Il est difficile de se tenir au courant des dernières avancées et des idées brillantes qui émergent dans un domaine aussi diversifié que la bioinformatique. Afin de fournir à la communauté mondiale de la bioinformatique une liste des réalisations particulièrement remarquables des scientifiques du SIB au cours de l'année, voici les « Remarkable Outputs » du SIB pour 2021, sélectionnés par le comité d'attribution des prix. Des nouveaux algorithmes permettant de détecter les gènes liés à des maladies à l'exploration des origines de la reproduction sexuée, découvrez ces publications, outils logiciels, bases de données et projets de sensibilisation.
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CoalRe : un cadre pour l'inférence phylogénétique sur les réseaux de réassortiment
Groupe impliqué : Computational Evolution, Zurich
Ressources connexes : article PNAS ; in silico talk; tutoriel
Commentaire du comité sur ce travail : « L'analyse de l'évolution en présence de recombinaison et de réassortiment est l'un des principaux problèmes non résolus en phylogénétique. Il s'agit d'une contribution originale à un problème informatique très difficile. »
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Décryptage des empreintes d'interaction à partir des surfaces moléculaires des protéines à l'aide de l'apprentissage profond géométrique
Groupe impliqué : Laboratoire de conception de protéines et d'immuno-ingénierie, Lausanne
Ressources connexes : tutoriel; revue approfondie
Commentaire du comité : « Une très belle approche pour capitaliser sur l'apprentissage automatique afin d'analyser les structures protéiques. L'approche bioinformatique développée est innovante et essentielle pour développer des thérapies efficaces. »
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Annotation enzymatique dans UniProtKB à l'aide de Rhea
Groupe impliqué : Swiss-Prot, Genève
Ressources connexes : conférence aux SIB Days 2020
Commentaire du comité sur le travail : « Le passage des numéros de l'Enzyme Commission aux réactions Rhea est un énorme pas en avant. Il ne fait aucun doute que cela facilitera la réutilisation et l'analyse computationnelle des voies métaboliques et d'autres bioinformatiques basées sur les réactions. »
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Signatures génomiques accompagnant le changement alimentaire vers la phytophagie chez les coléoptères polyphages
Groupes impliqués : Génomique fonctionnelle et évolutive, Lausanne & Bioinformatique évolutive, Lausanne & Génomique évolutive computationnelle, Genève
Ressources associées : in silico talk
Commentaire du comité sur les travaux : « Les auteurs ont réuni un arsenal impressionnant de ressources et de compétences : un exemple de ce que la biologie computationnelle peut accomplir. La méthode est très bien expliquée et facile à suivre. »
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LEMMI : une plateforme de benchmarking continu pour les classificateurs métagénomiques
Groupe impliqué : Génomique évolutive computationnelle, Genève
Ressources connexes : Article publié dans Genome Research; prépublication; page web
Commentaire du comité sur les travaux : « Cet outil pourrait devenir un atout majeur pour la recherche microbienne. Il permet de combler le manque de benchmarks pour les classificateurs métagénomiques en offrant un cadre flexible et standardisé. »
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Prédiction robuste des épitopes HLA de classe II par déconvolution profonde des motifs immunopeptidomiques
Groupe impliqué : Biologie computationnelle du cancer, Lausanne
Ressources associées :
- Application web de MixMHC2pred
- Exécutables (à partir des deux outils développés pour ce projet) : MoDec et MixMHC2pred
- Couverture médiatique : Communiqué de l'Université de Lausanne; Communiqué du Ludwig Cancer Research; Nature News & ViewsCommentaire du comité sur les travaux : « Il s'agit d'une contribution impressionnante d'une biologie computationnelle bien pensée qui « pilote » la biologie. Des efforts considérables ont été consacrés à l'évaluation comparative, le code est disponible et bien documenté, et les travaux sont également fournis sous forme de service web. »
Les Remarkable Outputs annuels du SIB mettent l'accent sur les réalisations de la communauté des membres du SIB et complètent ainsi les SIB Awards, qui ont lieu tous les deux ans et récompensent des scientifiques et des ressources au niveau national et international (découvrez les lauréats 2019).
