Von Bitcoins bis zu einzelnen Zellen, von Gesundheitsdaten bis zu Big Data
Keynote-Speaker und Vorträge zu speziellen Themen präsentierten dem Publikum neue Perspektiven und die neuesten Trends der Bioinformatik in verschiedenen Bereichen.
DNA, Datenspeicherung, Bitcoins und sogar James Joyce waren nur einige der Themen, die Nick Goldman (EMBL-EBI) in seinem Keynote-Vortrag ansprach, um die allgegenwärtige und entscheidende Rolle der Bioinformatik in der Forschung und unserem Alltag hervorzuheben. In einer zweiten Keynote stellte Fabian Theis (Institut für Computational Biology am Helmholtz Zentrum München) das ehrgeizige Projekt „Human Cell Atlas” vor – oder, mit anderen Worten, wie jede einzelne Zelle des menschlichen Körpers kartiert werden soll.
Weitere Fachvorträge beleuchteten zwei spezifische Projekte, die im Rahmen der Initiative Swiss Personalized Health Network durchgeführt werden und deren Ziel es ist, das Land an die Spitze der personalisierten Gesundheitsversorgung zu bringen. SIB-Gruppenleiter Manfred Claassen (ETHZ) stellte das PRECISE-Projekt vor, dessen Ziel es ist, Biomarker und therapeutische Ansatzpunkte für die Immuntherapie von Entzündungskrankheiten zu identifizieren, während Ernst Hafen (ETHZ) die MIDATA-Initiative vorstellte, die die Bürger in den Mittelpunkt des Austauschs ihrer persönlichen Gesundheitsdaten stellen will, indem sie ihnen die direkte Kontrolle über ihre Daten gibt.
Schliesslich ging SIB-Gruppenleiter Christophe Dessimoz im letzten Fachvortrag der Konferenz auf die vier Hauptherausforderungen von Big Data (Volumen, Vielfalt, Geschwindigkeit und Verlässlichkeit) im Hinblick auf Orthologie und die neuesten Fortschritte in diesem Bereich ein.
Die Gewinner der SIB Awards 2018 im Rampenlicht
Unter den zehn jungen Forschern, die ausgewählt wurden, um ihre Arbeit vor einer Jury zu präsentieren, waren Emma Ricart, Doktorandin der Proteom-Informatik-Gruppe in Genf (Gruppenleiterin: Frédérique Lisacek) und Adithi Varadarajan, ebenfalls Doktorandin der Gruppe Bioinformatik und Proteogenomik in Wädenswil (Gruppenleiter: Christian Ahrens), gewannen beide den Best Lightening Talk Award.
Der Preis für das beste Poster ging an David Dylus von der Comparative Genomics Group in Lausanne (Gruppenleiter: Christophe Dessimoz).
Ein wenig mehr über ihre Forschung und sich selbst:
- Was war das Thema Ihrer Präsentation?
Emma Ricart: Ich habe die Tools vorgestellt, die ich während meiner Promotion entwickelt habe, um nicht-ribosomale Peptide zu untersuchen. NRPro ist ein Tool zur Analyse der Tandem-Massenspektrometrie dieser Verbindungen, und Bionotator wurde entwickelt, um eine bestimmte chemische Struktur in eine monomere Darstellung des Moleküls umzuwandeln.
Adithi Varadarajan: In meinem Vortrag habe ich meine Doktorarbeit im Bereich der computergestützten Proteogenomik vorgestellt, die zwei Ziele verfolgt: 1) die Entwicklung einer integrierten proteogenomischen Datenbank, die das gesamte Proteinkodierungspotenzial eines prokaryotischen Genoms abdeckt, und 2) die Veröffentlichung dieser Datenbank als einzelne herunterladbare Datenbanken für die mikrobielle Forschungsgemeinschaft.
David Dylus: Mein Poster befasste sich mit einer neuartigen Pipeline, die wir entwickeln und die den Namen „read2tree” trägt. Das Neue daran ist, dass wir die traditionellen Schritte der Assemblierung, Genannotation und Orthologievorhersage überspringen, um direkt einen Datensatz auf der Grundlage der experimentellen Ergebnisse und einer Reihe von Referenzdaten zu generieren. In meinem Poster habe ich mehrere Benchmarks vorgestellt, die zeigen, dass unsere Pipeline mit Reads aus den drei wichtigsten Technologien arbeiten kann und dass sie einen fast identischen Baum wie eine traditionelle Pipeline erzeugt.
- Was gefällt Ihnen an Ihrer Arbeit am besten?
E.R.: Die Originalität, die mit der Entwicklung neuer Tools anhand eigener Ideen einhergeht.
A.V.: Die Möglichkeit, modernste Technologien und Computeralgorithmen einzusetzen, um ungelöste Rätsel in der Genomannotation von Prokaryoten zu lösen. Und natürlich mein nerdiges Team und meine Kollegen!
D.D.: Die Tatsache, dass ich meine Tage mit einer Vielzahl unterschiedlicher Aktivitäten verbringen kann, von der Programmierung über die Projektentwicklung bis hin zur Projektleitung, und dass ich dies von jedem Ort aus tun kann, an dem ich Zugang zum Internet habe.
- Wenn Sie nicht vor dem Computer sitzen, sind Sie...
E.R.: Ich liebe Kino, also wahrscheinlich einen Film schauen.
A.V.: Badminton spielen, kochen und Freunde treffen.
D.D.: Entweder ausgehen oder reisen.
- Eine schöne Erinnerung an die SIB Days 2018?
E.R.: Die schöne Cocktailparty am See.
A.V.: Ich habe die Konferenz in vollen Zügen genossen, einschließlich der Vorträge, der Networking-Möglichkeiten und natürlich des unvergesslichen Galaabends! Vielen Dank an SIB für diese großartige Gelegenheit.
D.D.: Alle Diskussionen über Wissenschaft mit SIB-Mitgliedern und natürlich viele schöne Erinnerungen an die fantastische Party.
