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Un outil de simulation stochastique intégré pour BEAST 2.7

Simulation facile des arbres et des populations d'espèces dans le temps à l'aide de ReMASTER

02 avril 2024

L'objectif des simulations phylodynamiques est d'observer virtuellement l'évolution des espèces et les changements démographiques au fil des générations. Ces simulations sont essentielles pour comprendre, par exemple, comment les maladies se propagent ou comment les espèces persistent dans un habitat fragmenté. Dans cette présentation, Tim Vaughan, du SIB, présente ReMASTER, un outil polyvalent permettant d'effectuer de telles simulations dans le programme BEAST 2, utilisé pour étudier les séquences génétiques. ReMASTER permet aux utilisateurs de développer et de tester de nouveaux algorithmes d'inférence phylodynamique, d'évaluer les biais dans les modèles et de s'assurer que les modèles utilisés sont appropriés. Que vous soyez biologiste évolutionniste, épidémiologiste ou simplement intéressé par les simulations phylodynamiques, cette présentation est faite pour vous !

À propos de la série in silico talks - Les dernières avancées en bioinformatique par les scientifiques du SIB

La série in silico talks a pour but d'informer les bioinformaticiens, les spécialistes des sciences de la vie et les cliniciens des dernières avancées réalisées par les scientifiques du SIB sur un large éventail de sujets liés aux méthodes, à la recherche et aux ressources en bioinformatique. Restez au courant des derniers développements, obtenez des informations exclusives sur les articles récents et découvrez comment ces avancées pourraient vous aider dans votre travail ou votre recherche en vous inscrivant à la liste de diffusion in silico talks.

Intervenants

Name:

Tim Vaughan

Institute:

ETH Zurich, Bâle

Group:

Computational Evolution

Timothy Vaughan a obtenu un doctorat en physique en 2008 à l'université du Queensland, en Australie, sous la supervision de Peter Drummond et Karen Kheruntsyan. Depuis lors, il a occupé plusieurs postes de chercheur postdoctoral axés sur des problèmes de biologie computationnelle. Plus récemment, il a travaillé avec Alexei Drummond à l'université d'Auckland, en Nouvelle-Zélande, sur le développement et la mise en œuvre d'algorithmes d'inférence phylodynamique.actuellement, Timothy est chercheur principal au sein du groupe Computational Evolution de Tanja Stadler, au département Biosystems Science and Engineering de l'ETH Zurich et au SIB, où il continue à travailler sur le développement de méthodes d'inférence phylodynamique pertinentes pour les études épidémiologiques et macroévolutives.