Le Centre de bioinformatique des agents pathogènes offre une expertise et des services dans la gestion et l’analyse des données sur les agents pathogènes, l’épidémiologie moléculaire computationnelle et la gestion de projets multisites connexes. Les plateformes d’analyse de données et les tableaux de bord centraux, qui ont joué un rôle majeur dans la réponse à la pandémie de COVID-19, contribuent à la mission du Centre. Ils facilitent l’interprétation cohérente des données pertinentes afin de se préparer à de futures menaces pathogènes. À l’interface entre la santé publique et la recherche, le Centre veille à ce que la Suisse reste à la pointe de la gestion et de l’analyse des données nécessaires à la surveillance en temps réel, générant ainsi des connaissances pour une réponse mondiale fondée sur des données probantes face aux agents pathogènes et pour l’élaboration de stratégies de santé publique.
Mission
- Offrir son expertise et ses services en bioinformatique des agents pathogènes, en épidémiologie moléculaire computationnelle et en gestion de projets multisites connexes aux autorités fédérales suisses ainsi que dans le cadre de tout programme suisse de préparation aux pandémies et de surveillance moléculaire.
- Veiller à ce que la Suisse reste à la pointe de la gestion et de l'analyse des données nécessaires à la surveillance en temps réel.
- Fournir des informations permettant d'élaborer des stratégies mondiales de lutte contre les agents pathogènes et de santé publique fondées sur des données probantes.
Le Centre fournit une expertise, des ressources et des services en bioinformatique des agents pathogènes dans le cadre d'initiatives de surveillance, de préparation aux pandémies et d'intervention.
Qu'est-ce que la bioinformatique des agents pathogènes ?
La bioinformatique des agents pathogènes est un domaine qui combine les principes et les outils de la bioinformatique pour étudier et analyser les agents pathogènes, c'est-à-dire les organismes qui provoquent des maladies chez leurs hôtes, tels que les virus, les bactéries, les champignons et les parasites.
Ce domaine interdisciplinaire utilise des méthodes computationnelles pour comprendre les mécanismes génétiques et moléculaires des agents pathogènes, dans le but d'améliorer le diagnostic, le traitement, la prévention et la surveillance des épidémies.
La bioinformatique des agents pathogènes joue un rôle crucial dans la recherche moderne sur les maladies infectieuses, en fournissant des informations essentielles à l’élaboration de mesures préventives et d’urgence par les autorités publiques.
Le Centre de bioinformatique des agents pathogènes renforce la mission du SIB qui consiste à générer des connaissances et à fournir les moyens d'améliorer la santé dans le monde entier.
Activités
S'appuyant sur les ressources existantes et nouvelles du réseau national du SIB, le Centre de bioinformatique des agents pathogènes développe les activités suivantes afin de soutenir ses nombreux acteurs directs et l'ensemble de la communauté scientifique dans ce domaine, notamment :
Qu'est-ce que la bioinformatique des agents pathogènes ?
La bioinformatique des agents pathogènes est un domaine qui combine les principes et les outils de la bioinformatique pour étudier et analyser les agents pathogènes, c'est-à-dire les organismes qui provoquent des maladies chez leurs hôtes, tels que les virus, les bactéries, les champignons et les parasites.
Ce domaine interdisciplinaire utilise des méthodes computationnelles pour comprendre les mécanismes génétiques et moléculaires des agents pathogènes, dans le but d'améliorer le diagnostic, le traitement, la prévention et la surveillance des épidémies.
La bioinformatique des agents pathogènes joue un rôle crucial dans la recherche moderne sur les maladies infectieuses, en fournissant des informations essentielles à l’élaboration de mesures préventives et d’urgence par les autorités publiques.
Le Centre de bioinformatique des agents pathogènes renforce la mission du SIB qui consiste à générer des connaissances et à fournir les moyens d'améliorer la santé dans le monde entier.
l'hébergement, la gestion, le traitement et le partage des données
Le Centre propose des services aux générateurs et aux analystes de données :
- L'hébergement et la gestion centralisés des données moléculaires suisses relatives aux agents pathogènes d'intérêt pour la santé publique.
- Fourniture d’un soutien de bioinformatique de routine et d’automatisation numérique aux laboratoires de référence, aux autorités de santé publique et aux laboratoires de recherche.
- Fonction de courtier en données auprès de référentiels internationaux.
- Couverture d'un large éventail de types d'échantillons prélevés sur des patients, dans les aliments, chez les animaux et dans l'environnement.
Le Centre développe des logiciels open source basés sur les dernières avancées de la recherche :
- Une infrastructure de partage de données facilitant l'échange mondial de données FAIR sur les agents pathogènes.
- Des pipelines de traitement des données comprenant le contrôle qualité, la curation ainsi que des méthodes standard et spécialisées (typage, assemblage, phylogénie) favorisant une analyse reproductible des données et les principes de la science ouverte.
Analyses de données, interprétation et conseil d'experts
- Collaboration avec les ressources développées par les groupes du SIB dans le domaine de la bioinformatique des agents pathogènes et de l'épidémiologie moléculaire computationnelle.
- Développement d'analyses statistiques descriptives standardisées et mise en place de tableaux de bord et de rapports intégratifs destinés aux autorités de santé publique (par exemple, rapports sur les données relatives aux agents pathogènes pour le tableau de bord des maladies infectieuses de l'Office fédéral de la santé publique), aux chercheurs et aux citoyens en Suisse et au-delà.
- Fourniture d'analyses spécialisées pour soutenir les autorités de santé publique.
- Développement de nouvelles ressources là où des lacunes sont identifiées.
