„Was mich antreibt, ist, dass wir ein gemeinsames Ziel haben: die Bereitstellung möglichst genauer und aktueller offener Wissensdaten zur Unterstützung der Forschung.“ Lernen Sie Elisabeth Coudert kennen, die seit 2000 bei SIB tätig ist und das Team für Annotation Enhancements in der Swiss-Prot-Gruppe leitet. Von einer sinnvollen Tätigkeit zur Unterstützung der internationalen Forschungsgemeinschaft bis hin zu flexiblen Arbeitsbedingungen – erfahren Sie, was sie in ihrer Rolle motiviert.
Von Ihrem Eintritt bei SIB bis zu Ihrer heutigen Position als Teamleiter Biokuration*: Erzählen Sie uns etwas über Ihren beruflichen Werdegang.
Nach meiner Promotion im Bereich der Biochemie kam ich im Jahr 2000, zwei Jahre nach der Gründung der SIB, zur Swiss-Prot-Gruppe. Damals war ich Biocurator im Prokaryotic Protein Annotation Program, das ich von 2008 bis 2018 auch leitete. Seit 2018 leite ich das Team Annotation Enhancements. Unsere Hauptaufgabe besteht in der Entwicklung von Standards wie Ontologien (z. B. kontrollierte Vokabulare) und Tools zur Unterstützung der funktionalen Annotation in führenden Wissensressourcen. Zu diesen Ressourcen gehören beispielsweise UniProtKB, die universelle Protein-Wissensdatenbank, und Rhea, eine von unserem Team kuratierte Datenbank für biochemische Reaktionen. Beide SIB-Ressourcen sind als Elixir Core Data Resources anerkannt und wurden kürzlich als Global Core Biodata Resources ausgewählt.
Darüber hinaus bin ich als Kurator und redaktioneller Content Manager aktiv, wo ich für die Qualitätssicherung zuständig bin und mich auf die Annotation von Enzymen für UniProtKB/Swiss-Prot und Reaktionen für Rhea konzentriere.
*die Kunst, aus der ständig wachsenden Zahl wissenschaftlicher Publikationen maschinenlesbares Wissen über Biologie zu generieren und zusammenzufassen
Was gefällt Ihnen an Ihrer Arbeit als Teamleiter Biokuration in der Swiss-Prot-Gruppe?
Ich schätze die Zusammenarbeit zwischen Kuratoren und Entwicklern: Ohne einander wäre nichts möglich. Mir gefällt auch, dass das Fachwissen und die Fähigkeiten aller genutzt werden, um universelles Wissen aufzubauen, das der wissenschaftlichen Gemeinschaft frei zugänglich ist.
Was mich Tag für Tag antreibt, ist, dass wir ein gemeinsames Ziel verfolgen: die Bereitstellung möglichst genauer und aktueller offener Kenntnisse zur Unterstützung der Forschung. Das schafft einen echten Teamgeist und gegenseitige Unterstützung.
Als Teamleiter möchte ich sicherstellen, dass jeder seinen Beitrag bestmöglich einbringen kann.
Haben Sie ein Beispiel für ein Projekt, auf das Sie besonders stolz sind?
Kürzlich habe ich die Standardisierung von Annotationen zu biologisch relevanten Liganden* in UniProtKB geleitet. Dies war eine enorme Aufgabe, bei der die freien Textbeschreibungen von Daten zu kleinen Molekülen, die im Laufe jahrzehntelanger Biokurationsarbeit gesammelt wurden, durch stabile, eindeutige Identifikatoren aus der chemischen Ontologie ChEBI ersetzt wurden. Der verbesserte Datensatz und die in diesem Projekt entwickelten Tools machen UniProtKB noch interoperabler mit anderen Ressourcen und ermöglichen neue Wege der Datenexploitation. Diese Arbeit liefert auch eine reichhaltige Quelle von Liganden für Projekte im Bereich des Wirkstoffdesigns und hat das Potenzial, KI-basierte Vorhersagen von Proteinstrukturen wie die von AlphaFold zu bereichern, denen derzeit wichtige Liganden fehlen.
Diese Arbeit führte zu einer Veröffentlichung im Januar 2023 und wurde als eine der SIB Remarkable Outputs für 2022 ausgewählt.
*Kleine chemische Verbindung, die beispielsweise an ein Protein bindet, um dessen Aktivität zu regulieren
Was gefällt Ihnen besonders an SIB (d. h. was macht SIB als Arbeitgeber einzigartig)?
Die Arbeit bei SIB bedeutet für mich die Möglichkeit, in einer international anerkannten Organisation zu arbeiten, die Tools und Dienstleistungen anbietet, die für die wissenschaftliche Gemeinschaft von grossem Nutzen sind. Das ist motivierend! Ausserdem arbeite ich in einem flexiblen und autonomienorientierten Umfeld, was ich sehr schätze.
