Comprendre comment les protéines interagissent entre elles offre des informations clés sur toute une série de processus physiologiques et pathologiques. De nouvelles connaissances sur ce sujet sont désormais disponibles : le groupe CALIPHO du SIB et ENYO Pharma SA ont travaillé main dans la main dans le cadre d'un partenariat public-privé (PPP) transnational afin de rendre publiques et FAIR les données sur les interactions entre protéines humaines, via la ressource neXtProt du SIB.
Dans le cadre de ses activités de découverte de médicaments, un domaine qui repose de plus en plus sur le décryptage de l'ensemble des interactions protéiques existant dans la nature, ENYO a constitué une base de données experte sur les interactions protéiques humaines.
Souhaitant mettre ces données à la disposition de la communauté scientifique mondiale, ENYO a collaboré avec le groupe CALIPHO pour développer le SIB Resource neXtProt, une base de connaissances de pointe sur les protéines humaines et la référence pour le projet HUPO Human Proteome Project (HPP), en vue de leur intégration. Ainsi, les 108 000 descriptions d'interactions protéiques humaines sélectionnées par ENYO figurent dans la dernière version des données neXtProt. Ces interactions protéiques hautement fiables et prouvées expérimentalement couvrent plus de 12 500 protéines humaines de référence neXtProt.
« Grâce à cette collaboration, nous avons pu rendre les données sur les interactions protéines-protéines d'ENYO facilement accessibles à tous, via la fantastique plateforme de connaissances dédiée aux protéines humaines qu'est neXtProt », déclare Laurène Meyniel-Schicklin, cofondatrice d'ENYO. « Nous sommes heureux de contribuer à leur utilisation par tous les chercheurs qui étudient et interprètent les réseaux protéiques dans le domaine de la santé et des maladies. »
« Grâce à cette intégration, les données de haute qualité d'ENYO sont non seulement rendues librement accessibles, mais aussi « FAIRifiées », commente Lydie Lane, co-responsable du groupe CALIPHO.
En effet, grâce à neXtProt, ces données sont désormais : trouvables à l'aide des outils de requête sémantique neXtProt et comme l'illustrent les nouvelles requêtes SPARQL; accessibles sous la licence CC-BY 4.0 qui s'applique aux données de neXtProt ; interopérables avec toutes les données contenues dans la base de connaissances et dans d'autres ressources utilisant les mêmes normes du web sémantique ; et réutilisables, puisque les méthodes expérimentales et les publications sont entièrement documentées.
« De telles collaborations illustrent très bien la scalabilité de ressources telles que neXtProt dans l'intégration de nouvelles couches de connaissances ouvertes », conclut-elle.
