Aufdeckung von zellulären Nischen und räumlichen Wechselwirkungen in heterogenen räumlichen Omics-Daten

CellCharter: flexible und skalierbare räumliche Zellnischen

CellCharter ist ein algorithmisches Framework zur Untersuchung von Zellgemeinschaften in Geweben. Sein Hauptziel ist es, aufzudecken, wie verschiedene Zelltypen in bestimmten Bereichen arbeiten und funktionieren. Dies ermöglicht tiefere Einblicke in das Verhalten und die Interaktionen von Zellen in verschiedenen biologischen Umgebungen, einschließlich Krebs. CellCharter übertrifft bestehende Methoden, indem es nicht nur biologisch relevante Zellnischen in verschiedenen Kontexten identifiziert, sondern auch unterschiedliche räumliche Zustände von Krebszellen aufdeckt. In diesem Video sehen Sie auch, wie Sie CellCharter zur Erkennung von Artefakten aus Immunfluoreszenzdaten verwenden können. Wenn Sie Krebsbiologe, Entwicklungsbiologe oder Neurowissenschaftler sind und sich für Zellgemeinschaften interessieren, dann ist dieser Vortrag genau das Richtige für Sie!

Über die in silico talks-Reihe - Das Neueste aus der Bioinformatik von SIB-Wissenschaftlern

Mit der Online-Reihe in silico talks möchten wir Bioinformatiker, Biowissenschaftler und Kliniker über die neuesten Fortschritte der SIB-Wissenschaftler zu einem breiten Spektrum von Bioinformatik-Methoden, -Forschung und -Ressourcen informieren. Bleiben Sie auf dem Laufenden, erhalten Sie exklusive Einblicke in die neuesten Veröffentlichungen und erfahren Sie, wie diese Fortschritte Ihnen bei Ihrer Arbeit oder Forschung helfen können, indem Sie sich in die in silico talks-Mailingliste eintragen.

Sprecher
Name:
Marco Varro
Institute:
Universität Lausanne
Group:

Marco Varrone ist Doktorand am Labor für Computational Systems Oncology der Universität Lausanne. Er hat einen Master-Abschluss in Informatik und Ingenieurwesen vom Politecnico di Milano, Italien. Im Rahmen seiner Masterarbeit untersuchte er den Zusammenhang zwischen Genexpression und Chromatinstruktur. Derzeit arbeitet er an der Charakterisierung der intratumoralen Heterogenität durch die computergestützte Analyse räumlicher Omics-Daten.

Video
Duration:
9 Minuten 30 Sekunden
Lizenz:

Dieses Video ist unter der Creative Commons Lizenz CC-BY-4.0 verfügbar

Reference(s)

Varrone M, Tavernari, D., Santamaria-Martínez, A.  et al. CellCharter enthüllt räumliche Zellnischen im Zusammenhang mit Gewebeumbau und Zellplastizität. Nat Genet 56, 74–84 (2024)

DOI:
10.1038/s41588-023-01588-4

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