Collaboration et harmonisation internationales
- Rôle actif/de premier plan dans les efforts internationaux visant à garantir l'accès et le partage des données sur les agents pathogènes selon les principes FAIR, notamment par le développement d'un Pathogen Data Network.
- Harmonisation des normes et pratiques internationales en matière de données, grâce à l’adhésion d’Emma Hodcroft à la communauté de pratique sur les données génomiques du Réseau international de surveillance des agents pathogènes de l’OMS.
- Alignement et collaboration avec d'autres initiatives et infrastructures internationales, notamment le groupe de travail ELIXIR sur les données relatives aux agents pathogènes, le Global Microbial Identifier et l'Alliance de santé publique pour l'épidémiologie génomique (PHA4GE).
Ressources
Les plateformes d’analyse de données et leurs outils de bioinformatique sont essentiels pour permettre une analyse reproductible d’ensembles de données volumineux et complexes. Elles fournissent également des informations de surveillance en temps réel indispensables, basées sur la combinaison de données nationales et internationales.
Vous trouverez ci-dessous la liste actuelle des ressources développées ou co-développées au sein des groupes du SIB qui contribuent directement à la mission du Centre de bioinformatique des agents pathogènes. Nous nous engageons à développer davantage ces ressources stratégiques de manière durable, coordonnée et synergique, et en accord avec les initiatives internationales visant à renforcer le rôle de la Suisse à la pointe de la surveillance moléculaire et de la transformation numérique.
Remarque : veuillez consulter les sites web des différentes ressources pour en savoir plus sur leurs fonctionnalités, ainsi que sur les organes de gouvernance et les sources de financement spécifiques.
La Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP ) – une plateforme en ligne sécurisée « One Health » qui permet le partage en temps quasi réel, sous accès contrôlé, de données de séquençage d’agents pathogènes et des métadonnées cliniques/épidémiologiques associées. La SPSP alimente le tableau de bord des maladies infectieuses de l’OFSP et est un consortium dont les membres sont répertoriés ici.
Nextclade - curation et annotation de jeux de données (groupe Neher, Université de Bâle et le SIB, en collaboration avec le groupe de Trevor Bedford)
Nextstrain – outil de surveillance essentiel pendant mais aussi avant la pandémie, notamment pour la grippe, où il contribue au développement annuel des vaccins (groupe Neher, Université de Bâle et le SIB, en collaboration avec le groupe de Trevor Bedford)
covSPECTRUM – Tableau de bord SARS-CoV-2 permettant une recherche interactive des mutations et des variants ; il est devenu un outil essentiel pour les propositions de désignation des lignées par Pango (groupe Stadler, ETHZ et le SIB)
CoVariants – référence pour la vue d'ensemble des variants et des mutations (groupe Hodcroft, Swiss-TPH & le SIB)
V-pipe – estimation de la diversité génomique virale dans des échantillons cliniques et environnementaux, y compris la détection et la quantification de variants génomiques d’agents pathogènes dans les eaux usées et l’estimation de leurs avantages en termes de fitness relative (groupe Beerenwinkel, ETHZ & le SIB)
Loculus – progiciel destiné à alimenter les bases de données génomiques microbiennes et Pathoplexus – base de données open source prise en charge par Loculus pour améliorer le partage et l'analyse des données génomiques sur les agents pathogènes viraux humains (groupes Hodcroft, Neher et Stadler, STPH, UniBas, ETHZ et Le SIB)
Projets
Les projets suivants sont financés dans le cadre du Centre.
Pathogen Data Network (PDN). Ce projet phare international vise à mettre en place un écosystème mondial de données et d’outils interconnectés afin de soutenir la recherche et les mesures de santé publique face aux maladies infectieuses et aux épidémies majeures. Entré dans sa deuxième année, le PDN s’appuie sur l’expertise et les ressources du SIB et des États-Unis pour fournir des informations précises, rapides et complètes sur les agents pathogènes circulants et émergents. Financé par le programme BRC du NIH-NIAID. Voir l’actualité.
FAIRification des ressources de bioinformatique sur les agents pathogènes. L'écosystème de ressources du Centre a été renforcé grâce à une interopérabilité accrue des ressources et à la mise en place d'un système intégré d'analyse et de partage des données génomiques sur les agents pathogènes. Ces travaux soutiennent également l'épidémiologie génomique à l'échelle mondiale. Financé par le programme de financement Swissuniversities B3.2 ORD (projet FAIR-CPB). En savoir plus.
Organisation
Comité de pilotage :
Niko Beerenwinkel (Biologie computationnelle)
Emma Hodcroft (EVE Épidémiologie et Évolution virale)
Richard Neher (Évolution microbienne)
Tanja Stadler (Évolution computationnelle)
Sélection de la couverture médiatique
Lisez le communiqué de presse en allemand et en français concernant l'inauguration du Centre à Berne, le 23 janvier 2025.
Le lancement du Centre de bioinformatique des agents pathogènes a fait l’objet d’une large couverture dans la presse suisse, notamment :
- RTS – interviews multimédias avec la directrice générale du Centre, Aitana Neves, et le directeur exécutif du SIB, Christophe Dessimoz (français)
- Le Temps – interview d’Aitana Neves (français)
- 24 heures – interview d’Aitana Neves et de Christophe Dessimoz (français)
- La Liberté – interview d’Aitana Neves (en français)
- Tages Anzeiger – interview d’Aitana Neves (en allemand)
- Radio SRF 1 / Echo der Zeit – interview d’Aitana Neves et de Christophe Dessimoz (en allemand)
