Le Centre de bioinformatique des agents pathogènes offre une expertise et des services dans les domaines de la gestion et de l'analyse des données sur les agents pathogènes, de l'épidémiologie moléculaire computationnelle et de la gestion de projets multisites connexes. Les plateformes d'analyse de données et les tableaux de bord qui ont joué un rôle majeur dans la réponse à la pandémie de COVID-19 contribuent à la mission du Centre. Ils facilitent l'interprétation cohérente des données pertinentes afin de se préparer à de futures menaces pathogènes. À l'interface entre la santé publique et la recherche, le Centre veille à ce que la Suisse reste à la pointe de la gestion et de l'analyse des données nécessaires à la surveillance en temps réel, générant ainsi des informations utiles pour une réponse mondiale fondée sur des données probantes et des stratégies de santé publique.
Missions
- Le Centre de bioinformatique pathogène (CPB) offre son expertise et ses services en bioinformatique pathogène, en épidémiologie moléculaire computationnelle et en gestion de projets multisites connexes aux autorités fédérales suisses et dans le cadre de tout programme suisse de préparation à une pandémie et de surveillance moléculaire.
- Le CPB veille à ce que la Suisse reste à la pointe de la gestion et de l'analyse des données nécessaires à la surveillance en temps réel.
- Le CPB génère des connaissances pour une réponse mondiale fondée sur des preuves et des stratégies de santé publique.
Le Centre fournit une expertise, des ressources et des services en bioinformatique des agents pathogènes dans le cadre d'initiatives de surveillance, de préparation aux pandémies et d'intervention.
Qu'est-ce que la bioinformatique des agents pathogènes ?
La bioinformatique des agents pathogènes est un domaine qui combine les principes et les outils de la bioinformatique pour étudier et analyser les agents pathogènes, c'est-à-dire les organismes qui provoquent des maladies chez leurs hôtes, tels que les virus, les bactéries, les champignons et les parasites.
Ce domaine interdisciplinaire utilise des méthodes informatiques pour comprendre les mécanismes génétiques et moléculaires des agents pathogènes, dans le but d'améliorer le diagnostic, le traitement, la prévention et la surveillance des maladies.
La bioinformatique des agents pathogènes joue un rôle crucial dans la recherche moderne sur les maladies infectieuses, en fournissant des informations essentielles à l'élaboration de mesures préventives et d'urgence par les autorités publiques.
Le CPB renforce la mission du SIB qui consiste à générer des connaissances et à fournir des moyens pour améliorer la santé dans le monde entier.
Activités
En s'appuyant sur les ressources existantes et nouvelles du réseau national du SIB, le Centre développe les activités suivantes afin de soutenir ses nombreux acteurs directs et l'ensemble de la communauté scientifique dans ce domaine, notamment :
Qu'est-ce que la bioinformatique des agents pathogènes ?
La bioinformatique des agents pathogènes est un domaine qui combine les principes et les outils de la bioinformatique pour étudier et analyser les agents pathogènes, c'est-à-dire les organismes qui provoquent des maladies chez leurs hôtes, tels que les virus, les bactéries, les champignons et les parasites.
Ce domaine interdisciplinaire utilise des méthodes informatiques pour comprendre les mécanismes génétiques et moléculaires des agents pathogènes, dans le but d'améliorer le diagnostic, le traitement, la prévention et la surveillance des maladies.
La bioinformatique des agents pathogènes joue un rôle crucial dans la recherche moderne sur les maladies infectieuses, en fournissant des informations essentielles à l'élaboration de mesures préventives et d'urgence par les autorités publiques.
Le CPB renforce la mission du SIB qui consiste à générer des connaissances et à fournir des moyens pour améliorer la santé dans le monde entier.
Hébergement, gestion, traitement et partage des données
Le Centre offre des services aux générateurs et aux analyseurs de données :
- Hébergement centralisé et gestion des données moléculaires suisses relatives aux agents pathogènes d'intérêt pour la santé publique.
- Fourniture d'un soutien bioinformatique et d'automatisation numérique de routine aux laboratoires de référence, aux autorités de santé publique et aux laboratoires de recherche.
- Fonction de courtier de données pour les référentiels internationaux.
- Couverture d'un large éventail de types d'échantillons isolés chez des patients, dans des aliments, chez des animaux et dans l'environnement.
Le Centre développe des logiciels open source basés sur les dernières avancées de la recherche :
- Infrastructure de partage de données facilitant l'échange mondial de données FAIR sur les agents pathogènes.
- Pipelines de traitement des données comprenant le contrôle qualité, la curation ainsi que des méthodes standard et spécialisées (typage, assemblage, phylogénétique) soutenant l'analyse reproductible des données et les principes de la science ouverte.
Analyse des données, interprétation et conseil d'experts
- Collaboration avec les ressources développées par les groupes SIB dans le domaine de la bioinformatique des agents pathogènes et de l'épidémiologie moléculaire computationnelle.
- Développement d'analyses statistiques descriptives standardisées et mise en œuvre de tableaux de bord et de rapports intégratifs pour les autorités de santé publique (par exemple, rapports sur les données relatives aux agents pathogènes pour le tableau de bord des maladies infectieuses de l'Office fédéral de la santé publique), les chercheurs et les citoyens en Suisse et au-delà.
- Fourniture d'analyses spécialisées pour soutenir les autorités de santé publique.
- Développement de nouvelles ressources lorsque des lacunes sont identifiées.
Collaboration et harmonisation internationales
- Rôle actif/de premier plan dans les efforts internationaux pour l'accès et le partage des données sur les agents pathogènes FAIR, notamment par le développement d'un réseau mondial de données sur les agents pathogènes (Pathogen Data Network).
