Guidata da il SIB in collaborazione con l'Istituto europeo di bioinformatica dell'EMBL (EMBL-EBI) e numerosi altri partner globali, questa rete mira a fornire infrastrutture, strumenti, formazione, divulgazione e supporto alla condivisione e al riutilizzo dei dati FAIR sulle malattie infettive. Coprirà diversi tipi di dati biologici, tra cui genomica dell'ospite e dell'agente patogeno, trascrittomica, proteine, percorsi e reti, imaging e coorti.
Per combattere meglio epidemie e pandemie
Basandosi sulla piattaforma dati COVID-19, che ha riscosso grande successo, e ampliandola, la Pathogen Data Network (PDN) coprirà i dati relativi alle specie altamente rilevanti che sono patogene per l'uomo, insieme ai loro vettori e alle loro interazioni con gli ospiti. Fornendo ai ricercatori e alle autorità sanitarie dati sui patogeni provenienti in particolare da fonti ambientali, la PDN mira a migliorare la risposta alle pandemie e la sorveglianza generale delle epidemie su scala globale.
Tutti gli interessati sono invitati a partecipare al PDN Open Community Forum per partecipare attivamente e fornire feedback alla roadmap delle risorse
Rafforzare la gestione dei dati locali e la condivisione dei dati a livello globale
Questo progetto è finanziato nell'ambito del Programma di risorse bioinformatiche dell'Istituto nazionale di allergie e malattie infettive (NIH-NIAID*) del NIH, che è stato assegnato a tre iniziative. In particolare, la Pathogen Data Network prevede la fornitura di software che consente ai paesi o alle regioni di creare portali di dati locali. Il Pathogens Portal ospitato presso l'EMBL-EBI fungerà da interfaccia centrale completa, offrendo accesso a dati di coorte, immagini, dashboard e altro ancora, migliorando la condivisione e la comunicazione dei dati a livello globale. I servizi del Data Portal copriranno tutti i patogeni ritenuti di interesse per il NIAID, acquisendo gradualmente anche le specie ospiti, ospiti intermedi e vettori rilevanti per le specie e i gruppi di patogeni elencati. “Tutti gli interessati sono invitati a partecipare al PDN Open Community Forum per impegnarsi attivamente e fornire feedback alla roadmap delle risorse”, afferma Aitana Neves, direttrice della Pathogen Data Network e vicedirettrice di Clinical Bioinformatics presso il SIB Istituto Svizzero di Bioinformatica. Con un forte coinvolgimento della comunità e componenti che sottolineano la necessità di rafforzare le capacità, la governance dei dati locali e l'allineamento con la politica internazionale, il PDN promuoverà un approccio integrativo e partecipativo alla condivisione dei dati sui patogeni.
* Questo progetto è sostenuto dal National Institute Of Allergy And Infectious Diseases dei National Institutes of Health con il numero di concessione U24AI183840. Il contenuto è di esclusiva responsabilità degli autori e non rappresenta necessariamente il punto di vista ufficiale dei National Institutes of Health.
Consorzio Pathogen Data Network
Il progetto è coordinato dal SIB in collaborazione con:
- Istituto europeo di bioinformatica dell'EMBL (EMBL-EBI) - Regno Unito
- Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) - USA
- L'Istituto Leibniz DSMZ - Collezione tedesca di microrganismi e colture cellulari - Germania
- Università di Georgetown a Washington DC - USA
- Università di Uppsala - Svezia
- Istituto Nazionale Sudafricano di Bioinformatica (SANBI) - Sudafrica
- Istituto Nazionale di Salute Carlos III (ISCIII) - Spagna
- Università artica della Norvegia (UiT) - Norvegia
- Università Eötvös Loránd - Ungheria
- Università Tecnica della Danimarca (DTU) - Danimarca
- Centro medico dell'Università Erasmus (EMC) - Paesi Bassi
Maggiori informazioni sul sito web del progetto e sulla pagina LinkedIn.
Reference(s)
Crediti immagine: SIB Istituto Svizzero di bioinformatica
