Slavica Dimitrieva – Lauréate du prix SIB 2013 du meilleur article de fin d'études en bioinformatique en Suisse
Slavica a reçu ce prix pour son article intitulé « Genomic context analysis reveals dense interaction network between vertebrate ultra-conserved non-coding elements » (L'analyse du contexte génomique révèle un réseau dense d'interactions entre des éléments non codantsultra-conservés chez les vertébrés), qui fait partie de son travail de doctorat mené au sein de l'équipe du chef de groupe SIB Philipp Bucher à l'EPFL, à Lausanne.
Après un bref post-doctorat à l'Imperial College de Londres, Slavica est revenue en Suisse et a travaillé pendant plusieurs années comme bioinformaticienne au Centre de génomique fonctionnelle de Zurich, dirigé par Hubert Rehrauer, responsable du groupe SIB. Récemment, Slavica a commencé à travailler aux Novartis Institutes of Biomedical Research (NIBR) en tant que chercheuse au sein de l'équipe de bioinformatique en oncologie. Lisez notre interview pour en savoir plus sur ses intérêts de recherche !
À propos des SIB Bioinformatics Awards et de notre série d'entretiens « Rencontre avec les anciens lauréats des SIB Awards »
Lancés en 2008 dans le but de distinguer de jeunes bioinformaticiens en Suisse, les SIB Bioinformatics Awards ont depuis parcouru un long chemin : d'un seul prix national à trois prix différents aujourd'hui, récompensant 1) des bioinformaticiens internationaux en début de carrière (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) l'excellence au sein de la communauté suisse des doctorants (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) et 3) des ressources innovantes en bioinformatique (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award). Au fil des ans, 21 prix ont été décernés, récompensant neuf lauréats pour leur début de carrière exceptionnel, dix étudiants diplômés pour leurs excellentes publications et deux ressources bioinformatiques pour leur caractère innovant.
En 2019, les SIB Bioinformatics Awards seront décernés pour la10e fois, ce qui sera l'occasion de prendre contact avec les anciens lauréats et de leur demander où ils en sont dans leur carrière : cette interview fait partie d'une série qui vous invite à rencontrer les anciens lauréats des SIB Bioinformatics Awards.
À quel stade de votre carrière étiez-vous lorsque vous avez reçu le prix SIB ? Qu'avez-vous ressenti ? Quel était le principal centre d'intérêt de vos recherches à cette époque ?
J'ai reçu le prix SIB au cours de la dernière année de mon doctorat dans le laboratoire de Philipp Bucher, et j'ai été très honoré. À cette époque, nous étudiions une catégorie particulière d'éléments génomiques, appelés éléments non codants ultra-conservés (UCNEs). Ces éléments désignent des régions d'ADN qui ne sont pas traduites en protéines, mais qui présentent en même temps un degré de conservation étonnamment élevé entre des espèces éloignées : ils sont presque identiques à 100 % entre des espèces aussi éloignées que l'homme et le requin ! Cependant, aucun mécanisme moléculaire connu ne nécessiterait un tel degré de conservation.
Les travaux ont fait suite à l'observation frappante que les UCNEs sont regroupés en grappes autour de gènes clés du développement. Nous nous sommes demandé si ce regroupement reflétait une coopération entre eux ou s'il s'agissait seulement d'une conséquence indirecte de l'importance capitale de ces gènes. Nous avons ensuite analysé le devenir de ces éléments dans le contexte de la duplication du génome entier qui s'est produite dans la lignée des poissons. Nous avons constaté que dans la plupart des cas, après la duplication, tous les éléments d'un groupe sont soit conservés ensemble, soit perdus ensemble dans les gènes respectifs, ce qui suggère que ces éléments coopèrent véritablement entre eux. La forte coopération explique de manière plausible leur haut degré de conservation : ces éléments n'ont pas pu être modifiés au cours de l'évolution, car ils doivent interagir correctement avec de nombreux éléments partenaires.
Quels sont vos domaines de recherche actuels ?
Au sein du département Oncologie du NIBR, je travaille actuellement sur des méthodes d'apprentissage automatique visant à déchiffrer les mécanismes sous-jacents de la progression du cancer et de la résistance aux traitements. Nous intégrons des données multi-omiques et cliniques afin de mettre au point des stratégies pour la découverte de biomarqueurs, l'identification de cibles thérapeutiques et la stratification des patients.
Selon vous, quelle est la découverte la plus fascinante rendue possible par la bioinformatique ?
La bioinformatique a rendu possible tant de découvertes fascinantes qu'il est difficile d'en citer une seule. Mais à mon avis, l'assemblage de la séquence du génome humain est l'une des avancées scientifiques majeures qui a ouvert la voie à de nombreuses autres découvertes importantes.
Qu'aimez-vous faire pendant votre temps libre ?
En tant que mère de deux enfants, mon temps libre est principalement consacré à eux : jeux de société, puzzles, natation, vélo, etc. La peinture est une autre activité que j'apprécie particulièrement.
Le domaine de la bioinformatique évolue à un rythme sans précédent. Quiconque souhaite travailler dans ce domaine doit veiller à développer et à renforcer continuellement ses connaissances et ses compétences afin de rester à la pointe des technologies
Un message pour la future génération de bioinformaticiens ?
Le domaine de la bioinformatique évolue à un rythme sans précédent. Quiconque souhaite travailler dans ce domaine doit veiller à développer et à renforcer continuellement ses connaissances et ses compétences afin de rester à la pointe des technologies. Il est tout aussi important de collaborer avec des scientifiques formés dans d'autres disciplines afin de combler les lacunes en matière de connaissances et de faire progresser les découvertes.
