Shameer Khader – Vincitore del Premio SIB Bioinformatics Resource Innovation Award 2017
Al momento del premio, Shameer Khader era ricercatore scientifico nel team di Joel Dudley presso l'Icahn Institute of Genetics and Genomic Sciences, dove insieme ai colleghi ha sviluppato la risorsa "RepurposeDB – Reference Database of Drug Repositioning Investigations”, un database che raccoglie informazioni sui farmaci che sono stati “riutilizzati”, ovvero farmaci utilizzati per trattare malattie diverse da quelle per cui erano stati originariamente sviluppati.
Oggi Shameer è direttore senior di Data Science e bioinformatica presso AstraZeneca. È a capo di un team di data science che si occupa di ottimizzare i costi, l'efficienza e i risultati della scoperta di farmaci, conducendo ricerche e creando modelli e strumenti a supporto dei ricercatori. Per saperne di più sui suoi interessi di ricerca, date un'occhiata al profilo di Shameer su ResearchGate e seguite @kshameer su Twitter.
Informazioni sui premi SIB Bioinformatics Awards e sulla nostra serie di interviste "Incontra i vincitori delle passate edizioni dei premi SIB"
Lanciati nel 2008 come iniziativa volta a premiare i giovani bioinformatici svizzeri, i SIB Bioinformatics Awards hanno fatto molta strada da allora: da un unico premio nazionale sono diventati oggi tre diversi riconoscimenti, che premiano 1) i bioinformatici internazionali all'inizio della carriera (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) l'eccellenza nella comunità svizzera dei dottorandi (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) e 3) le risorse bioinformatiche innovative (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award). Nel corso degli anni sono stati assegnati 21 premi, con nove vincitori premiati per la loro eccezionale carriera in fase iniziale, dieci dottorandi per le loro eccellenti pubblicazioni e due risorse bioinformatiche per il loro aspetto innovativo.
Nel 2019, i SIB Bioinformatics Awards saranno assegnati per ladecima volta, offrendo una grande occasione per contattare i vincitori delle edizioni precedenti e chiedere loro a che punto sono ora nella loro carriera: questa intervista fa parte di una serie che vi invita a conoscere i vincitori delle edizioni precedenti dei SIB Bioinformatics Awards.
A che punto della tua carriera ti trovavi quando hai ricevuto il premio Il SIB? Come ti sei sentito? Qual era l'argomento principale della tua ricerca in quel momento?
È stata un'esperienza fantastica per tutti noi di RepurposeDB ricevere il premio da Il SIB. Ne parliamo spesso quando ci incontriamo tra colleghi. All'epoca ero ricercatore scientifico nel gruppo del dottor Joel Dudley presso l'Icahn Institute of Genetics and Genomic Sciences e lavoravo a diversi progetti nel campo della medicina di precisione basata sui dati.
La Svizzera è famosa per la qualità, il design e l'innovazione; SIB Istituto Svizzero di Bioinformatica è un pioniere nel campo della bioinformatica. Da quasi 16 anni utilizzo gli strumenti e i database del catalogo SIB, ed è stata un'esperienza straordinaria ricevere il premio dal SIB. Considero il SIB Bioinformatics Award uno dei più importanti nel campo della bioinformatica.
Come si è sviluppata la risorsa da allora? Hai un esempio di uno studio in cui è stata utilizzata la tua risorsa?
RepurposeDB è attualmente gestito dal Dudley Lab e sarà aggiornato con nuovi contenuti e funzionalità nella prossima versione. Il manoscritto che descrive RepurposeDB e le conoscenze collettive che abbiamo acquisito dai dati è pubblicato su Briefings in Bioinformatica (Khader et al., 2017).
Sulla base degli articoli che citano il nostro lavoro, riteniamo che i ricercatori nel campo dello sviluppo di farmaci stiano utilizzando RepurposeDB per la ricerca di nuovi farmaci in diverse aree terapeutiche (infiammazione, morbo di Parkinson, dolore, ecc.). Inoltre, la risorsa sembra essere utile per lo sviluppo di terapie che utilizzano la biologia dei target scoperta dal GWAS (Turner et al., 2018). Poiché i dati in RepurposeDB sono di alta qualità e sottoposti a cura dei dati, i biologi computazionali possono anche esplorare i dati utilizzando approcci di apprendimento automatico (Xie et al., 2018, arXiv). Sebbene non monitoriamo in dettaglio l'utilizzo di RepurposeDB, abbiamo ricevuto commenti incoraggianti sulla risorsa da ResearchGate, un social network progettato per gli scienziati.
Quali sono i tuoi attuali interessi di ricerca?
Bioinformatica traslazionale, medicina computazionale, scienza dei dati sanitari, scoperta di farmaci
Secondo te, qual è la scoperta più interessante che è stata fatta grazie alla bioinformatica?
Il "Progetto Genoma Umano"
Cosa ti piace fare nel tempo libero?
Adoro passare il tempo con la mia famiglia, guidare, ascoltare musica e attualmente sto frequentando alcuni corsi per DJ.
I bioinformatici possiedono competenze uniche che trascendono i confini della definizione classica delle discipline
Qualche consiglio per la futura generazione di bioinformatici?
I bioinformatici possiedono competenze uniche che trascendono i confini delle discipline classiche (biologia e informatica). Sono alla base della medicina di precisione. Credo che i bioinformatici diventeranno parte integrante dell'ecosistema sanitario nel prossimo futuro. È il momento di dare sfogo alla creatività, risolvere problemi complessi e lasciare il segno!
