Lernen Sie die bisherigen Preisträger der SIB Awards kennen – Julien Roux

Ich habe die Auszeichnung ganz am Anfang meiner Karriere für meine erste Veröffentlichung erhalten! Es war ein großartiges Gefühl, diese Auszeichnung zu erhalten und die Ergebnisse auf der [BC]^2-Konferenz präsentieren zu dürfen.

In dieser Arbeit haben wir uns mit dem selektiven Druck befasst, der auf die Evolution von Wirbeltiergenen in Abhängigkeit vom Zeitpunkt ihrer Expression während der Entwicklung wirkt. Inspiriert wurden wir durch Studien, die beobachtet hatten, dass die Morphologie von Embryonen verschiedener Wirbeltierarten in einer mittleren Entwicklungsphase, der sogenannten „phylotypischen” Phase, etwa im Pharyngula-Stadium, einander am ähnlichsten sind. In unserer Studie haben wir jedoch entdeckt, dass auf genomischer Ebene der höchste Grad an Konservierung bereits vor der phylotypischen Phase, etwa in der Gastrulation, zu beobachten war. Früh exprimierte Gene sind eindeutig evolutionär älter, weisen geringere Sequenzentwicklungsraten auf, haben einen größeren phänotypischen Einfluss und duplizieren sich weniger. Es ist intuitiv nachvollziehbar, dass sie am empfindlichsten gegenüber evolutionären Veränderungen sind, da die frühe Embryonalentwicklung für das Überleben und die spätere Fortpflanzungsfähigkeit eines Tieres entscheidend ist. Wie Lewis Wolpert es ausdrückte: „Nicht Geburt, Heirat oder Tod, sondern die Gastrulation ist der wirklich wichtigste Zeitpunkt im Leben.“

Zum Zeitpunkt der Auszeichnung arbeitete ich auch intensiv an der Datenintegrations-Pipeline für die Bgee-Datenbank, die heute eine SIB-Ressource ist . Die Integration der Daten in Bgee lieferte mir eine fantastische Quelle für die meisten meiner Doktorarbeiten. Bgee ist seitdem stark gewachsen, aber ich bin ziemlich stolz darauf, dass einige Teile meiner Pipeline noch immer verwendet werden.

In der DBM Bioinformatik-Kernkompetenz bieten wir vielen DBM-Gruppen bioinformatisches Fachwissen, hauptsächlich im Zusammenhang mit der Analyse von Genomik-Experimenten mit hohem Durchsatz. Die Leute kommen mit ihren Forschungsfragen und Projekten aus den unterschiedlichsten Forschungsbereichen zu uns: Immunologie, Onkologie, Neurobiologie... Das ist sehr interessant, weil man sich für fast jedes Projekt in ein neues Thema einarbeiten muss. Was mir an dieser Arbeit außerdem sehr gefällt, ist, dass wir schon sehr früh in die Projekte eingebunden sind – noch bevor die Daten generiert werden –, sodass wir die Versuchsplanung mitdiskutieren und so die Ausrichtung der Projekte mitbestimmen können.

Es gibt zu viele, um sie alle aufzuzählen! Ich habe meine Doktorarbeit begonnen, als Illumina noch Solexa hieß, daher war und ist es für mich nach wie vor faszinierend, die Verbreitung der Hochdurchsatzsequenzierung und all ihrer Anwendungen (RNA-Seq, ChIP-Seq, Einzelzellsequenzierung) mitzuerleben.
Auf einer persönlicheren Ebene kann ich zwar nicht wirklich von „Entdeckungen” sprechen, aber ich finde es immer wieder faszinierend, wenn man nach einer längeren Vorbearbeitung eines neuen Datensatzes endlich die Proben visualisieren kann, beispielsweise in einem PCA-Diagramm, und als Erster sehen kann, ob ein Experiment oder eine Idee funktioniert hat. Diese Momente der Datenanalyse sind wirklich etwas Besonderes!