomarqueurs et de nouvelles cibles thérapeutiques pour l'arthrite
Notre rôle: gestion des données FAIR ; harmonisation des données cliniques ; analyse du microbiome
HIPPOCRATE
Type: Initiative en matière de médicaments innovants, programme Horizon 2020 de l'Union européenne
Objectif: Fournir une base de connaissances durable et une ressource d'échantillons biologiques afin d'accélérer la recherche et le développement futurs de stratégies thérapeutiques personnalisées innovantes dans le domaine de l'arthrite psoriasique.
Notre rôle: harmonisation et intégration des données cliniques et omiques ; mise en place d'un environnement sécurisé pour l'exploration et l'analyse à distance des données
Parmi les entreprises participantes:
- NEOTERYX LIMITED
- NOVARTIS PHARMA AG
- UCB BIOPHARMA
- BRISTOL-MYERS SQUIBB COMPANY CORP
- PFIZER LIMITED
Solutions innovantes pour le traitement des données sensibles dans le cadre du RGPD
S'appuyant sur une technologie open source, le SIB a mis en œuvre et perfectionné des systèmes d'analyse fédérés dans le cadre de trois grands projets européens (Innovative Medicines Initiative - IMI) dans le domaine de la recherche sur le diabète (RHAPSODY et BEAt-DKD) et de l'obésité (SOPHIA).
La particularité de ces systèmes réside dans le fait qu'ils permettent d'effectuer à distance des analyses statistiques et de l'apprentissage automatique sur plusieurs bases de données cliniques connectées en réseau, mais non partagées afin de préserver leur confidentialité.
Dans le cadre de ces projets, le SIB a collaboré avec des partenaires universitaires et industriels pour mettre en place trois systèmes qui relient plus de 30 études cliniques.
Exemple d'analyse fédérée appliquée à la recherche sur le diabète :
Unir nos forces pour garantir que les données relatives aux sciences de la vie soient FAIR
Le SIB contribue activement à l'initiative européenne Projet européen IMI FAIRPlus, qui fournit des lignes directrices et des outils permettant de garantir facilement que les données relatives aux sciences de la vie sont FAIR (facilement identifiables, accessibles, interopérables et réutilisables). Notre rôle consiste à contribuer à l'évaluation et à la hiérarchisation des ensembles de données IMI pour la FAIRification, ainsi qu'aux lignes directrices et recommandations FAIR. Comme pour tous les IMI, le projet rassemble des partenaires issus du monde universitaire, des PME et des entreprises pharmaceutiques (par exemple AstraZaneca AB, Eli Lilly and Company Ltd., Novartis Pharma AG) afin de permettre une adoption plus large des meilleures pratiques en matière de gestion des données dans le domaine des sciences de la vie.
Les travaux menés dans le cadre de ce projet profitent à l'ensemble de la communauté des sciences de la vie et contribuent à optimiser les investissements publics dans la recherche.
En savoir plus sur notre participation à FAIRplus
Le SIB est également partenaire du projet Projet ELIXIR Converge , où il collabore avec d'autres gestionnaires de données et formateurs à travers l'Europe afin de fournir des outils et des formations pour la gestion des données dans le domaine des sciences de la vie.
Découvrez comment le SIB contribue à l'ouverture des données de recherche
Crédit image de la bannière : Christian Lue sur Unsplash