Das Verständnis der Wechselwirkungen zwischen Proteinen liefert wichtige Erkenntnisse über eine Reihe von physiologischen und pathologischen Prozessen. Zu diesem Thema liegen nun neue Erkenntnisse vor: Die SIB CALIPHO Group und ENYO Pharma SA haben im Rahmen einer transnationalen öffentlich-privaten Partnerschaft (PPP) gemeinsam daran gearbeitet, Daten zu menschlichen Proteininteraktionen über die SIB-Ressource neXtProt öffentlich zugänglich und FAIR zu machen.
Im Rahmen seiner Aktivitäten in der Arzneimittelforschung – einem Bereich, der zunehmend auf der Entschlüsselung aller in der Natur vorkommenden Proteininteraktionen basiert – hat ENYO einen fachmännisch kuratierten Datensatz zu menschlichen Proteininteraktionen aufgebaut.
Um diese Daten der weltweiten Forschungsgemeinschaft zugänglich zu machen, hat ENYO in Zusammenarbeit mit der CALIPHO Group die SIB-Ressource neXtProt entwickelt, eine führende Wissensdatenbank für menschliche Proteine und Referenz für das HUPO Human Proteome Project (HPP), mit dem Ziel, diese Daten zu integrieren. Infolgedessen sind die 108.000 von ENYO kuratierten Beschreibungen menschlicher Proteininteraktionen in der neuesten Datenveröffentlichung von neXtProt erschienen. Diese hochgradig zuverlässigen, experimentell nachgewiesenen Protein-Protein-Interaktionen decken mehr als 12.500 menschliche neXtProt-Referenzproteine ab.
„Durch diese Zusammenarbeit können wir die Protein-Protein-Interaktionsdaten von ENYO über die fantastische Wissensplattform neXtProt, die sich speziell mit menschlichen Proteinen befasst, für alle leicht zugänglich machen“, sagt Laurène Meyniel-Schicklin, Mitbegründerin von ENYO. „Wir freuen uns, dazu beizutragen, dass diese Daten allen Forschern, die sich mit der Untersuchung und Interpretation von Proteinnetzwerken in Gesundheit und Krankheit befassen, zur Verfügung stehen.“
„Durch diese Integration werden die hochwertigen Daten von ENYO nicht nur frei zugänglich gemacht, sondern auch „FAIRifiziert“, kommentiert Lydie Lane, Co-Leiterin der CALIPHO-Gruppe.
Dank neXtProt sind diese Daten nun: auffindbar mit den semantischen Abfragetools von neXtProt, wie neue SPARQL-Abfragen zeigen; zugänglich unter der CC-BY 4.0-Lizenz, die für Daten in neXtProt gilt; interoperabel mit allen Daten in der Wissensdatenbank und in anderen Ressourcen, die dieselben semantischen Webstandards verwenden; und wiederverwendbar, da die experimentellen Methoden und Veröffentlichungen vollständig dokumentiert sind.
„Solche Kooperationen veranschaulichen sehr gut die Skalierbarkeit von Ressourcen wie neXtProt bei der Integration neuer Ebenen offenen Wissens“, fasst sie zusammen.
