Le Centre de bioinformatique des agents pathogènes offre une expertise et des services dans la gestion et l’analyse des données sur les agents pathogènes, l’épidémiologie moléculaire computationnelle et la gestion de projets multisites connexes. Les plateformes d’analyse de données et les tableaux de bord centraux, qui ont joué un rôle majeur dans la réponse à la pandémie de COVID-19, contribuent à la mission du Centre. Ils facilitent l’interprétation cohérente des données pertinentes afin de se préparer à de futures menaces pathogènes. À l’interface entre la santé publique et la recherche, le Centre veille à ce que la Suisse reste à la pointe de la gestion et de l’analyse des données nécessaires à la surveillance en temps réel, générant ainsi des connaissances pour une réponse mondiale fondée sur des données probantes face aux agents pathogènes et pour l’élaboration de stratégies de santé publique.
Se concentrer sur la mission du groupe
Le Centre de bioinformatique des agents pathogènes, dirigé par Eneida Hatcher, coordonne un écosystème intégré de bases de données et d’outils destinés au suivi et à la compréhension des microbes infectieux grâce à l’analyse de leurs séquences génétiques (surveillance génomique).
Ces ressources ont joué un rôle majeur dans la réponse à la pandémie de COVID-19 et continuent de soutenir la surveillance et la recherche sur les agents pathogènes aux niveaux national et international — qu'il s'agisse de menaces saisonnières comme le SARS-CoV-2 et la grippe ou de menaces émergentes telles que les bactéries résistantes aux antibiotiques et les récentes épidémies d'Ebola et d'hantavirus.
Le Centre de bioinformatique des agents pathogènes est un pilier de la santé publique : il met en relation les personnes qui produisent, utilisent et gèrent les données sur les agents pathogènes, et en tire les enseignements qui permettent de réagir plus rapidement aux maladies infectieuses.
À la croisée de la santé publique et de la recherche, le Centre :
- offre son expertise et ses services en bioinformatique des agents pathogènes, en épidémiologie moléculaire computationnelle et en gestion de projets multisites connexes aux autorités fédérales suisses et dans le cadre de tout programme suisse de préparation aux endémies et de surveillance moléculaire ;
- veille à ce que la Suisse reste à la pointe de la gestion et de l’analyse des données nécessaires à la surveillance en temps réel ;
- fournit des informations permettant d'élaborer des stratégies mondiales de lutte contre les agents pathogènes et de santé publique fondées sur des données probantes.
Le Centre de bioinformatique sur les agents pathogènes met à disposition son expertise, ses ressources et ses services aux acteurs de l'ensemble de la chaîne de données impliqués dans la surveillance des agents pathogènes, la réponse aux épidémies et la préparation aux pandémies.
Qu'est-ce que la bioinformatique des agents pathogènes ?
La bioinformatique des agents pathogènes est un domaine qui combine les principes et les outils de la bioinformatique pour étudier et analyser les agents pathogènes, c'est-à-dire les organismes qui provoquent des maladies chez leurs hôtes, tels que les virus, les bactéries, les champignons et les parasites.
Ce domaine interdisciplinaire utilise des méthodes computationnelles pour comprendre les mécanismes génétiques et moléculaires des agents pathogènes, dans le but d'améliorer le diagnostic, le traitement, la prévention et la surveillance des épidémies.
La bioinformatique des agents pathogènes joue un rôle crucial dans la recherche moderne sur les maladies infectieuses, en fournissant des informations essentielles à l’élaboration de mesures préventives et d’urgence par les autorités publiques.
Le Centre de bioinformatique des agents pathogènes renforce la mission du SIB qui consiste à générer des connaissances et à fournir les moyens d'améliorer la santé dans le monde entier.
Répondre aux besoins des acteurs du domaine des maladies infectieuses
S'appuyant sur les ressources existantes et nouvelles du réseau national du SIB, le Centre de bioinformatique des agents pathogènes développe les activités suivantes afin de soutenir ses nombreux acteurs directs et l'ensemble de la communauté scientifique dans ce domaine, notamment :
Qu'est-ce que la bioinformatique des agents pathogènes ?
La bioinformatique des agents pathogènes est un domaine qui combine les principes et les outils de la bioinformatique pour étudier et analyser les agents pathogènes, c'est-à-dire les organismes qui provoquent des maladies chez leurs hôtes, tels que les virus, les bactéries, les champignons et les parasites.
