Pathoplexus, entwickelt von einem internationalen Konsortium unter Beteiligung von drei SIB-Gruppen, ist eine bahnbrechende Genomsequenzierungsdatenbank für Viren von Bedeutung für die öffentliche Gesundheit. Sie wurde mit dem National ORD Prize 2024 ausgezeichnet, der innovative Ansätze zur Wiederverwendung von Forschungsdaten in interdisziplinären, kollaborativen und bildungsbezogenen Kontexten würdigt. Herzlichen Glückwunsch an die Teams zu dieser großartigen Anerkennung.
Im Gegensatz zu bestehenden Datenbanken gewährleistet Pathoplexus einen offenen Zugang und bietet eine hochmoderne Infrastruktur für die interaktive und programmierbare Datenexploration und den Download. Unterstützt durch die Open-Source-Software Loculus ermöglicht die Plattform den Nutzern, ihre eigene Datenbank zu erstellen. Das Projekt wird von einem Konsortium aus Mitgliedern aus zehn Ländern auf fünf Kontinenten vorangetrieben, zu denen auch SIB-Forschende des Schweizerischen Tropen- und Public Health-Instituts in Basel (Emma Hodcroft), der ETH Zürich (Chaoran Chen, Tanja Stadler) und der Universität Basel (Richard Neher, Cornelius Roemer) gehören.
Die Datenbank basiert auf der Software Loculus, die zu den Ressourcen gehört, die direkt zur Erfüllung der Aufgaben unseres im September gegründeten Zentrums für Bioinformatik von Krankheitserregern beitragen.
