Le SIB a pour mission, conformément au mandat qui lui a été confié par le Secrétariat d'État à la formation, à la recherche et à l'innovation (SEFRI), de fournir une infrastructure à long terme et à fort impact pour les sciences de la vie et le monde biomédical. Ses équipes développent ainsi des plateformes nationales sécurisées telles que le Swiss SARS-CoV-2 Data hub et BioMedIT, des outils de diagnostic tels que Oncobench, ainsi que des bases de données scientifiques ouvertes et des outils logiciels de pointe qui répondent aux besoins des scientifiques du monde entier. Parmi celles-ci figurent ASAP, Cellosaurus, Glyco@Expasy et Nextstrain. Découvrez ces nouveaux outils qui viennent enrichir la boîte à outils pour explorer les données biologiques, des informations moléculaires sur les cellules individuelles au développement de vaccins et au suivi en temps réel des agents pathogènes.
Démocratisation de l'analyse unicellulaire
Les technologies unicellulaires ont révolutionné l'étude des maladies humaines en permettant l'étude de l'expression génétique au niveau des cellules individuelles. ASAP est un portail web collaboratif visant à démocratiser l'analyse des données unicellulaires pour les chercheurs. Il contribue à la fois aux communautés bioinformatiques et aux laboratoires de recherche, leur permettant de travailler en étroite collaboration grâce au partage et à la visualisation des données en temps réel. Il permet d'effectuer des analyses en quelques minutes sans nécessiter une puissance de calcul importante, et convient donc également aux laboratoires qui ne disposent pas de capacités informatiques massives.
Tout ce qu'il faut savoir sur les lignées cellulaires
Cellosaurus est une base de données spécialisée dans les lignées cellulaires, c'est-à-dire les cultures de cellules humaines et animales qui peuvent être cultivées pendant de longues périodes in vitro et utilisées dans la recherche en laboratoire. En fonction de leurs questions de recherche, les scientifiques doivent savoir quelles lignées cellulaires utiliser et où les trouver : c'est le type d'informations qu'ils trouveront dans Cellosaurus. Les lignées cellulaires sont essentielles, par exemple, pour étudier la production de vaccins, le métabolisme des médicaments, la fonction des gènes ou même la génération de peau artificielle. Cellosaurus est une ressource ELIXIR Core Data Resource et une ressource reconnue par l'International Rare Diseases Research Consortium (IRDiRC).
Ressources en glyco-informatique pour tous
Les molécules de sucre recouvrent la plupart de nos cellules et jouent ainsi un rôle, par exemple, dans la résistance aux vaccins. Comme elles décorent la surface des protéines, leur caractérisation peut également aider à détecter l'érythropoïétine (EPO) non native chez les athlètes, c'est-à-dire le dopage. L'étude in silico de ces sucres, c'est-à-dire le domaine de la glyco-informatique, peut révéler des informations essentielles sur la santé humaine. Glyco@Expasy offre une vue d'ensemble unique et didactique de ce domaine. Il couvre un large éventail de ressources en glyco-informatique, y compris des outils internes conviviaux accessibles à tous les chercheurs en médecine, quel que soit leur niveau de formation en glycoscience.
Suivi en temps réel de l'évolution des agents pathogènes
Nextstrain permet le suivi en temps réel des agents pathogènes (par exemple SARS-CoV-2, grippe, Ebola), en fournissant une vue continuellement mise à jour des données génomiques accessibles au public, ainsi que de puissants outils d'analyse et de visualisation. Dans le contexte de la pandémie actuelle, les informations fournies par Nextstrain sont devenues un élément central de la réponse épidémiologique moléculaire à la pandémie. En effet, les laboratoires de santé publique du monde entier utilisent cette ressource pour comprendre comment les cas de COVID-19 dans leurs communautés sont liés aux génomes échantillonnés ailleurs sur la planète.
Pour en savoir plus, consultez Expasy, le portail de toutes les bases de données et outils logiciels développés par les groupes SIB.
