Die Aufgabe der SIB besteht gemäß ihrem Auftrag des Staatssekretariats für Bildung, Forschung und Innovation (SBFI) darin, eine langfristige und wirkungsvolle Infrastruktur für die Lebenswissenschaften und die biomedizinische Welt bereitzustellen. Ihre Teams entwickeln daher nationale sichere Plattformen wie den Swiss SARS-CoV-2 Data Hub und BioMedIT, Diagnosetools wie Oncobench sowie führende Open-Science-Datenbanken und Softwaretools, die den Bedürfnissen von Lebenswissenschaftlern auf der ganzen Welt gerecht werden. Dazu gehören ASAP, Cellosaurus, Glyco@Expasy und Nextstrain. Entdecken Sie diese neuesten Ergänzungen der Toolbox zur Erforschung biologischer Daten, von molekularen Einblicken in einzelne Zellen bis hin zur Impfstoffentwicklung und Echtzeit-Verfolgung von Krankheitserregern.
Demokratisierung der Einzelzellanalyse
Einzelzelltechnologien haben die Erforschung menschlicher Krankheiten revolutioniert, indem sie die Untersuchung der Genexpression auf der Ebene einzelner Zellen ermöglichen. ASAP ist ein gemeinschaftliches Webportal, das darauf abzielt, die Analyse von Einzelzelldaten für Forscher zu demokratisieren. Es leistet einen Beitrag sowohl für die Bioinformatik- als auch für die Wet-Lab-Community, indem es ihnen eine enge Zusammenarbeit durch den Austausch und die Visualisierung von Daten in Echtzeit ermöglicht. Es ermöglicht Analysen innerhalb von Minuten ohne erhebliche Rechenleistung und eignet sich daher auch für Labore, die nicht über massive Rechenkapazitäten verfügen.
Alles über Zelllinien
Cellosaurus ist eine fachkundig kuratierte Datenbank für Zelllinien, d. h. Kulturen menschlicher und tierischer Zellen, die über längere Zeiträume in vitro gezüchtet und in der Nasslaborforschung verwendet werden können. Je nach Forschungsfrage müssen Wissenschaftler wissen, welche Zelllinien sie verwenden müssen und wo sie diese finden können: Diese Informationen finden sie in Cellosaurus. Zelllinien sind beispielsweise für die Erforschung der Impfstoffherstellung, des Arzneimittelstoffwechsels, der Genfunktion oder sogar der künstlichen Hautherstellung unerlässlich. Cellosaurus ist eine ELIXIR Core Data Resource und eine vom International Rare Diseases Research Consortium (IRDiRC) anerkannte Ressource.
Glykoinformatik-Ressourcen für alle
Zuckermoleküle bedecken den Großteil unserer Zellen und spielen daher beispielsweise eine Rolle bei der Impfstoffresistenz. Da sie die Oberfläche von Proteinen verzieren, kann ihre Charakterisierung auch zur Erkennung von nicht-endemischem Erythropoetin (EPO) bei Sportlern, d. h. bei Doping, beitragen. Die In-silico-Untersuchung dieser Zucker, also das Gebiet der Glykoinformatik, kann wichtige Erkenntnisse über die menschliche Gesundheit liefern. Glyco@Expasy bietet einen einzigartigen und didaktischen Überblick über dieses Gebiet. Es umfasst eine breite Palette von Glykoinformatik-Ressourcen, darunter benutzerfreundliche interne Tools, die medizinischen Forschern unabhängig von ihrem Ausbildungsstand in der Glykowissenschaft zugänglich sind.
Echtzeit-Verfolgung der Entwicklung von Krankheitserregern
Nextstrain ermöglicht die Echtzeit-Verfolgung von Krankheitserregern (z. B. SARS-CoV-2, Influenza, Ebola) durch die Bereitstellung einer kontinuierlich aktualisierten Übersicht über öffentlich zugängliche Genomdaten in Verbindung mit leistungsstarken Analyse- und Visualisierungstools. Im Zusammenhang mit der aktuellen Pandemie sind die Erkenntnisse von Nextstrain zu einem zentralen Element der molekularen epidemiologischen Reaktion auf die Pandemie geworden. Tatsächlich nutzen öffentliche Gesundheitslabore auf der ganzen Welt diese Ressource, um zu verstehen, wie COVID-19-Fälle in ihren Gemeinden mit Genomen zusammenhängen, die an anderen Orten der Welt entnommen wurden.
Weitere Informationen zu Expasy, dem Portal für alle von SIB-Gruppen entwickelten Datenbanken und Softwaretools.