Ce domaine interdisciplinaire utilise des méthodes computationnelles pour comprendre les mécanismes génétiques et moléculaires des agents pathogènes, dans le but d'améliorer le diagnostic, le traitement, la prévention et la surveillance des épidémies.
La bioinformatique des agents pathogènes joue un rôle crucial dans la recherche moderne sur les maladies infectieuses, en fournissant des informations essentielles à l’élaboration de mesures préventives et d’urgence par les autorités publiques.
Le Centre de bioinformatique des agents pathogènes renforce la mission du SIB qui consiste à générer des connaissances et à fournir les moyens d'améliorer la santé dans le monde entier.
L'hébergement, la gestion, le traitement et le partage des données
Le Centre propose des services aux générateurs et aux analystes de données pour :
- l'hébergement et la gestion centralisés des données moléculaires suisses relatives aux agents pathogènes d'intérêt pour la santé publique ;
- la fourniture d’un soutien de bioinformatique de routine et d’automatisation numérique aux laboratoires de référence, aux autorités de santé publique et aux laboratoires de recherche ;
- agir en tant qu’intermédiaire auprès de référentiels de données internationaux, pour un large éventail de types d’échantillons prélevés sur des patients, dans les aliments, chez les animaux et dans l’environnement.
Développement de logiciels open source basés sur les dernières recherches :
- une infrastructure de partage de données facilitant l'échange mondial de données sur les agents pathogènes selon les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable et Reusable) ;
- des pipelines de traitement des données comprenant le contrôle qualité et la curation, ainsi que des méthodes standard et spécialisées (typage, assemblage, phylogénie) favorisant une analyse reproductible des données et les principes de la science ouverte.
Analyses de données, interprétation et conseil d'experts
- Collaboration avec les ressources développées par les groupes du SIB dans le domaine de la bioinformatique des agents pathogènes et de l'épidémiologie moléculaire computationnelle.
- Développement d'analyses statistiques descriptives standardisées et mise en place de tableaux de bord et de rapports intégratifs destinés aux autorités de santé publique (par exemple, rapports sur les données relatives aux agents pathogènes pour le tableau de bord des maladies infectieuses de l'Office fédéral de la santé publique), aux chercheurs et aux citoyens en Suisse et au-delà.
- Fourniture d'analyses spécialisées pour soutenir les autorités de santé publique.
- Développement de nouvelles ressources là où des lacunes sont identifiées.
Collaboration et harmonisation internationales
- Rôle actif ou de premier plan dans les efforts internationaux visant à garantir l'accès et le partage des données sur les agents pathogènes selon les principes FAIR, notamment par le développement d'un Pathogen Data Network.
- Harmonisation des normes et pratiques internationales en matière de données, grâce à l'adhésion d'Emma Hodcroft à la communauté de pratique du réseau international de surveillance des agents pathogènes de l'OMS dans le domaine des données génomiques.
- Alignement et collaboration avec d'autres initiatives et infrastructures internationales, notamment le groupe de travail ELIXIR sur les données relatives aux agents pathogènes, le Global Microbial Identifier et l'Alliance de santé publique pour l'épidémiologie génomique (PHA4GE).
Coordination des outils intégrés pour la surveillance des agents pathogènes
Les plateformes d’analyse de données et les outils de bioinformatique sont essentiels pour permettre une analyse reproductible d’ensembles de données volumineux et complexes. Ils fournissent également des informations de surveillance en temps réel indispensables, basées sur la combinaison de données nationales et internationales.
Le Centre coordonne les ressources stratégiques suivantes, développées ou co-développées au sein des groupes du SIB de manière durable et synergique — et en accord avec les initiatives internationales visant à renforcer le rôle de la Suisse à la pointe de la surveillance moléculaire et de la transformation numérique.
Veuillez consulter les sites web des différentes ressources pour en savoir plus sur leurs fonctionnalités, ainsi que sur leurs organes de gouvernance spécifiques et leurs sources de financement.
La Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP ) – une plateforme en ligne sécurisée « One Health » qui permet le partage en temps quasi réel, sous accès contrôlé, de données de séquençage d’agents pathogènes et des métadonnées cliniques/épidémiologiques associées. La SPSP alimente le tableau de bord des maladies infectieuses de l’OFSP et est un consortium dont les membres sont répertoriés ici.
