Otto risorse dati, strumenti software e pubblicazioni sottoposte a revisione paritaria di eccellenza dei nostri membri sono state riconosciute come Remarkable Outputs SIB , un evento annuale che mette in luce l'eccellenza e la diversità dei risultati ottenuti nel campo della bioinformatica in Svizzera.
Ti piacerebbe essere tra i risultati selezionati del prossimo anno? Visita la pagina Remarkable Outputs per conoscere la prossima scadenza per l'invio delle candidature.
-
Una nuova classe di fattori di trascrizione specifici per contesto
GRUPPO IL SIB COINVOLTO: Laboratorio di Biologia dei Sistemi e Genetica guidato da Bart Deplancke
Descrizione: La scoperta di una nuova classe di fattori di trascrizione che potenziano la regolazione genica interagendo con altri regolatori chiave, senza attivare o disattivare direttamente i geni, fa luce su come le cellule mantengono la loro identità e su come le mutazioni genetiche possono interferire con la regolazione. Questi fattori di trascrizione "solo contestuali" o "amplificatori" offrono nuove strade per comprendere le malattie e sviluppare terapie geniche più precise.
Il parere della commissione: "Questo studio offre un significativo progresso nella comprensione della regolazione genica mediata dagli enhancer, identificando le interazioni dei fattori di trascrizione specifiche del contesto. La sua rigorosa analisi dei dati e l'attenta validazione sperimentale lo rendono un notevole articolo di ricerca basato sulla bioinformatica che getta nuova luce sulla regolazione dell'espressione genica"
-
Un set di dati di training dell'IA per acquisire conoscenze sugli enzimi
GRUPPO SIB COINVOLTO: Swiss-Prot guidato da Alan Bridge
Risorsa correlata: EnzChemRED
Descrizione: Comprendere il funzionamento degli enzimi è fondamentale per la biologia, la medicina e le scienze ambientali, ma gran parte di queste conoscenze rimane nascosta nei testi scientifici. EnzChemRED contribuisce a svelare queste conoscenze, fornendo un set di dati che può essere utilizzato per addestrare modelli di intelligenza artificiale all'estrazione di informazioni relative agli enzimi. Ciò aiuta i curatori esperti a mantenere aggiornati i database biologici e rende più facile trovare e riutilizzare informazioni importanti.
Cosa ha detto il comitato: "Questo studio ben documentato presenta EnzChemRED, un set di dati completo che consente il rilevamento delle interazioni chimiche tramite l'elaborazione del linguaggio naturale, fornendo una risorsa preziosa per il progresso della bioinformatica e del text mining"
-
Una nuova molecola che consente ai batteriofagi intestinali di manipolare i loro ospiti batterici
GRUPPO IL SIB COINVOLTO: Bioinformatica Biologia dei sistemi guidato da Christian von Mering
Risorse correlate: Progetto MicrobeAtlas, Notizie SIB
Descrizione: Questo lavoro introduce una nuova piccola molecola presente nei virus che predano i batteri che vivono nell'intestino umano. Questi virus, chiamati batteriofagi, utilizzano la molecola di RNA per eludere i sistemi di difesa dei batteri infetti, garantendo così la loro proliferazione.
Il commento della commissione: "Questo lavoro è un esempio di bioinformatica all'avanguardia, che sfrutta enormi set di dati genomici e applica strumenti avanzati di ricerca di motivi per scoprire oltre 1.700 varianti di ribozimi theta precedentemente sconosciute. È semplicemente geniale e ha il potenziale per aprire la strada a molte altre scoperte entusiasmanti"
-
Software di database per sequenze genomiche di agenti patogeni
GRUPPI SIB COINVOLTI: Evoluzione computazionale guidato da Tanja Stadler, Evoluzione microbicaguidato da Richard Neher, EVE Epidemiologia ed evoluzione dei virusguidato da Emma Hodcroft
Risorse correlate: LoculusDescrizione: Loculus è un software open source per la creazione di database di sequenziamento di agenti patogeni. Le caratteristiche principali includono un'interfaccia web intuitiva, API per flussi di lavoro automatizzati, un motore di ricerca veloce per i dati genetici e il controllo delle versioni delle modifiche ai dati. Essendo altamente configurabile, mira a facilitare la creazione di portali di dati aperti e operativi a livello internazionale, nonché di piattaforme nazionali e database interni all'interno di un laboratorio di ricerca.