- Harmonisation des normes et pratiques internationales en matière de données, grâce à la participation d'Aitana Neves et d'Emma Hodcroft au réseau international de surveillance des agents pathogènes de l'OMS et à la communauté de pratique en matière de données génomiques.
- Alignement et collaboration avec d'autres initiatives et infrastructures internationales, notamment le groupe de travail sur les données relatives aux agents pathogènes d'ELIXIR, le Global Microbial Identifier et la Public Health Alliance for Genomic Epidemiology (PHA4GE).
Ressources
Les plateformes d'analyse des données et leurs outils bioinformatiques sont essentiels pour permettre l'analyse reproductible d'ensembles de données volumineux et complexes. Ils fournissent également des informations essentielles en temps réel grâce à la combinaison de données nationales et internationales.
Vous trouverez ci-dessous la liste actuelle des ressources développées ou co-développées au sein des groupes du SIB qui contribuent directement à la mission du Centre. Nous nous engageons à développer ces ressources stratégiques de manière durable, coordonnée et synergique, en accord avec les initiatives internationales visant à renforcer le rôle de la Suisse à la pointe de la surveillance moléculaire et de la transformation numérique.
Remarque : veuillez consulter le site web de chaque ressource pour en savoir plus sur ses caractéristiques, ainsi que sur les organes de gouvernance et les sources de financement spécifiques.
La Swiss Pathogen Surveillance Platform SPSP – une plateforme en ligne sécurisée One-health qui permet le partage en temps quasi réel, sous accès contrôlé, de données de séquençage d'agents pathogènes et des métadonnées cliniques/épidémiologiques associées. La SPSP alimente le tableau de bord des maladies infectieuses de l'OFSP et est un consortium dont les membres sont répertoriés ici.
Nextclade - curation et annotation de jeux de données (groupe Neher, Université de Bâle & SIB, en collaboration avec le groupe de Trevor Bedford)
Nextstrain - outil de surveillance clé pendant mais aussi avant la pandémie, notamment pour la grippe, où il soutient le développement annuel de vaccins (groupe Neher, Université de Bâle & SIB, en collaboration avec le groupe de Trevor Bedford)
covSPECTRUM - Tableau de bord SARS-CoV-2 pour l'interrogation interactive des mutations et des variants ; il est devenu un outil essentiel pour les propositions de désignation des lignées pango (groupe Stadler, ETHZ & SIB)
CoVariants - référence pour la vue d'ensemble des variants et des mutations (groupe Hodcroft, Swiss-TPH & SIB)
V-pipe - estimation de la diversité génomique virale dans des échantillons cliniques et environnementaux, y compris la détection et la quantification de variants génomiques pathogènes dans les eaux usées et l'estimation de leurs avantages relatifs en termes d'aptitude (groupe Beerenwinkel, ETHZ & SIB)
Loculus - progiciel destiné à alimenter les bases de données génomiques microbiennes et Pathoplexus - base de données open source soutenue par Loculus pour améliorer le partage et l'analyse des données génomiques sur les agents pathogènes viraux humains (groupes Hodcroft, Neher & Stadler, STPH, UniBas, ETHZ & SIB)
Projets
Nous énumérons ci-dessous quelques projets financés sous l'égide du Centre.
FAIRification des ressources bioinformatiques sur les agents pathogènes dans le cadre du Centre pour la bioinformatique des agents pathogènes. Ce projet renforcera cet écosystème de ressources grâce à une interopérabilité accrue et à la mise en place d'un système intégré d'analyse et de partage des données génomiques sur les agents pathogènes, favorisant ainsi l'épidémiologie génomique à l'échelle mondiale. Juillet 2024 – juin 2025. Financé par Swissuniversities B3.2 ORD Funding Scheme. Chercheurs principaux : Tanja Stadler, Niko Beerenwinkel, Richard Neher. Partenaires : Emma Hodcroft, Aitana Neves.
Pathogen Data Network. Le Pathogen Data Network est un consortium mondial qui vise à fournir une infrastructure, des outils, des formations, des activités de sensibilisation et un soutien au partage et à la réutilisation des données FAIR sur les maladies infectieuses. Il couvrira divers types de données biologiques, notamment la génomique des hôtes et des agents pathogènes, la transcriptomique, les protéines, les voies et réseaux, l'imagerie et les cohortes. Il regroupe 12 institutions et 19 partenaires du monde entier (septembre 2024 - juin 2028). Financé par le programme NIH-NIAID BRC. Chercheuse principale : Aitana Neves.
Organisation
Comité directeur :
Niko Beerenwinkel (biologie computationnelle)
Emma Hodcroft (Épidémiologie et évolution des virus, EVE)
Richard Neher (Évolution microbienne)
Tanja Stadler (Évolution computationnelle)
Sélection de la couverture médiatique
Lisez le communiqué de presse en allemand et en français concernant l'inauguration du Centre à Berne, le 23 janvier 2025.
Le lancement du Centre de bioinformatique des agents pathogènes a été largement couvert par la presse suisse, notamment :
- RTS – interviews multimédias avec la directrice du Centre, Aitana Neves, et le directeur exécutif du SIB, Christophe Dessimoz (en français)
- Le Temps – interview d'Aitana Neves (en français)
- 24 heures – interview d'Aitana Neves et Christophe Dessimoz (en français)
- La Liberté – interview d'Aitana Neves (en français)
- Tages Anzeiger – interview d'Aitana Neves (en allemand)
- Radio SRF 1 / Echo der Zeit – interview avec Aitana Neves et Christophe Dessimoz (en allemand)
