Josephine Daub – Lauréate du prix SIB 2014 du meilleur article de fin d'études en bioinformatique
Josephine a reçu ce prix pour son article intitulé « Evidence for Polygenic Adaptation to Pathogens in the Human Genome » (Preuves d'une adaptation polygénique aux agents pathogènes dans le génome humain). Cet article a été publié dans le cadre de ses études doctorales au sein de l'équipe du chef de groupe SIB Laurent Excoffier à l'Université de Berne.
Aujourd'hui, Josephine travaille comme post-doctorante dans le groupe de Patrick Kemmeren au Centre Princess Máxima pour l'oncologie pédiatrique à Utrecht (Pays-Bas). Elle se concentre sur le développement d'un pipeline informatique permettant d'identifier les interactions génétiques dans le cancer infantile. Pour en savoir plus sur son projet de recherche actuel, consultez la page web du groupe Kemmeren et suivez @JoDaub sur Twitter.
À propos des prix SIB Bioinformati et de notre série d'entretiens « Rencontre avec les anciens lauréats des prix SIB »
Lancés en 2008 dans le but de distinguer de jeunes bioinformaticiens en Suisse, les SIB Bioinformatics Awards ont depuis parcouru un long chemin : d'un seul prix national à trois prix différents aujourd'hui, récompensant 1) des bioinformaticiens internationaux en début de carrière (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) l'excellence au sein de la communauté suisse des doctorants (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) et 3) des ressources innovantes en bioinformatique (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award). Au fil des ans, 21 prix ont été décernés, récompensant neuf lauréats pour leur début de carrière exceptionnel, dix étudiants diplômés pour leurs excellentes publications et deux ressources bioinformatiques pour leur caractère innovant.
En 2019, les SIB Bioinformatics Awards seront décernés pour la10e fois, ce qui sera l'occasion de prendre contact avec les anciens lauréats et de leur demander où ils en sont dans leur carrière : cette interview fait partie d'une série qui vous invite à rencontrer les anciens lauréats des SIB Bioinformatics Awards.
À quel stade de votre carrière étiez-vous lorsque vous avez reçu le prix SIB ? Qu'avez-vous ressenti ? Quel était le principal centre d'intérêt de vos recherches à cette époque ?
J'étais en dernière année de doctorat et j'ai reçu le prix SIB pour mon premier article publié dans ce contexte. J'ai été surpris et bien sûr très honoré ! Mon projet de doctorat portait sur la détection d'ensembles de gènes présentant des signes de sélection polygénique (ndlr : sélection agissant sur un ensemble de gènes, voire sur une voie biologique complète) à différents moments de l'histoire de l'humanité. Notre premier article traitait de l'adaptation récente des populations humaines, tandis que les articles suivants remontaient plus loin dans l'histoire afin de détecter des preuves de sélection positive au niveau des voies métaboliques dans la branche humaine et dans les lignées de primates ancêtres de l'homme.
Quels sont vos domaines de recherche actuels ?
Après avoir travaillé dans le domaine de la génomique évolutive, j'ai récemment changé de domaine pour me consacrer à la génomique du cancer. Dans le cadre de mon projet actuel, nous essayons de détecter les interactions génétiques qui jouent un rôle dans le cancer infantile. Cependant, ces deux domaines de recherche, la génomique évolutive et la génomique du cancer, sont étroitement liés, car le cancer est un processus évolutif et les deux domaines utilisent des méthodes similaires pour analyser des ensembles de données et répondre à des questions.
Selon vous, quelle est la découverte la plus fascinante rendue possible par la bioinformatique ?
C'est difficile à choisir, mais l'une des découvertes qui m'a le plus marqué pendant mon doctorat est le fait que les personnes d'origine européenne ou asiatique possèdent une partie de l'ADN de l'homme de Néandertal dans leur génome. Cette découverte prouve qu'il y a eu un métissage entre les humains modernes et archaïques dans le passé, ce qui était considéré comme impossible auparavant et qui a bouleversé notre vision de l'histoire de l'humanité moderne.
Qu'aimez-vous faire pendant votre temps libre ?
J'aime courir (trail), lire, faire du snowboard, faire de la randonnée et regarder de bonnes séries télévisées.
Comme d'autres l'ont déjà dit, c'est le moment idéal pour devenir bioinformaticien ou biologiste computationnel, car c'est un domaine en pleine expansion. Étant donné qu'il existe tant de possibilités, je vous conseille d'essayer de découvrir ce que vous aimez vraiment faire, ce qui vous passionne
Un message pour la future génération de bioinformaticiens ?
Comme d'autres l'ont déjà dit, c'est le moment idéal pour devenir bioinformaticien ou biologiste computationnel, car c'est un domaine en pleine expansion. Étant donné qu'il existe de nombreuses possibilités, je vous conseille d'essayer de découvrir ce que vous aimez vraiment faire, ce qui vous passionne. Êtes-vous plutôt intéressé par la résolution d'une question biologique spécifique ou préférez-vous vous concentrer sur certains défis informatiques ? En tant que bioinformaticien, vous pouvez être en partie biologiste, programmeur, analyste de données, développeur de méthodes, etc. Avez-vous une préférence ? Essayez de vous familiariser avec tous ces aspects dès le début de votre carrière afin de trouver le métier qui vous convient le mieux !
