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Un nuovo strumento e una nuova piattaforma web che riuniscono le principali risorse al SIB di ortologia per semplificare le analisi di inferenza evolutiva o di annotazione funzionale

SwissOrthology – Il tuo punto di riferimento unico per gli ortologhi

26 November 2019

L'inferenza ortologica ora ha un unico punto di riferimento: SwissOrthology. La piattaforma web fornisce agli utenti strumenti all'avanguardia per l'inferenza ortologica e qualitativa, oltre a una guida interattiva che li aiuta a decidere quale utilizzare. Natasha Glover di al SIB ve la presenta in questo ultimo in silico talk.

Informazioni sulla serie di conferenze in silico – Le ultime novità nel campo della bioinformatica dagli scienziati del SIB

La serie di conferenze online in silico talks ha lo scopo di informare bioinformatici, scienziati biologici e medici sugli ultimi progressi compiuti dagli scienziati dello SIB su una vasta gamma di argomenti relativi a metodi, ricerca e risorse nel campo della bioinformatica. Iscriviti alla mailing list di in silico talks per rimanere aggiornato sugli ultimi sviluppi, ottenere approfondimenti esclusivi sui recenti articoli scientifici e scoprire come questi progressi potrebbero aiutarti nel tuo lavoro o nella tua ricerca.

Altoparlante

Name:

Natasha Glover

Institute:

Università di Losanna

Group:

Comparative Genomics

Tracciare la storia evolutiva di una proteina, identificare quale specie (topo, furetto, ratto) potrebbe fungere al meglio da organismo modello per studiare specifiche patologie umane, prevedere le funzioni delle proteine al fine di annotare il genoma di una specie rara di recente sequenziamento... L'inferenza ortologica è la pietra angolare di innumerevoli questioni biologiche.

E per una buona ragione: se due geni in due specie diverse sono considerati "ortologici" (cioè si sono evoluti dallo stesso gene nel loro ultimo antenato comune), il più delle volte hanno la stessa funzione. Una proprietà che può essere preservata nel corso di miliardi di anni di evoluzione!

Esistono molti strumenti e metodi per aiutare gli scienziati nella ricerca degli ortologhi, tra cui le due principali risorse del SIB OMA, sviluppate dal gruppo di Christophe Dessimoz (Università di Losanna) e OrthoDB, sviluppata dal gruppo di Evgeny Zdobnov (Università di Ginevra), che forniscono entrambe ortologia genica precalcolata e software autonomo per analisi ortologiche personalizzate.

Recentemente sono state riunite sotto un unico nome SwissOrthology, che include anche strumenti di valutazione della qualità – BUSCO e l' Servizio Orthology Benchmarking . La piattaforma SwissOrthology consente agli utenti di interrogare contemporaneamente sia OMA che OrthoDB, mentre una guida interattiva aiuta gli utenti a decidere quale strumento sia più adatto alla loro analisi specifica.

In questo in silico talk, Natasha Glover, ricercatrice post-dottorato presso il laboratorio di Christophe Dessimoz (Università di Losanna) presso Il SIB, ripercorre brevemente le nozioni di base sugli ortologhi, prima di presentare SwissOrthology e utilizzarlo nell'esempio concreto di un biologo molecolare che cerca di ricostruire la storia evolutiva di una specie...