Il parere della commissione: "Loculus è straordinario perché consente una condivisione efficiente e sicura dei dati genomici dei patogeni, fondamentali per le risposte della sanità pubblica alle malattie infettive. Grazie alla flessibilità nella pre-elaborazione dei dati e alle potenti funzionalità di ricerca, supporta la rapida analisi e diffusione delle informazioni genomiche"
-
Uno strumento per esplorare i dati metagenomici
GRUPPO IL SIB COINVOLTO: BUGFri guidato da Laurent Falquet
Risorsa correlata: MAGFlow/BIgMAG
Descrizione: MAGFlow /BIgMAG è uno strumento unico che aiuta gli scienziati a valutare la qualità dei genomi assemblati dal metagenoma (MAG) e a classificarli utilizzando caratteristiche tassonomiche. Integra una pipeline di analisi orchestrata con un dashboard interattivo che facilita l'esplorazione e il confronto dei risultati di diversi campioni in un'unica analisi.
Il commento della commissione: "Fornendo una soluzione completa e di facile utilizzo, questo lavoro contribuisce in modo significativo al campo della bioinformatica, in particolare migliorando l'analisi di comunità microbiche complesse. La sua trasparenza, precisione ed esecuzione lo rendono una risorsa estremamente preziosa e potenzialmente fondamentale"
-
Uno strumento per prevedere le interazioni delle cellule T
GRUPPI COINVOLTI AL SIB: Riconoscimento immunitario del cancro guidato da David Gfeller
In collaborazione con Ingegneria molecolare assistita da computer guidato da Vincent ZoeteRisorse correlate: MixTCRpred
Descrizione: Miliardi di cellule T ci proteggono dalle infezioni e dal cancro riconoscendo bersagli specifici. Tuttavia, tale diversità rende difficile determinare quale cellula T miri a quale bersaglio. È qui che entra in gioco l'intelligenza artificiale. MixTCRpred è stato sviluppato come strumento per prevedere le interazioni delle cellule T con bersagli virali e tumorali. Questo lavoro dimostra che la combinazione di metodi sperimentali e intelligenza artificiale è fondamentale per lo sviluppo dell'immunoterapia.
Cosa ha detto il comitato sul lavoro: "MixTCRpred aiuta a prevedere quali recettori dei linfociti T (TCR) riconoscono epitopi specifici, il che è importante per il progresso dell'immunoterapia. Le sue ottime prestazioni di benchmarking, la documentazione chiara e l'applicabilità ai dati immunitari delle singole cellule lo rendono un contributo prezioso e tempestivo al settore"
-
Uno strumento per valutare la qualità dei dati relativi al genoma e al proteoma
GRUPPO SIB COINVOLTO: Genomica comparativa guidato da Christophe Dessimoz e Natasha Glover
Risorsa correlata: OMArk
Descrizione: OMArk è uno strumento per valutare la qualità dei proteomi previsti, identificando annotazioni geniche mancanti o errate e contaminazioni. A differenza dei metodi precedenti, OMArk controlla non solo le proteine che dovrebbero essere presenti in un particolare genoma, ma anche quelle che non dovrebbero esserci. Disponibile sia come strumento a riga di comando che come server web, fornisce risultati in meno di 30 minuti.
Il commento della commissione: "OMArk affronta un collo di bottiglia critico nella genomica comparativa, aiutando a valutare la qualità dei dati relativi al genoma e al proteoma. Consente studi filogenetici su larga scala più affidabili e aumenta la consapevolezza sull'importanza della qualità dei dati, un passo essenziale per il progresso della ricerca genomica"
-
Software per la simulazione dell'organizzazione dei tessuti in 3D
GRUPPO SIB COINVOLTO: Biologia computazionale CoBi guidato da Dagmar Iber
Risorsa correlata: SimuCell3D
Descrizione: SimuCell3D è un software gratuito, efficiente dal punto di vista computazionale e open source che consente ai ricercatori di creare simulazioni 3D dettagliate dei tessuti per studiare come sono organizzate le cellule e come i cambiamenti nella loro organizzazione contribuiscono alla morfogenesi nello sviluppo e nella malattia.
Il parere della commissione: "I modelli di tessuti basati sulle cellule stanno diventando sempre più importanti nella comunità, poiché si ritiene che apportino un beneficio senza precedenti allo studio della crescita dei tessuti e della morfogenesi. Nel contesto della competizione per portare questo campo a un nuovo livello, questo lavoro è notevole e segnerà una chiara evoluzione dell'argomento"
