Shameer Khader – Lauréat du Prix SIB Bioinformatics Resource Innovation Award 2017
Au moment de la remise du prix, Shameer Khader était chercheur au sein de l'équipe de Joel Dudley à l'Institut Icahn de génétique et de sciences génomiques, où lui et ses collègues ont développé la ressource « RepurposeDB – Base de données de référence sur les recherches en matière de repositionnement des médicaments », une base de données qui recueille des informations sur les médicaments qui ont été « repositionnés », c'est-à-dire médicaments utilisés pour traiter des maladies différentes de celles pour lesquelles ils ont été initialement développés.
Aujourd'hui, Shameer est directeur principal de la science des données et de la bioinformatique chez AstraZeneca. Il dirige une équipe de science des données chargée d'optimiser le coût, l'efficacité et le rendement de la découverte de médicaments, en menant des recherches et en élaborant des modèles et des outils destinés à aider les chercheurs. Pour en savoir plus sur ses intérêts de recherche, consultez le profil de Shameer sur ResearchGate et suivez @kshameer sur Twitter.
À propos des SIB Bioinformatics Awards et de notre série d'entretiens « Rencontre avec les anciens lauréats des SIB Awards »
Lancés en 2008 dans le but de distinguer de jeunes bioinformaticiens en Suisse, les SIB Bioinformatics Awards ont depuis parcouru un long chemin : d'un seul prix national à trois prix différents aujourd'hui, récompensant 1) des bioinformaticiens internationaux en début de carrière (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) l'excellence au sein de la communauté suisse des doctorants (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) et 3) des ressources innovantes en bioinformatique (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award). Au fil des ans, 21 prix ont été décernés, récompensant neuf lauréats pour leur début de carrière exceptionnel, dix étudiants diplômés pour leurs excellentes publications et deux ressources bioinformatiques pour leur caractère innovant.
En 2019, les SIB Bioinformatics Awards seront décernés pour la10e fois, ce qui sera l'occasion de prendre contact avec les anciens lauréats et de leur demander où ils en sont dans leur carrière : cette interview fait partie d'une série qui vous invite à rencontrer les anciens lauréats des SIB Bioinformatics Awards.
À quel stade de votre carrière étiez-vous lorsque vous avez reçu le prix SIB ? Qu'avez-vous ressenti ? Quel était le principal centre d'intérêt de vos recherches à cette époque ?
Ce fut une expérience formidable pour tous ceux qui ont travaillé sur RepurposeDB de recevoir ce prix du SIB. Nous en parlons souvent entre collègues. À l'époque, j'étais chercheur au sein du groupe du Dr Joel Dudley à l'Icahn Institute of Genetics and Genomic Sciences et je travaillais sur plusieurs projets dans le domaine de la médecine de précision basée sur les données.
La Suisse est réputée pour sa qualité, son design et son innovation ; l'Institut Suisse de Bioinformatique est un pionnier dans le domaine de la bioinformatique. J'utilise les outils et les bases de données du catalogue du SIB depuis près de 16 ans, et ce fut une expérience incroyable de recevoir ce prix du SIB. Je considère le prix du SIB comme l'un des plus importants dans le domaine de la bioinformatique.
Comment cette ressource a-t-elle évolué depuis lors ? Avez-vous un exemple d'étude dans laquelle votre ressource a été utilisée ?
RepurposeDB est actuellement géré par le Dudley Lab et sera mis à jour avec de nouveaux contenus et fonctionnalités dans la prochaine version. Le manuscrit décrivant RepurposeDB et les connaissances collectives que nous avons tirées des données est publié dans Briefings in Bioinformatics (Khader et al., 2017).
D'après les articles citant nos travaux, nous pensons que les chercheurs en développement de médicaments utilisent RepurposeDB pour la recherche pharmaceutique dans différents domaines thérapeutiques (inflammation, maladie de Parkinson, douleur, etc.). En outre, cette ressource semble utile pour le développement de thérapies utilisant la biologie ciblée découverte par GWAS (Turner et al., 2018). Les données de RepurposeDB étant de grande qualité et soigneusement sélectionnées, les biologistes computationnels peuvent également les explorer à l'aide d'approches d'apprentissage automatique (Xie et al., 2018, arXiv). Bien que nous ne suivions pas en détail l'utilisation de RepurposeDB, nous avons reçu des commentaires encourageants à propos de cette ressource sur ResearchGate, un réseau social destiné aux scientifiques.
Quels sont vos domaines de recherche actuels ?
Bioinformatique translationnelle, médecine computationnelle, science des données de santé, découverte de médicaments
Selon vous, quelle est la découverte la plus fascinante rendue possible par la bioinformatique ?
Le « projet génome humain »
Qu'aimez-vous faire pendant votre temps libre ?
J'adore passer du temps avec ma famille, conduire, écouter de la musique et je prends actuellement des cours de DJ.
Les bioinformaticiens possèdent un ensemble de compétences unique qui transcende les frontières des disciplines classiques
Un message pour la future génération de bioinformaticiens ?
Les bioinformaticiens possèdent un ensemble de compétences unique qui transcende les frontières des disciplines classiques (biologie et informatique). Ils constituent le fondement de la médecine de précision. Je pense que les bioinformaticiens feront partie intégrante de l'écosystème des soins de santé dans un avenir proche. C'est le moment d'être créatif, de résoudre des problèmes complexes et d'avoir un impact !
