Slavica Dimitrieva – Preisträgerin des SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award 2013
Slavica erhielt die Auszeichnung für ihre Arbeit mit dem Titel„Genomic context analysis reveals dense interaction network between vertebrate ultra-conserved non-coding elements” (Genomische Kontextanalyse enthüllt dichtes Interaktionsnetzwerk zwischen ultra-konservierten nicht-kodierenden Elementen von Wirbeltieren), die Teil ihrer Doktorarbeit war, die sie im Team von SIB-Gruppenleiter Philipp Bucher an der EPFL in Lausanne durchgeführt hat.
Nach einem kurzen Postdoc-Aufenthalt am Imperial College London kehrte Slavica in die Schweiz zurück und arbeitete mehrere Jahre als Bioinformatikerin am Functional Genomics Center Zurich unter der Leitung von SIB-Gruppenleiter Hubert Rehrauer. Vor kurzem hat Slavica ihre Tätigkeit bei den Novartis Institutes of Biomedical Research (NIBR) als Forscherin im Team für Onkologie-Bioinformatik aufgenommen. Lesen Sie unser Interview, um mehr über ihre Forschungsinteressen zu erfahren!
Über die SIB Bioinformatics Awards und unsere Interviewreihe «Treffen Sie die früheren Preisträger der SIB Awards»
Die SIB Bioinformatics Awardswurden 2008 ins Leben gerufen, um junge Bioinformatiker in der Schweiz auszuzeichnen. Seitdem haben sie sich weiterentwickelt: von einer einzigen nationalen Auszeichnung zu drei verschiedenen Preisen, mit denen heute 1) internationale Nachwuchsbi informatiker (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) herausragende Leistungen innerhalb der Schweizer Doktoranden-Community (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) und 3) innovative Bioinformatik-Ressourcen (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award) ausgezeichnet werden. Im Laufe der Jahre wurden 21 Auszeichnungen verliehen, darunter neun Preisträger für ihre herausragende frühe Karriere, zehn Doktoranden für ihre exzellente Publikation und zwei Bioinformatik-Ressourcen für ihren innovativen Aspekt.
2019 werden die SIB Bioinformatics Awards zumzehnten Malverliehen. Dies ist eine gute Gelegenheit, um mit früheren Preisträgern in Kontakt zu treten und sie zu fragen, wo sie heute in ihrer Karriere stehen: Dieses Interview ist Teil einer Serie, in der Sie ehemalige Preisträger der SIB Bioinformatics Awards kennenlernen können.
An welchem Punkt Ihrer Karriere standen Sie, als Sie den SIB Award erhalten haben? Wie haben Sie sich dabei gefühlt? Was war zu diesem Zeitpunkt der Schwerpunkt Ihrer Forschung?
Ich habe den SIB Award im letzten Jahr meines Doktoratsstudiums im Labor von Philipp Bucher erhalten und mich sehr geehrt gefühlt. Zu dieser Zeit untersuchten wir eine spezielle Kategorie von genomischen Elementen, die als ultra-konservierte nicht-kodierende Elemente (UCNEs) bezeichnet werden. Diese Elemente beziehen sich auf DNA-Regionen, die nicht in Proteine übersetzt werden, aber gleichzeitig einen unerwartet hohen Grad an Konservierung zwischen entfernten Spezies aufweisen: Sie sind zwischen so weit voneinander entfernten Spezies wie Mensch und Hai fast zu 100 % identisch! Es ist jedoch kein molekularer Mechanismus bekannt, der einen so hohen Grad an Konservierung erfordern würde.
Die Arbeit knüpfte an die bemerkenswerte Beobachtung an, dass UCNEs in Clustern um wichtige Entwicklungsgene angeordnet sind. Wir fragten uns, ob diese Clusterbildung auf eine Zusammenarbeit zwischen ihnen zurückzuführen ist oder nur eine indirekte Folge der überragenden Bedeutung dieser Gene ist. Anschließend analysierten wir das Schicksal dieser Elemente im Zusammenhang mit der Duplikation des gesamten Genoms, die in der Fischlinie stattfand. Wir fanden heraus, dass in den meisten Fällen nach der Duplikation alle Elemente eines Clusters entweder gemeinsam erhalten bleiben oder gemeinsam in den jeweiligen Genen verloren gehen, was darauf hindeutet, dass diese Elemente tatsächlich miteinander kooperieren. Die hohe Kooperativität lieferte eine plausible Erklärung für ihre hohe Konservierung: Diese Elemente konnten im Laufe der Evolution nicht verändert werden, da sie mit so vielen Partnerelementen richtig interagieren müssen.
Was sind Ihre aktuellen Forschungsinteressen?
Bei NIBR Oncology arbeite ich derzeit an Methoden des maschinellen Lernens, um die Grundlagen der Krebsprogression und der Therapieresistenz zu entschlüsseln. Wir integrieren Multi-Omics-Daten und klinische Messwerte, um Strategien für die Entdeckung von Biomarkern, die Identifizierung von Wirkstoffzielen und die Stratifizierung von Patienten zu ermöglichen.
Was ist Ihrer Meinung nach die faszinierendste Entdeckung, die durch die Bioinformatik ermöglicht wurde?
Die Bioinformatik hat so viele faszinierende Entdeckungen ermöglicht, dass es schwierig ist, nur eine davon zu nennen. Meiner Meinung nach ist jedoch die Entschlüsselung des menschlichen Genoms einer der größten wissenschaftlichen Durchbrüche, der den Weg für viele weitere wichtige Entdeckungen geebnet hat.
Was machst du gerne in deiner Freizeit?
Als Mutter von zwei Kindern dreht sich meine Freizeit hauptsächlich um sie: Brettspiele spielen, puzzeln, schwimmen, Fahrrad fahren usw. Malen ist eine weitere Aktivität, die mir besonders viel Spaß macht.
Die Bioinformatik entwickelt sich schneller als je zuvor. Wer in diesem Bereich arbeiten möchte, muss sein Wissen und seine Fähigkeiten kontinuierlich weiterentwickeln und vertiefen, um mit den neuesten Technologien Schritt zu halten
Haben Sie einen Rat für die nächste Generation von Bioinformatikern?
Die Bioinformatik entwickelt sich rasant und schneller als je zuvor. Wer in diesem Bereich arbeiten möchte, muss sein Wissen und seine Fähigkeiten kontinuierlich weiterentwickeln und vertiefen, um mit den neuesten Technologien Schritt zu halten. Ebenso wichtig ist die Zusammenarbeit mit Wissenschaftlern anderer Disziplinen, um Wissenslücken zu schließen und neue Erkenntnisse zu gewinnen.
