In einem so vielfältigen Bereich wie der Bioinformatik ist es eine Herausforderung, über die neuesten Fortschritte und brillanten Ideen auf dem Laufenden zu bleiben .Um der globalen Bioinformatik-Community eine Auswahl der besonders bemerkenswerten Leistungen von SIB-Wissenschaftlern des Jahres zu präsentieren, hat die Award-Kommissiondie SIB Remarkable Outputs 2021 ausgewählt . Von neuen Algorithmen zur Erkennung krankheitsrelevanter Gene bis hin zur Erforschung der Ursprünge der sexuellen Fortpflanzung – entdecken Sie diese Publikationen, Softwaretools, Datenbanken und Outreach-Projekte.
-
CoalRe: Ein Rahmenwerk für phylogenetische Inferenz in Reassortment-Netzwerken
Beteiligte Gruppe: Computational Evolution, Zürich
Verwandte Ressourcen: PNAS -Artikel ; in silico talk; Tutorial
Stellungnahme des Komitees zu der Arbeit: „Die Analyse der Evolution unter Berücksichtigung von Rekombination und Neukombination ist eines der größten ungelösten Probleme der Phylogenetik. Dies ist ein origineller Beitrag zu einem sehr anspruchsvollen rechnerischen Problem.“
-
Entschlüsselung von Interaktionsfingerabdrücken von Proteinoberflächen mithilfe geometrischer Deep-Learning-Verfahren
Beteiligte Gruppe: Labor für Proteindesign und Immunotechnik, Lausanne
Verwandte Ressourcen: Tutorial; ausführliche Rezension
Kommentar des Komitees zur Arbeit: „Ein sehr schöner Ansatz, um maschinelles Lernen zur Analyse von Proteinstrukturen zu nutzen. Der entwickelte Bioinformatik-Ansatz ist innovativ und für die Entwicklung wirksamer Therapeutika von entscheidender Bedeutung.“
Entdecken Sie diese Veröffentlichung
-
Enzymannotation in UniProtKB unter Verwendung von Rhea
Beteiligte Gruppe: Swiss-Prot, Genf
Verwandte Ressourcen: Vortrag bei den SIB Days 2020
Stellungnahme des Komitees zur Arbeit: „Die Umstellung von Enzyme Commission Numbers auf Rhea-Reaktionen ist ein großer Fortschritt. Es besteht kaum Zweifel, dass dies die Wiederverwendung und computergestützte Analyse von Stoffwechselwegen und anderen reaktionsbasierten Bioinformatik-Anwendungen erleichtern wird.“
Entdecken Sie diese Ergebnisse
-
Genomische Signaturen, die mit der Ernährungsumstellung auf Phytophagie bei polyphagen Käfern einhergehen
Beteiligte Gruppen: Evolutionäre Funktionsgenomik, Lausanne & Evolutionäre Bioinformatik, Lausanne & Computergestützte Evolutionsgenomik, Genf
Verwandte Ressourcen: in silico talk
Stellungnahme des Komitees zur Arbeit: „Die Autoren haben ein beeindruckendes Arsenal an Ressourcen und Kompetenzen zusammengestellt: ein Beispiel dafür, was die computergestützte Biologie leisten kann. Die Methode ist sehr gut erklärt und leicht nachvollziehbar.“
Entdecken Sie diese Veröffentlichung
-
LEMMI: Eine kontinuierliche Benchmarking-Plattform für Metagenomik-Klassifikatoren
Beteiligte Gruppe: Computational Evolutionary Genomics, Genf
Verwandte Ressourcen: Genomforschungsartikel; Vorabdruck; Webseite
Stellungnahme des Komitees zur Arbeit: „Das Tool könnte sich zu einer großen Bereicherung für die Mikrobiologieforschung entwickeln. Es schließt die Lücke bei den Benchmarks für Metagenom-Klassifikatoren, indem es einen flexiblen, standardisierten Rahmen bietet.“
-
Robuste Vorhersage von HLA-Klasse-II-Epitopen durch tiefgehende Motiv-Dekonvolution von Immunopeptidomen
Beteiligte Gruppe: Computational Cancer Biology, Lausanne
Verwandte Ressourcen:
- Webanwendung von MixMHC2pred
- Ausführbare Dateien (aus den beiden für dieses Projekt entwickelten Tools): MoDec und MixMHC2pred
- Berichterstattung: Pressemitteilung der Universität Lausanne; Pressemitteilung der Ludwig Cancer Research Nature News & ViewsStellungnahme des Komitees zu der Arbeit: „Dies ist ein beeindruckender Beitrag einer gut durchdachten computergestützten Biologie, die die Biologie vorantreibt. Es wurden erhebliche Anstrengungen in die Benchmarking-Tests investiert, der Code ist verfügbar und gut dokumentiert, und die Arbeit wird auch als Webdienst angeboten.“
Entdecken Sie diese Ergebnisse
Die jährlichen SIB Remarkable Outputs konzentrieren sich auf die Leistungen der Gemeinschaft der SIB-Mitglieder und ergänzen damit die SIB Awards, die alle zwei Jahre verliehen werden und Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler sowie Ressourcen auf nationaler und internationaler Ebene auszeichnen (die Preisträgerinnen und Preisträger 2019).
