Julien Roux – Lauréat du prix SIB 2009 du meilleur article de fin d'études en bioinformatique
Julien Roux a reçu le prix SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award en 2009 pour son article intitulé « Developmental constraints on vertebrate genome evolution ». Cet article s'inscrivait dans le cadre des études doctorales de Julien au sein de l'équipe du chef de groupe SIB Marc Robinson-Rechavi à l'Université de Lausanne.
Après un postdoc à l'Université de Chicago dans le laboratoire de Yoav Gilad, Julien est revenu en Suisse et fait toujours partie du SIB. Il travaille actuellement au Bioinformatics Core Facility du groupe SIB dirigé par Robert Ivanek au Département de biomédecine (DBM) de l'Université de Bâle. Pour en savoir plus sur les travaux de Julien, rendez-vous sur la page web du Bioinformatics Core Facility du DBM ou suivez-le sur Twitter (@_julien_roux).
À propos des SIB Bioinformatics Awards et de notre série d'entretiens « Rencontre avec les anciens lauréats des SIB Awards »
Lancés en 2008 dans le but de distinguer de jeunes bioinformaticiens en Suisse, les SIB Bioinformatics Awards ont depuis parcouru un long chemin : d'un seul prix national à trois prix différents aujourd'hui, récompensant 1) des bioinformaticiens internationaux en début de carrière (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) l'excellence au sein de la communauté suisse des doctorants (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) et 3) des ressources innovantes en bioinformatique (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award). Au fil des ans, 21 prix ont été décernés, récompensant neuf lauréats pour leur début de carrière exceptionnel, dix étudiants diplômés pour leurs excellentes publications et deux ressources bioinformatiques pour leur caractère innovant.
En 2019, les SIB Bioinformatics Awards seront décernés pour la10e fois, ce qui sera l'occasion de prendre contact avec les anciens lauréats et de leur demander où ils en sont dans leur carrière : cette interview fait partie d'une série qui vous invite à rencontrer les anciens lauréats des SIB Bioinformatics Awards.
À quel stade de votre carrière étiez-vous lorsque vous avez reçu le prix SIB ? Qu'avez-vous ressenti ? Quel était le principal centre d'intérêt de vos recherches à cette époque ?
J'ai reçu ce prix au tout début de ma carrière pour mon premier article ! J'étais vraiment ravi et honoré de recevoir ce prix et de pouvoir présenter ces résultats lors de la conférence [BC]2.
Dans cet article, nous avons étudié la pression sélective qui agit sur l'évolution des gènes vertébrés en fonction du moment de leur expression au cours du développement. Nous nous sommes inspirés d'études qui avaient observé que la morphologie des embryons de différentes espèces de vertébrés se ressemble le plus à un stade intermédiaire du développement appelé « stade phylotypique », autour du stade pharyngula. Mais dans notre étude, nous avons découvert qu'au niveau génomique, le plus haut degré de conservation était observé avant le stade phylotypique, autour de la gastrulation. Les gènes exprimés précocement sont clairement plus anciens sur le plan évolutif, ont des taux d'évolution séquentielle plus faibles, ont un impact phénotypique plus important et se dupliquent moins. Il est intuitif qu'ils soient les plus sensibles aux changements évolutifs, car le développement embryonnaire précoce est crucial pour la survie et la reproduction ultérieure d'un animal. Comme l'a dit Lewis Wolpert : « Ce n'est pas la naissance, le mariage ou la mort, mais la gastrulation qui est vraiment le moment le plus important de votre vie. »
Au moment de la remise du prix, je travaillais également beaucoup sur le pipeline d'intégration des données pour la base de données Bgee, qui est aujourd'hui une ressource du SIB. L'intégration des données dans Bgee m'a fourni une ressource fantastique pour la plupart de mes articles de doctorat. Bgee s'est beaucoup développé depuis, mais je suis assez fier que certaines parties de mon pipeline soient encore utilisées.
Quels sont vos domaines de recherche actuels ?
Au sein du Centre de bioinformatique DBM, nous mettons notre expertise en bioinformatique au service de nombreux groupes DBM, principalement dans le domaine de l'analyse d'expériences génomiques à haut débit. Les personnes qui viennent nous voir avec leurs questions et leurs projets de recherche proviennent d'horizons très divers : immunologie, oncologie, neurobiologie... C'est très intéressant, car il faut se familiariser avec un nouveau sujet pour presque chaque projet. Ce que j'apprécie également beaucoup dans ce travail, c'est que nous sommes impliqués dans les projets dès le début, avant même la phase de génération des données, ce qui nous permet de discuter de la conception des expériences et ainsi d'aider à orienter les projets.
Selon vous, quelle est la découverte la plus fascinante rendue possible par la bioinformatique ?
Il y en a trop pour les énumérer tous ! J'ai commencé mon doctorat quand Illumina s'appelait encore Solexa, donc voir l'expansion du séquençage à haut débit et toutes ses applications (RNA-seq, ChIP-seq, séquençage unicellulaire) était et reste fascinant.
Sur un plan plus personnel, même si je ne peux pas vraiment parler de « découverte », je trouve toujours très fascinant, après avoir passé un certain temps à prétraiter un nouvel ensemble de données, de pouvoir enfin visualiser ses échantillons, par exemple sur un graphique PCA, et d'être le premier à voir si une expérience ou une idée a fonctionné. Ces moments d'analyse des données sont vraiment spéciaux !
Qu'aimez-vous faire pendant votre temps libre ?
Faire de la randonnée et profiter des montagnes suisses avec ma famille.
Ouvrez-vous ! Convainquez votre directeur de recherche de publier en libre accès !
Un message pour la future génération de bioinformaticiens ?
Ouvrez-vous ! Convainquez votre directeur de recherche de publier en libre accès ! Mais avant cela, publiez vos prépublications sur bioRXiv et fournissez les données et le code permettant de reproduire vos analyses : vos résultats seront accessibles plus tôt à la communauté et augmenteront l'impact de vos recherches.
