Rimanere al passo con gli ultimi progressi e le idee brillanti che emergono in un campo così diversificato come la bioinformatica è una sfida. Per fornire alla comunità bioinformatica globale un elenco dei risultati dell'anno ottenuti dagli scienziati del SIB che meritano particolare attenzione, ecco i Remarkable Outputs del 2020 selezionati dal Comitato Premi. Dalle immagini standardizzate delle cellule al deep learning applicato alla mappatura delle funzioni proteiche, scoprite queste pubblicazioni, strumenti software, database e corsi online.
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Un progetto altamente rigoroso sul proteoma umano
Gruppo coinvolto: Computer and Laboratory Investigation of Proteins of Human Origin (CALIPHO), Ginevra
Risorse correlate: HUPO, HPP Blueprint
Il commento della commissione sul lavoro: «Il Progetto Proteoma Umano rappresenta un contributo eccezionale al settore, convalidando il proteoma umano con dati proteomici sperimentali, in cui la risorsa del SIB neXtProt ha svolto un ruolo centrale»
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CoVariants: monitoraggio in tempo reale delle varianti del SARS-CoV-2
Gruppo coinvolto: Evoluzione microbica, Basilea
Risorse correlate: repository github
Il parere della commissione sul lavoro: "Strumento essenziale per comunicare in tempo reale le mappe e le caratteristiche in evoluzione delle varianti del SARS-CoV-2. CoVariants è un eccellente esempio di ciò che la bioinformatica può offrire al mondo"
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Expasy, il portale svizzero delle risorse di bioinformatica
Gruppi coinvolti: Usabilità e supporto delle risorse, Core-IT, Losanna
Risorse correlate: articolo, comunicato stampa, portale
Il commento della commissione sul lavoro svolto: "Mettendo gli utenti al centro con ricchi collegamenti incrociati tra le risorse, il portale Expasy rinnovato è un risultato straordinario che va a vantaggio di tutte le risorse del SIB, aumentando la reperibilità in modo intuitivo"
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Basi genomiche delle alterazioni dell'RNA nel cancro
Gruppo coinvolto: Informatica biomedica, Zurigo
Risorse correlate: comunicato stampa
Il commento della commissione sul lavoro: «Lavoro impressionante e molto importante che rappresenta un grande passo avanti nella ricerca sul cancro. È stato realizzato da due consorzi internazionali, in cui il contributo del SIB è prezioso e significativo»
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La registrazione fenotipica su larga scala basata sul DNA e il Deep Learning consentono una mappatura sequenza-funzione altamente accurata
Gruppo coinvolto: Laboratorio di Machine Learning e Biologia Computazionale, Zurigo
Risorse correlate: repository github
Il commento della commissione sul lavoro: "Un ottimo studio interdisciplinare, con innovazioni sia dal punto di vista sperimentale che computazionale, che evidenzia la potenza del Deep Learning applicato ai big data 'omici'"
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Sequenze genomiche SARS-CoV-2: una risorsa svizzera per l'epidemiologia genomica
Gruppi coinvolti: Evoluzione microbica, Biologia computazionale ed Evoluzione computazionale, Basilea
Risorse correlate: GISAID
Il commento della commissione sul lavoro: "Con l'analisi aperta in tempo reale dell'evoluzione e della diffusione del SARS-COV-2, la potenza di Nextstrain ha davvero brillato nel 2020. Fornisce informazioni ai giornalisti e al pubblico, contribuendo a una più ampia comprensione della bioinformatica"
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Corsi di formazione al SIB online
Gruppo coinvolto: Training, Losanna
Risorse correlate: corsi precedenti
Il commento del comitato sul lavoro svolto: "La formazione in bioinformatica è una delle missioni principali del SIB. Il team Training del SIB ha svolto un lavoro davvero impressionante nel 2020, rispondendo in modo rapido e dinamico per continuare a servire la comunità"
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SwissBioPics – una libreria interattiva di immagini cellulari per la visualizzazione dei dati relativi alla localizzazione subcellulare
Gruppo coinvolto: Swiss-Prot, Ginevra
Risorse correlate: poster
Il commento della commissione sul lavoro: «SwissBioPics offre immagini complesse ma standardizzate di varie cellule e dei loro organelli. Si tratta di una risorsa eccezionale che consente di visualizzare le conoscenze biologiche ed è anche un'opera d'arte straordinaria!»
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La suite Bgee: atlante integrato di espressione genica curato e trascrittomica comparativa negli animali
Gruppo coinvolto: Bioinformatica evolutiva, Losanna
Risorse correlate: risorsa, comunicato stampa, in silico talk
Il commento della commissione sul lavoro: "Bgee è una risorsa eccellente con molte applicazioni. La pubblicazione di riferimento mostra come i dati di espressione di alta qualità siano integrati, sottoposti a curazione e armonizzati per essere comparabili tra le specie"
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treeclimbR individua la risoluzione dipendente dai dati delle ipotesi gerarchiche
Gruppi coinvolti: Bioinformatica statistica e bioinformatica / Biologia dei sistemi, Zurigo
Risorse correlate: preprint, strumenti di visualizzazione, articolo F1000Research
Il commento della commissione sul lavoro: "treeclimbR offre funzionalità innovative con un approccio basato sui dati per testare ipotesi organizzate gerarchicamente e selezionare una risoluzione ottimale, con un'ampia gamma di applicazioni di ricerca"
