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Un nuovo modo per rilevare le deviazioni dal ritmo circadiano da singoli campioni
Una scorciatoia alla genetica del ritmo circadiano molecolare
Di solito ti svegli riposato ma senza appetito? Potrebbe essere il segno di un pasto particolarmente abbondante consumato la sera prima, oppure semplicemente riflettere la differenza nel ritmo circadiano tra il tuo intestino e il tuo cervello. Individuare tali modelli specifici dei tessuti, benigni o meno, è solitamente un processo molto laborioso. L'elegante scorciatoia sperimentale presentata in questo in silico talk potrebbe far risparmiare ai ricercatori settimane di lavoro e risorse significative, aprendo ulteriormente il campo della ricerca genomica su larga scala. Maria Litovchenko, al SIB, del gruppo di Bart Deplancke dell'EPFL, spiega come lei e i suoi coautori siano riusciti a mappare l'attività genica circadiana in tre tessuti di interesse e in 140 genomi di Drosophila, campionando ogni genotipo una sola volta. I dettagli delle loro scoperte sono riportati nel recente articolo del team pubblicato su Science Advances.
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Il ritmo circadiano è un processo biologico con un periodo di circa 24 ore che regola un organismo a tutti i livelli, da quello molecolare a quello comportamentale. A livello molecolare, può essere osservato come modelli sinusoidali di espressione genica nel tempo.
Maria Litovchenko e i suoi colleghi hanno cercato di determinare in che misura il ritmo circadiano sia specifico per ciascun tessuto (in questo caso: cervello, intestino, corpo adiposo e tubuli di Malpighi, ortologhi dei reni umani) e come vari tra individui diversi (genotipi).
In alternativa a un setup sperimentale convenzionale, che richiede un campionamento intensivo, nella sua presentazione si concentra su una scorciatoia che potrebbe consentire studi di genetica delle popolazioni su larga scala, in particolare nel contesto di processi biologici dipendenti dal tempo come l'invecchiamento e lo sviluppo.
Come risultato del loro lavoro, Maria e i suoi colleghi hanno anche fornito una risorsa di oltre 700 trascrittomi risolti per tessuto e tempo dei moscerini della frutta, una risorsa fondamentale per futuri studi sul ritmo circadiano specifico per tessuto.
