Pathoplexus, développé par un consortium international impliquant trois groupes du SIB, est une base de données révolutionnaire sur le séquençage du génome des virus présentant un intérêt pour la santé publique. Elle a reçu le Prix national ORD 2024, qui récompense les approches innovantes en matière de réutilisation des données de recherche dans des contextes interdisciplinaires, collaboratifs et éducatifs. Félicitations aux équipes pour cette belle reconnaissance.
Contrairement aux bases de données existantes, Pathoplexus garantit un accès libre et fournit une infrastructure de pointe pour l'exploration et le téléchargement interactifs et programmables des données. Soutenue par le logiciel open source Loculus, la plateforme permet aux utilisateurs de créer leur propre base de données. Le projet est mené par un consortium de membres issus de 10 pays répartis sur cinq continents, avec la contribution de chercheurs du SIB de l'Institut tropical et de santé publique suisse à Bâle (Emma Hodcroft), de l'ETH Zurich (Chaoran Chen, Tanja Stadler) et de l'Université de Bâle (Richard Neher, Cornelius Roemer).
La base de données est basée sur le logiciel Loculus, qui fait partie des ressources contribuant directement aux missions de notre Centre de bioinformatique des agents pathogènes, lancé en septembre.
