SwissOrthology – Ihr Komplettanbieter für Orthologe | SIB Swiss Institute of Bioinformatics

Die Evolutionsgeschichte eines Proteins zurückverfolgen, herausfinden, welche Spezies (Maus, Frettchen, Ratte) sich am besten als Modellorganismus für die Untersuchung spezifischer menschlicher Pathologien eignet, Proteinfunktionen vorhersagen, um das Genom einer neu sequenzierten seltenen Spezies zu annotieren... Orthologie-Inferenz ist der Grundstein für unzählige biologische Fragestellungen.

Und das aus gutem Grund: Wenn zwei Gene in zwei verschiedenen Arten als „ortholog“ gelten (d. h. sie haben sich aus demselben Gen ihres letzten gemeinsamen Vorfahren entwickelt), haben sie in den meisten Fällen dieselbe Funktion. Eine Eigenschaft, die über Milliarden von Jahren der Evolution erhalten bleiben kann!

Es gibt viele Tools und Methoden, die Wissenschaftler bei der Suche nach Orthologen unterstützen, darunter die beiden führenden SIB-Ressourcen OMA, die von der Gruppe um Christophe Dessimoz (Universität Lausanne) entwickelt wurden, und OrthoDB, entwickelt von der Gruppe um Evgeny Zdobnov (Universität Genf), die beide vorab berechnete Genorthologie und eigenständige Software für benutzerdefinierte Orthologieanalysen bereitstellen.

Diese wurden kürzlich unter einem gemeinsamen Dach namens SwissOrthologyzusammengeführt, das auch Tools zur Qualitätsbewertung – BUSCO und das Orthology Benchmarking . Die SwissOrthology-Plattform ermöglicht es Benutzern, OMA und OrthoDB gleichzeitig abzufragen, und ein interaktiver Leitfaden hilft ihnen bei der Entscheidung, welches Tool für ihre jeweilige Analyse am besten geeignet ist.

In diesem in silico talk gibt Natasha Glover, Postdoktorandin im Labor von Christophe Dessimoz (Universität Lausanne) der SIB, einen kurzen Überblick über die Grundlagen von Orthologen, bevor sie SwissOrthology vorstellt und anhand eines konkreten Beispiels eines Molekularbiologen, der versucht, die Evolutionsgeschichte einer Spezies zu rekonstruieren, dessen Anwendung demonstriert.