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Ein Tool zur Vermeidung von Rechen- und Arbeitsaufwand bei phylogenetischen Analysen

Read2Tree: Ableitung phylogenetischer Bäume aus Rohsequenzierungsdaten

16 November 2023

Phylogenetische Bäume sind wichtige Werkzeuge, um zu veranschaulichen, wie verschiedene Arten auf genetischer Ebene miteinander verwandt sind. Sie können beispielsweise sogar die Einführung invasiver Arten in ein Ökosystem aufzeigen. Die Erstellung dieser Bäume ist in der Regel mit verschiedenen zeitaufwändigen Prozessen verbunden. In diesem in silico talk stellt David Dylus Read2Tree vor, ein Tool, das er zusammen mit seinen Kollegen der SIB-Gruppe unter der Leitung von Christophe Dessimoz und Natasha Glover entwickelt hat. Read2Tree ermöglicht die schnelle Ableitung phylogenetischer Bäume direkt aus Rohsequenzierungsdaten, was zu einer effizienteren Pipeline und erheblichen Einsparungen bei Rechen- und Arbeitskosten führt. Wenn Sie sich für vergleichende Genomik, Pathogenüberwachung oder die effiziente Erstellung phylogenetischer Bäume interessieren, sollten Sie diesen Vortrag nicht verpassen!

Über die in silico talks-Reihe - Das Neueste aus der Bioinformatik von SIB-Wissenschaftlern

Mit der Online-Reihe in silico talks möchten wir Bioinformatiker, Biowissenschaftler und Kliniker über die neuesten Fortschritte der SIB-Wissenschaftler zu einem breiten Spektrum von Bioinformatik-Methoden, -Forschung und -Ressourcen informieren. Bleiben Sie auf dem Laufenden, erhalten Sie exklusive Einblicke in die neuesten Veröffentlichungen und erfahren Sie, wie diese Fortschritte Ihnen bei Ihrer Arbeit oder Forschung helfen können, indem Sie sich in die in silico talks-Mailingliste eintragen.

Sprecher

Name:

David Dylus

Institute:

Universität Lausanne

Group:

Comparative Genomics

David Dylus ist leitender Wissenschaftler in der Abteilung für pharmazeutische Forschung und frühe Entwicklung (pRED) von F. Hoffmann-La Roche Ltd. Nach seiner Promotion in Systembiologie am University College London unter der Leitung von Paola Oliveri setzte er seine Forschungstätigkeit als Postdoktorand in der SIB-Gruppe von Christophe Dessimoz am Departement für Computational Biology der Universität Lausanne fort, wo er an dieser Arbeit zu Read2Tree mitwirkte. David wechselte dann in die pharmazeutische Industrie, wo er seine vielfältigen Fähigkeiten, die von Laborarbeit und Datenanalyse bis zur Entwicklung von Methoden und Werkzeugen reichen, einbringen konnte. Seine Arbeit konzentriert sich nun auf Antibiotikaresistenzen und Autoimmunerkrankungen, und seine aktuellen Forschungsinteressen umfassen die Analyse von Omics-Daten, die Entwicklung von Werkzeugen und Methoden sowie Wissensgraphen. David ist besonders daran interessiert, die Identifizierung von krankheitsrelevanten Zielmolekülen zu verbessern, mit dem Ziel, die Behandlungsergebnisse für Patienten deutlich zu verbessern.