Slavica Dimitrieva – Vincitrice del premio SIB 2013 per la migliore tesi di laurea in bioinformatica in Svizzera
Slavica ha ricevuto il premio per il suo articolo intitolato "Genomic context analysis reveals dense interaction network between vertebrate ultra-conserved non-coding elements" (L'analisi del contesto genomico rivela una fitta rete diinterazioni tra elementinon codificanti ultra-conservati dei vertebrati), che faceva parte del lavoro di dottorato di Slavica condotto nel team del leader del gruppo SIB Philipp Bucher presso l'EPFL di Losanna.
Dopo un breve post-dottorato all'Imperial College di Londra, Slavica è tornata in Svizzera e ha lavorato per diversi anni come bioinformatica presso il Functional Genomics Center di Zurigo guidato dal responsabile del gruppo al SIB Hubert Rehrauer. Recentemente, Slavica ha iniziato a lavorare presso il Novartis Institutes of Biomedical Research (NIBR) come ricercatrice nel team di bioinformatica oncologica. Leggi la nostra intervista per saperne di più sui suoi interessi di ricerca!
Informazioni sui premi SIB Bioinformatics Awards e sulla nostra serie di interviste "Incontra i vincitori delle passate edizioni dei premi SIB"
Lanciati nel 2008 come iniziativa volta a premiare i giovani bioinformatici svizzeri, i SIB Bioinformatics Awards hanno fatto molta strada da allora: da un unico premio nazionale sono diventati oggi tre diversi riconoscimenti, che premiano 1) i bioinformatici internazionali all'inizio della carriera (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) l'eccellenza nella comunità svizzera dei dottorandi (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) e 3) le risorse bioinformatiche innovative (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award). Nel corso degli anni sono stati assegnati 21 premi, con nove vincitori premiati per la loro eccezionale carriera iniziale, dieci dottorandi per le loro eccellenti pubblicazioni e due risorse bioinformatiche per il loro aspetto innovativo.
Nel 2019, i SIB Bioinformatics Awards saranno assegnati per ladecima volta, offrendo una grande occasione per contattare i vincitori delle edizioni precedenti e chiedere loro a che punto sono ora nella loro carriera: questa intervista fa parte di una serie che vi invita a conoscere i vincitori delle edizioni precedenti dei SIB Bioinformatics Awards.
A che punto della tua carriera ti trovavi quando hai ricevuto il premio Il SIB? Come ti sei sentito? Qual era l'argomento principale della tua ricerca in quel momento?
Ho ricevuto il premio Il SIB Award durante l'ultimo anno dei miei studi di dottorato nel laboratorio di Philipp Bucher e mi sono sentito davvero onorato. All'epoca stavamo studiando una categoria speciale di elementi genomici, denominati elementi non codificanti ultra-conservati (UCNE). Questi elementi si riferiscono a regioni di DNA che non vengono tradotte in proteine, ma che allo stesso tempo condividono un grado di conservazione inaspettatamente elevato tra specie distanti: quasi il 100% di identità tra specie lontane come l'uomo e lo squalo! Tuttavia, nessun meccanismo molecolare conosciuto richiederebbe un grado di conservazione così elevato.
Il lavoro ha dato seguito alla sorprendente osservazione che gli UCNE sono disposti in cluster attorno a geni chiave dello sviluppo. Ci siamo chiesti se questo raggruppamento riflettesse una cooperatività tra di essi o se fosse solo una conseguenza indiretta dell'importanza fondamentale di questi geni. Abbiamo quindi analizzato il destino di questi elementi nel contesto dell'evento di duplicazione dell'intero genoma che si è verificato nella linea evolutiva dei pesci. Abbiamo scoperto che nella maggior parte dei casi, dopo la duplicazione, tutti gli elementi di un cluster vengono conservati o persi congiuntamente nei rispettivi geni, suggerendo che questi elementi cooperano realmente tra loro. L'elevata cooperatività ha fornito una spiegazione plausibile per la loro elevata conservazione: questi elementi non potevano essere modificati durante l'evoluzione, perché devono interagire correttamente con così tanti elementi partner.
Quali sono i tuoi attuali interessi di ricerca?
Presso NIBR Oncology, sto attualmente lavorando su metodi di apprendimento automatico per decifrare le basi della progressione del cancro e della resistenza alle terapie. Stiamo integrando dati multi-omici e clinici per consentire strategie di scoperta di biomarcatori, identificazione di bersagli farmacologici e stratificazione dei pazienti.
Secondo te, qual è la scoperta più interessante che è stata fatta grazie alla bioinformatica?
Ci sono così tante scoperte affascinanti rese possibili dalla bioinformatica che è difficile citarne solo una. Ma a mio parere, l'assemblaggio della sequenza del genoma umano è una delle principali scoperte scientifiche che ha aperto la strada a molte altre importanti scoperte.
Cosa ti piace fare nel tempo libero?
Come madre di due bambini, il mio tempo libero ruota principalmente intorno a loro: giochi da tavolo, puzzle, nuoto, giri in bicicletta, ecc. La pittura è un'altra attività che mi piace particolarmente.
Il campo della bioinformatica si sta sviluppando a un ritmo molto più veloce che mai. Chiunque desideri lavorare in questo settore deve assicurarsi di sviluppare e rafforzare continuamente le proprie conoscenze e competenze per stare al passo con le tecnologie all'avanguardia
Qualche consiglio per la futura generazione di bioinformatici?
Il campo della bioinformatica si sta sviluppando a un ritmo molto più rapido che mai. Chiunque desideri lavorare in questo settore deve assicurarsi di sviluppare e rafforzare continuamente le proprie conoscenze e competenze per stare al passo con le tecnologie all'avanguardia. È altrettanto importante collaborare con scienziati formati in altre discipline, per colmare le lacune di conoscenza e far progredire le scoperte.
