In diesem datengesteuerten Zeitalter nimmt die Menge an biomedizinischen und biologischen Daten im Laufe der Zeit exponentiell zu. Diese Daten befinden sich oft in Datensilos, sind verstreut und sehr heterogen. Diese Probleme behindern die (Wieder-)Verwendung und den Austausch von Daten und damit den Fortschritt und Durchbrüche in der Lebenswissenschaft und Gesundheitsforschung. Die Fokusgruppe „Semantic Web of Data” arbeitet an gemeinsamen Lösungen für die nahtlose Integration von Datensätzen und Datenbanken aus den Lebenswissenschaften und deren FAIR-Konformität.
Über das semantische Web von Daten
Das Semantic Web bietet einen gemeinsamen Rahmen, der den Austausch und die Wiederverwendung von Daten über Anwendungs-, Unternehmens- und Community-Grenzen hinweg ermöglicht. Es basiert auf dem Resource Description Framework (RDF), einem Graphdatenmodell. Weiter lesen
Von Datensilos zum semantischen Web der Daten
Daten aus den Lebenswissenschaften sind von Natur aus heterogen, beispielsweise hinsichtlich Datenformaten, Modellierung, Speicherung und Zugriffsmodi. Diese Heterogenität erschwert die Datenermittlung und nahtlose Integration erheblich, die für die Aufdeckung biologischer Prozesse und Muster von entscheidender Bedeutung sind.Die Fokusgruppe „Semantic Web of Data” hat sich zum Ziel gesetzt, ein semantisches Web für biologische und biomedizinische Daten (siehe Kasten) aufzubauen, um die Integration und Wiederverwendbarkeit von Forschungsdaten zu fördern. Dieses Datenweb kann private und öffentliche Datensätze in einer lose gekoppelten Form enthalten. Die FAIR-Konformität der Daten ist eine Voraussetzung für den Erfolg.
Über die SIB-Fokusgruppen
Die Fokusgruppen sollen den Wissensaustausch und die Zusammenarbeit innerhalb der Gemeinschaft von 900 SIB-Mitgliedern zu bestimmten wissenschaftlichen und/oder übergreifenden Themen fördern, von der Einzelzellsequenzierung bis hin zu Gleichstellung, Vielfalt und Inklusion. Alle Fokusgruppen anzeigen
Eine spezielle SIB-weite Fokusgruppe
Diese Fokusgruppe wurde 2022 ins Leben gerufen und ist eine sehr dynamische F&E-Gruppe mit mehr als 30 Mitgliedern aus mehreren SIB-Gruppen, die sich alle zwei Monate trifft, um aktuelle RDF-bezogene Technologien, Herausforderungen und Lösungen zu diskutieren. Ihre neuesten Ergebnisse werden durch die gemeinsame Verfassung und Veröffentlichung von Forschungsartikeln, externe Meetings und Konferenzvorträge kommuniziert. So erschien beispielsweise ein Jahr nach der Gründung dieser Fokusgruppe ein Artikel in der Datenbankausgabe von Nucleic Acids Research (siehe Referenz 1: https://doi.org/10.1093/nar/gkad902).
Koordinierende Mitglieder der Fokusgruppe:
- Jerven Bolleman (Vorsitzender), Principal Software Engineer, Swiss-Prot
- Séverine Duvaud (stellvertretende Vorsitzende), Teamleiterin, Biodata Resources
- Tarcisio Mendes de Farias, Co-Teamleiter, Abteilung für Wissensrepräsentation
- Marco Pagni, Teamleiter, Computational Biology
- Ana Claudia Sima, Co-Teamleiterin, Abteilung für Wissensrepräsentation
Sind Sie SIB-Mitglied und möchten Sie mitwirken? Wenden Sie sich an Ana Claudia Sima oder Séverine Duvaud
QUELLEN
- Mitglieder der RDF-Gruppe des SIB, Das SIB – Schweizer Institut für Bioinformatik: Semantisches Web der Daten, „Nucleic Acids Research“ 2023. DOI: 10.1093/nar/gkad902
- Bolleman J. et al., Eine umfangreiche Sammlung von Bioinformatik-Frage-Antwort-Paaren über föderierte Wissensgraphen: Methodik und Anwendungen, GigaScience 2025, DOI: 10.1093/gigascience/giaf045