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Révéler les niches cellulaires et les interactions spatiales dans des données omiques spatiales hétérogènes

CellCharter: niches cellulaires spatiales flexibles et évolutives

15 avril 2024

CellCharter est un cadre algorithmique permettant d'étudier les communautés de cellules au sein des tissus. Son objectif principal est de révéler comment différents types de cellules opèrent et fonctionnent dans des zones ciblées. Cela permet de mieux comprendre le comportement et les interactions cellulaires dans divers environnements biologiques, y compris le cancer. CellCharter surpasse les méthodes existantes en identifiant non seulement les niches cellulaires biologiquement pertinentes dans différents contextes, mais aussi en révélant les différents états spatiaux des cellules cancéreuses. Dans cette vidéo, vous découvrirez également comment utiliser CellCharter pour détecter les artefacts dans les données d'immunofluorescence. Si vous êtes biologiste spécialisé dans le cancer, biologiste du développement ou neuroscientifique intéressé par les communautés cellulaires, cette présentation est faite pour vous !

À propos de la série in silico talks - Les dernières avancées en bioinformatique par les scientifiques du SIB

La série in silico talks a pour but d'informer les bioinformaticiens, les spécialistes des sciences de la vie et les cliniciens des dernières avancées réalisées par les scientifiques du SIB sur un large éventail de sujets liés aux méthodes, à la recherche et aux ressources en bioinformatique. Restez au courant des derniers développements, obtenez des informations exclusives sur les articles récents et découvrez comment ces avancées pourraient vous aider dans votre travail ou votre recherche en vous inscrivant à la liste de diffusion in silico talks.

Intervenants

Name:

Marco Varron

Institute:

Université de Lausanne

Group:

Computational Systems Oncology

Marco Varrone est doctorant au laboratoire d'oncologie computationnelle de l'Université de Lausanne. Il a obtenu un master en informatique et ingénierie à l'École polytechnique de Milan, en Italie. Dans le cadre de son mémoire de master, il a étudié la relation entre l'expression génétique et la structure de la chromatine. Il travaille actuellement à la caractérisation de l'hétérogénéité intratumorale à travers l'analyse computationnelle de données omiques spatiales.

Vidéo

Duration:

9 minutes 30 secondes

Licence:

Cette vidéo est disponible sous la licence Creative Commons CC-BY-4.0

Reference(s)

Varrone M, Tavernari, D., Santamaria-Martínez, A. et al. CellCharter révèle les niches cellulaires spatiales associées au remodelage tissulaire et à la plasticité cellulaire. Nat Genet 56, 74–84 (2024)

DOI:

10.1038/s41588-023-01588-4