SPSP : une ressource essentielle pour les organismes de santé publique et de sécurité alimentaire
Lors de la récente réunion annuelle de la Swiss Pathogen Surveillance Platform...
Un nouveau cadre pour améliorer l'inférence phylogénétique sur les réseaux de réassortiment viral
Une meilleure vision de l'évolution de la grippe grâce à CoalRe
« La prise en compte des événements de réassortiment réduit les biais dans l'inférence de la grippe ». Dans cet in silico talk, Ugnė Stolz du SIB, membre du groupe de Tanja Stadler à l'ETH Zurich, présente CoalRe, un cadre permettant de prendre en compte le réassortiment lors de l'inférence de l'évolution des virus et des voies d'infection. Dans un article récemment publié dans PNAS, l'équipe a montré que ce cadre permet de mieux estimer la taille effective des populations et les taux d'évolution. CoalRe est disponible gratuitement en tant que module complémentaire du logiciel phylogénétique BEAST2.
À propos de la série in silico talks - Les dernières avancées en bioinformatique par les scientifiques du SIB
La série in silico talks a pour but d'informer les bioinformaticiens, les spécialistes des sciences de la vie et les cliniciens des dernières avancées réalisées par les scientifiques du SIB sur un large éventail de sujets liés aux méthodes, à la recherche et aux ressources en bioinformatique. Restez au courant des derniers développements, obtenez des informations exclusives sur les articles récents et découvrez comment ces avancées pourraient vous aider dans votre travail ou votre recherche en vous inscrivant à la liste de diffusion in silico talks.
Ce travail a été présenté dans le cadre des derniers Remarkable Outputs 2019 du SIB: une liste d'ouvrages « incontournables » produits en 2019 par les membres du SIB et sélectionnés par un comité composé des responsables et chercheurs du groupe SIB
La voie d'infection d'un virus est généralement déduite à partir d'un « instantané » de la population virale actuelle, obtenu par échantillonnage d'individus infectés. Cela permet de reconstruire l'arbre phylogénétique du virus, qui offre un moyen de remonter dans le temps pour retracer l'histoire d'une épidémie.
Cependant, cette approche est beaucoup plus difficile à mettre en œuvre pour certains virus spécifiques, tels que la grippe, dont le génome est constitué de plusieurs molécules d'ARN distinctes. Ces « virus segmentés » ont la particularité d'échanger différentes parties de leur génome parental lorsqu'ils se répliquent au sein de leurs hôtes (phénomène de réassortiment), donnant ainsi naissance à une progéniture hybride. Une personne infectée par deux souches différentes du virus peut donc présenter de nouvelles souches variantes.
Pour ces virus, les voies d'infection ne peuvent plus être définies par des arbres, mais par des réseaux, afin d'inclure l'aspect croisé du réassortiment. De nouveaux modèles évolutifs sont nécessaires à cet effet, et CoalRe est l'un de ces cadres.
Écoutez Ugnė présenter le modèle, démontrer son utilisation pour plusieurs souches de grippe A et B, et vous guider à travers un tutoriel pour comprendre comment appliquer et exécuter CoalRe pour vos ensembles de données.
