SwissOrthology – Votre guichet unique pour les orthologues

Retracer l'histoire évolutive d'une protéine, identifier quelle espèce (souris, furet, rat) pourrait servir de meilleur organisme modèle pour étudier des pathologies humaines spécifiques, prédire les fonctions d'une protéine afin d'annoter le génome d'une espèce rare nouvellement séquencée... L'inférence orthologique est la pierre angulaire d'innombrables questions biologiques.

Et pour cause : si deux gènes de deux espèces différentes sont considérés comme « orthologues » (c'est-à-dire qu'ils ont évolué à partir du même gène chez leur dernier ancêtre commun), ils ont souvent la même fonction. Une propriété qui peut être préservée pendant des milliards d'années d'évolution !

Il existe de nombreux outils et méthodes pour aider les scientifiques dans leur recherche d'orthologues, notamment les deux principales ressources du SIB OMA, développées par le groupe de Christophe Dessimoz (Université de Lausanne) et OrthoDB, développée par le groupe d'Evgeny Zdobnov (Université de Genève), qui fournissent toutes deux des orthologies génétiques précalculées et des logiciels autonomes pour des analyses orthologiques personnalisées.

Ces deux outils ont récemment été regroupés sous une seule et même appellation, SwissOrthology, qui comprend également des outils d'évaluation de la qualité – BUSCO et le Service Orthology Benchmarking . La plateforme SwissOrthology permet aux utilisateurs d'interroger simultanément OMA et OrthoDB, et un guide interactif aide les utilisateurs à choisir l'outil le mieux adapté à leur analyse particulière.

Dans cet in silico talk, Natasha Glover, postdoctorante au SIB dans le laboratoire de Christophe Dessimoz (Université de Lausanne), vous ramène brièvement aux bases de ce que sont les orthologues, avant de présenter SwissOrthology et son utilisation dans l'exemple concret d'un biologiste moléculaire qui tente de reconstruire l'histoire évolutive d'une espèce...