Nextclade - curation et annotation de jeux de données (groupe Neher, Université de Bâle et le SIB, en collaboration avec le groupe de Trevor Bedford)
Nextstrain – outil de surveillance essentiel pendant mais aussi avant la pandémie, notamment pour la grippe, où il contribue au développement annuel des vaccins (groupe Neher, Université de Bâle et le SIB, en collaboration avec le groupe de Trevor Bedford)
covSPECTRUM – Tableau de bord SARS-CoV-2 permettant une recherche interactive des mutations et des variants ; il est devenu un outil essentiel pour les propositions de désignation des lignées par Pango (groupe Stadler, ETHZ et le SIB)
CoVariants – référence pour la vue d'ensemble des variants et des mutations (groupe Hodcroft, Swiss-TPH & le SIB)
V-pipe – estimation de la diversité génomique virale dans des échantillons cliniques et environnementaux, y compris la détection et la quantification de variants génomiques d’agents pathogènes dans les eaux usées et l’estimation de leurs avantages en termes de fitness relative (groupe Beerenwinkel, ETHZ & le SIB)
Loculus – progiciel destiné à alimenter les bases de données génomiques microbiennes et Pathoplexus – base de données open source prise en charge par Loculus pour améliorer le partage et l'analyse des données génomiques sur les agents pathogènes viraux humains (groupes Hodcroft, Neher et Stadler, STPH, UniBas, ETHZ et Le SIB)
Améliorer le partage des données sur les agents pathogènes
Les projets du Centre s'appuient sur de solides collaborations nouées au fil des ans afin de rationaliser davantage le partage des données, du niveau local au niveau mondial.
Pathogen Data Network (PDN). Ce projet phare international vise à mettre en place un écosystème mondial de données et d’outils interconnectés afin de soutenir la recherche et les mesures de santé publique face aux maladies infectieuses et aux épidémies majeures. Entré dans sa deuxième année, le PDN s’appuie sur l’expertise et les ressources du SIB et des États-Unis pour fournir des informations précises, rapides et complètes sur les agents pathogènes circulants et émergents. Financé par le programme BRC du NIH-NIAID. Voir l’actualité.
FAIRification des ressources de bioinformatique sur les agents pathogènes. L'écosystème de ressources du Centre a été renforcé grâce à une interopérabilité accrue des ressources et à la mise en place d'un système intégré d'analyse et de partage des données génomiques sur les agents pathogènes. Ces travaux soutiennent également l'épidémiologie génomique à l'échelle mondiale. Financé par le programme de financement Swissuniversities B3.2 ORD (projet FAIR-CPB). En savoir plus.
Assurer une pertinence durable grâce à des liens étroits avec la recherche
Le Centre de bioinformatique des agents pathogènes est dirigé par des experts suisses et internationaux de renom dans les domaines de la biologie computationnelle, de l'évolution des agents pathogènes et de l'épidémiologie. Ce lien étroit avec la recherche garantit que ses activités restent en phase avec l'émergence de nouveaux agents pathogènes ainsi qu'avec les nouvelles connaissances en matière de biologie des agents pathogènes, de virulence, de fitness et bien plus encore.
Organisation
Directeur général :
Eneida Hatcher
Comité de pilotage :
Niko Beerenwinkel (Biologie computationnelle)
Emma Hodcroft (EVE Épidémiologie et Évolution virale)
Richard Neher (Évolution microbienne)
Tanja Stadler (Évolution computationnelle)
Sélection de la couverture médiatique
Lisez le communiqué de presse en allemand et en français concernant l'inauguration du Centre à Berne, le 23 janvier 2025.
Le lancement du Centre de bioinformatique des agents pathogènes a fait l’objet d’une large couverture dans la presse suisse, notamment :
- RTS – interviews multimédias avec la directrice générale du Centre, Aitana Neves, et le directeur exécutif du SIB, Christophe Dessimoz (français)
- Le Temps – interview d’Aitana Neves (français)
- 24 heures – interview d’Aitana Neves et de Christophe Dessimoz (français)
- La Liberté – interview d’Aitana Neves (en français)
- Tages Anzeiger – interview d’Aitana Neves (en allemand)
- Radio SRF 1 / Echo der Zeit – interview d’Aitana Neves et de Christophe Dessimoz (en allemand)
