TASmania – Eine neue Ressource für Mikrobiologen

In diesem in silico talk stellt Hatice Akarsu Egger von SIB ein neues (computergestütztes) Traumziel für Mikrobiologen vor: TASmania. Diese benutzerfreundliche Webschnittstelle fasst über 2 Millionen mutmaßliche Toxin-Antitoxin-Loci (TAS) aus über 41.000 bakteriellen Genomassemblierungen zusammen und ermöglicht es Benutzern, bestehende und neue TAS sowie damit verbundene Netzwerke in einem bestimmten Genom zu identifizieren und zu entdecken.
Über die in silico talks-Reihe - Das Neueste aus der Bioinformatik von SIB-Wissenschaftlern
Mit der Online-Reihe in silico talks möchten wir Bioinformatiker, Biowissenschaftler und Kliniker über die neuesten Fortschritte der SIB-Wissenschaftler zu einem breiten Spektrum von Bioinformatik-Methoden, -Forschung und -Ressourcen informieren. Bleiben Sie auf dem Laufenden, erhalten Sie exklusive Einblicke in die neuesten Veröffentlichungen und erfahren Sie, wie diese Fortschritte Ihnen bei Ihrer Arbeit oder Forschung helfen können, indem Sie sich in die in silico talks-Mailingliste eintragen.
Ein Gift und sein Gegenmittel, eingeschlossen im Genom
Das Toxin-Antitoxin-System (TAS) ist einer der faszinierendsten Tricks, die die Natur gefunden hat, um Prokaryoten die Fähigkeit zu verleihen, mit bestimmten Situationen, wie beispielsweise Stress, umzugehen. Es handelt sich dabei um Paare benachbarter Gene, von denen eines für ein „Gift” (das Toxin) und das andere für das entsprechende Gegenmittel (das Antitoxin) kodiert. Wenn alles gut geht, wird die Toxizität durch die Wirkung des Antitoxins ausgeglichen – unter Stress wird jedoch das Toxin freigesetzt, was zu einer Reihe negativer Folgen für die Zelle führt, vom Stillstand des Zellwachstums bis zum Zelltod. TAS sind somit an einer Reihe von Mechanismen beteiligt, von Ernährungsstress über die Dynamik von Biofilmen bis hin zur Antibiotikaresistenz. Sie sind daher aus evolutionärer, klinischer und biotechnologischer Sicht von Interesse.

Reference(s)
Akarsu H et al. TASmania: Eine Datenbank zu bakteriellen Toxin-Antitoxin-Systemen. PLoS Comput Biol. 2019.