Siete alla ricerca di un database di reazioni chimiche annotato da esperti? Uno strumento di interazione proteica per esplorare il lato ospite del COVID-19? Esplorare i 160 database e strumenti software sviluppati dai gruppi del SIB non è mai stato così facile. Creato nel 1993, Expasy, il portale di risorse bioinformatiche al SIB, è ora disponibile in una nuova versione, dopo una profonda revisione. Include strumenti che supportano un'ampia gamma di settori delle scienze della vita e della ricerca clinica. Aggiungi Expasy ai tuoi segnalibri per avere sempre a portata di mano i tuoi strumenti di bioinformatica preferiti e continua a leggere per saperne di più sulle sue caratteristiche.
L'Istituto e le sue risorse
Il SIB svolge un ruolo fondamentale nel supportare le risorse bioinformatiche nella loro trasformazione da progetto di ricerca a infrastruttura matura e sostenibile.
Oltre 160 database e strumenti software sviluppati dagli 80 gruppi del SIB e ospitati su Expasy, spaziano dal software per l'analisi dei dati di deep sequencing ai database di conoscenze biologiche sui virus, compreso il Sars-CoV-2.
Tra questi, diverse risorse chiave sono state identificate, a seguito di una rigorosa valutazione da parte di un comitato consultivo scientifico esterno, come di cruciale importanza per la comunità scientifica mondiale nel campo delle scienze della vita. Queste "risorse SIB" beneficiano quindi del supporto esteso e specifico dell'Istituto a diversi livelli, tra cui studi e progettazione dell'esperienza utente, hosting, condivisione delle migliori pratiche e delle conoscenze, audit di sicurezza, formazione degli utenti, consulenza legale e in materia di licenze, mentoring e finanziamenti. Tra queste, UniProtKB/Swiss-Prot e STRING sono state identificate come ELIXIR Core Data Resources, a riconoscimento della loro importanza per la comunità scientifica a livello europeo.
Le caratteristiche principali di Expasy in breve
- uno strumento di ricerca che collega oltre 160 database e software di bioinformatica realizzati in Svizzera, tra cui risorse di particolare importanza per la comunità delle scienze della vita (vedi riquadro), a supporto della vostra ricerca in: genomica, proteomica, biologia strutturale, evoluzione, biologia dei sistemi e text mining. Le informazioni contestuali vi consentiranno di:
- valutare cosa potete fare con questa risorsa: conoscere quali operazioni tipiche sono associate a una risorsa specifica (ad esempio, analisi di arricchimento, modellizzazione molecolare)
- Trovare risorse correlate che potrebbero essere utili per rispondere alla tua domanda di ricerca.
- un motore di ricerca/filtro intuitivo che consente di recuperare senza difficoltà, ad esempio, i risultati per termini specifici (ad esempio il gene MSH6) da un sottoinsieme di risorse e le informazioni dall'insieme globale di risorse relative a un argomento specifico (ad esempio i carboidrati)
- Un'interfaccia completamente riprogettata
Un po' di storia
Expasy è stato creato nell'agosto 1993, agli albori dell'era di Internet. All'epoca era conosciuto come "ExPASy, the Expert Protein Analysis System" (ExPASy, il sistema esperto di analisi delle proteine), poiché le proteine erano il suo obiettivo principale. È stato il primo sito web dedicato alle scienze della vita e uno dei primi 150 siti web al mondo!
Nel giugno 2011 è diventato il portale delle risorse bioinformatiche del SIB ExPASy: un catalogo diversificato di risorse bioinformatiche sviluppate dai gruppi del SIB.
La versione attuale di Expasy è stata rilasciata dopo un ampio studio sugli utenti e tenendo conto degli aspetti relativi al design, all'esperienza utente e all'architettura.
